| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_004302 | = 23379 | 27 (0.050) | 475 (0.810) | 19/148 | 0.2 | 91.4% | coding (537/642 nt) | r1tp40 | ORF40 |
| ? | NC_004302 | 24308 = | 62 (0.110) | intergenic (+198/‑21) | r1tp41/r1tp42 | ORF41/ORF42 | |||||
Only 100 of 506 total aligned reads displayed.
GTTGGTGATATTCAAAATGCTTATCAAGGTTTT‑GCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGT‑AAACCTAAAAAACTAGCTCAGTATAAACCTCGTGAAAACGGTGGAACTCTAAACGAATTAAGACGTAGACAA > NC_004302/23305‑23451 | tggtgTGATATTCAAAATGCTTATCAAGGTTTT‑GCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGt > 1:4952064/5‑75 (MQ=255) gggtatatTCAAAATGCTTATCAAGGTTTT‑GCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGT‑aca > 1:1861170/5‑73 (MQ=255) gttttataaatgcttatCAAGGTTTT‑GCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtg > 1:2590699‑M1/8‑68 (MQ=255) aaagtgtaatgcttatCAAGGTTTT‑GCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtgg > 1:12204480‑M1/8‑67 (MQ=255) gctgaattgcttatcAAGGTTTT‑GCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtagta > 1:75837‑M1/8‑65 (MQ=255) cAAAATGCTTATCAAGGTTTT‑GCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGT‑GAACCtttcgcc < 1:7975046/75‑7 (MQ=255) ttgtgagttt‑gcgaaaaC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaacgaagaaa > 1:7227782‑M1/8‑53 (MQ=255) ttgtgagttt‑gcgaaaaC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaacgaagaaa > 1:4136509‑M1/8‑53 (MQ=255) ttggtggttt‑ggg‑aaacaAAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaa > 1:1274670‑M1/8‑53 (MQ=255) aggtagttttgGCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaa > 1:7633111‑M1/6‑53 (MQ=255) tgatgcttt‑gct‑aaaC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatg > 1:7133648‑M1/7‑51 (MQ=255) gcaagattt‑gcg‑aaaC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatg > 1:6114257‑M1/7‑51 (MQ=255) tgggttTT‑G‑G‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgct > 1:10693066‑M1/3‑49 (MQ=255) agcagtt‑gcg‑aaAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgca > 1:3181373‑M1/6‑49 (MQ=255) ttgatccgcg‑aaac‑aAAACTACACAAATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgc > 1:5914420‑M1/8‑50 (MQ=255) gtaggt‑gcg‑aaAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaa > 1:3309330‑M1/6‑48 (MQ=255) gtacctag‑aaac‑aaaACTACACAAATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaa > 1:10961239‑M1/8‑48 (MQ=255) gggtcgcg‑aaaC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaac > 1:1673632‑M1/6‑47 (MQ=255) attcatag‑aaacaaaAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtgctacgaaagaagaaatgcaa > 1:16338671‑M1/8‑48 (MQ=255) aat‑gcG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacga > 1:2429688‑M1/3‑45 (MQ=255) ttagg‑aaac‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgga > 1:4626071‑M1/5‑44 (MQ=255) t‑GCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaaagcaacgact < 1:8667527‑M1/75‑33 (MQ=255) ggtgg‑aaac‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgac > 1:6194475‑M1/5‑44 (MQ=255) cgcG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgact > 1:9577038‑M1/2‑43 (MQ=255) tttaaaac‑aaaACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgact > 1:10360963‑M1/5‑43 (MQ=255) tgg‑aaAC‑AAAACTACAC‑‑ATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactct > 1:16149049‑M1/3‑41 (MQ=255) gggtgac‑aataCTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactc > 1:7788784‑M1/6‑42 (MQ=255) gg‑aAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaactattga > 1:13264406‑M1/2‑41 (MQ=255) gg‑aAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactct > 1:6861140‑M1/2‑41 (MQ=255) gtaaac‑aAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgacacc > 1:8902289‑M1/3‑41 (MQ=255) ggaac‑aAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactctt > 1:6280358‑M1/3‑40 (MQ=255) cgagaaaaactacaC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactctt > 1:10316299‑M1/6‑40 (MQ=255) ttgagactacaC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgac > 1:13748159‑M1/6‑37 (MQ=255) ctcatacac‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacggaagaagaaatgcaacgacccttgactga > 1:3004165‑M1/5‑34 (MQ=255) ggatac‑aatgcTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgc > 1:553800‑M1/5‑31 (MQ=255) gattaaaaatgcttgaTAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatg > 1:15788069‑M1/8‑32 (MQ=255) gaggaggaatgcttgaTAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatg > 1:8988162‑M1/8‑32 (MQ=255) gagatttgcttgaTAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctc > 1:13949895‑M1/7‑29 (MQ=255) agc‑aatGCTTACTAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctca > 1:4755148‑M1/3‑28 (MQ=255) acacgacttgataACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaa > 1:17041671‑M1/7‑27 (MQ=255) ttattcgtgatcactTGAAAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatacaacgactcttgactgatgctcaa > 1:10202766‑M1/8‑27 (MQ=255) gatGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaat > 1:11214071‑M1/2‑25 (MQ=255) cccggttgacaaCTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaa > 1:9171283‑M1/6‑25 (MQ=255) tttgtttataacttg‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaag > 1:15242875‑M1/8‑24 (MQ=255) agagccaataagttg‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaag > 1:7385670‑M1/8‑24 (MQ=255) taagtattaacttg‑aAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagc > 1:10920410‑M1/8‑23 (MQ=255) agaaaagaacttg‑aaaCTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagct > 1:4092351‑M1/8‑22 (MQ=255) acgtgttaacttg‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagct > 1:4282632‑M1/7‑22 (MQ=255) atgATAACTTG‑AAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctga > 1:4374123‑M1/2‑20 (MQ=255) tGATATCTTG‑CAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgac > 1:8823749‑M1/1‑19 (MQ=255) tGATAAC‑TG‑CAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgact > 1:5680874‑M1/1‑18 (MQ=255) cgcacacttg‑aAACTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgac > 1:4807967‑M1/6‑19 (MQ=255) agggcgattg‑atactgGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgac > 1:5125981‑M1/8‑19 (MQ=255) gatgg‑aaacTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtc > 1:11022139‑M1/5‑14 (MQ=255) tagttttactgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtc > 1:8056888‑M1/8‑14 (MQ=255) gatatgtactgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtc > 1:2027979‑M1/8‑14 (MQ=255) tttccgttgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:15662969‑M1/8‑12 (MQ=255) tttagtttgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:8591950‑M1/8‑12 (MQ=255) ttggaacttgGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:15020550‑M1/5‑12 (MQ=255) taccaggtgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:11693504‑M1/8‑12 (MQ=255) gtatcggtgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:15168438‑M1/8‑12 (MQ=255) gtaacactgggTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactcgtcaa > 1:13186367‑M1/6‑12 (MQ=255) ggtgggatgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:12404117‑M1/8‑12 (MQ=255) gggtttttgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:14849796‑M1/8‑12 (MQ=255) ggatttctgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:2804242‑M1/7‑12 (MQ=255) gctcatctgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:15457170‑M1/7‑12 (MQ=255) gcctctgtgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactgctcaa > 1:15105793‑M1/8‑12 (MQ=255) gatgggctgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaaagactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:9300388‑M1/7‑12 (MQ=255) gagatgatgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:4529975‑M1/8‑12 (MQ=255) ctttttgtgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:3631025‑M1/8‑12 (MQ=255) cttttactgggTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:16519510‑M1/6‑12 (MQ=255) ctacagctgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:11390562‑M1/7‑12 (MQ=255) caatttctgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:17344844‑M1/7‑12 (MQ=255) atctgtctgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:16039673‑M1/7‑12 (MQ=255) atcagcctgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactctttgactgatgctcaaaagctgactggtca > 1:1765487‑M1/7‑12 (MQ=255) acgagtatgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaa > 1:14156928‑M1/8‑12 (MQ=255) ttattatgggatatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaa > 1:3790807‑M1/7‑11 (MQ=255) tgtaactgGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaa > 1:15900333‑M1/4‑11 (MQ=255) tgtaaCTGGGTGAAACCTAAAAAACTAGCTCAGTATAAACCTCGTGAAAACGGTGGAACTCTAAACGAATTAAGa > 1:3449870/4‑75 (MQ=255) gacttttgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaa > 1:14508897‑M1/7‑11 (MQ=255) ccatggcgggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaa > 1:9823100‑M1/8‑11 (MQ=255) atggttggggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaa > 1:12884678‑M1/8‑11 (MQ=255) acactaagggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaa > 1:11529189‑M1/8‑11 (MQ=255) gcaataggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaag > 1:10009926‑M1/7‑9 (MQ=255) cggacgtgttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaag > 1:6584875‑M1/8‑9 (MQ=255) gacTGGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagt > 1:17495920‑M1/2‑8 (MQ=255) atgtatgttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagt > 1:13426338‑M1/7‑8 (MQ=255) atagttgttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagt > 1:1773180‑M1/7‑8 (MQ=255) aaatagtttatggtgctacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgaagctcaaaagctgacaggtcaaaagt > 1:11813873‑M1/8‑8 (MQ=255) aCTGAGTtgtgggggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagta > 1:17572443‑M1/1‑7 (MQ=255) cagggttatgtcggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatactcaaaagctgactggtcaaaagtat > 1:6809556‑M1/3‑6 (MQ=255) atgGGTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagtat > 1:17208464‑M1/2‑6 (MQ=255) tgagttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagtatg > 1:5346876‑M1/4‑5 (MQ=255) taggttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagtatg > 1:10841094‑M1/3‑5 (MQ=255) gtagttatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagtatg > 1:2133561‑M1/4‑5 (MQ=255) gggTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagtatga > 1:8219139‑M1/1‑4 (MQ=255) gggTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagtatga > 1:8281961‑M1/1‑4 (MQ=255) ggTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagtatgat > 1:14281420‑M1/1‑3 (MQ=255) ggTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagtatgat > 1:11298192‑M1/1‑3 (MQ=255) gTtatggtggtacgaaagaagaaatgcaacgactcttgactgatgctcaaaagctgactggtcaaaagtatgata > 1:10544308‑M1/1‑2 (MQ=255) | GTTGGTGATATTCAAAATGCTTATCAAGGTTTT‑GCG‑AAAC‑AAAACTACAC‑AATGCTTGATAACTTG‑AAACTGGGT‑AAACCTAAAAAACTAGCTCAGTATAAACCTCGTGAAAACGGTGGAACTCTAAACGAATTAAGACGTAGACAA > NC_004302/23305‑23451 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |