| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_004302 | 8,712 | (TGAATT)3→2 | coding (21‑26/396 nt) | r1tp14 → | ORF14 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_004302 | 8696 | 8701 | 6 | 117 [0] | [0] 114 | r1tp13 r1tp14 |
ORF13 ORF14 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_004302 | 8702 = | 0 (0.000) | 97 (1.740) | 5/116 | 0.2 | 100% | coding (165/165 nt) coding (11/396 nt) |
r1tp13 r1tp14 |
ORF13 ORF14 |
| ? | NC_004302 | = 8695 | 0 (0.000) | coding (158/165 nt) coding (4/396 nt) |
r1tp13 r1tp14 |
ORF13 ORF14 |
|||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TGATCATGAGATTATTTTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAAATTTGAATTTGAATTTGAATTGGATAAAATGCCAACTACTCAGCAGCAAAAAGGCATTAAAAAAGTGA > NC_004302/8621‑8764 | ttattctGAGATTATTCTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑Ga > 1:2665004/7‑75 (MQ=255)tctgtttGAGATTATTTTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑Ga > 1:10132309/7‑75 (MQ=255)agtagctGAGATTATTTTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑Ga > 1:6084722/7‑75 (MQ=255) taggttgagatTATTTTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAa < 1:1744131‑M2/70‑2 (MQ=255) taataggagattatttTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAa < 1:1210008‑M2/69‑2 (MQ=255) ataagtcagattattttTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAa < 1:15672065‑M2/68‑2 (MQ=255) acttataattatttttattcTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaat < 1:12850289‑M2/68‑4 (MQ=255) cATGAGATTATTTTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatt < 1:7252403‑M2/75‑5 (MQ=255) cATGAGATTATTTTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatt < 1:11979382‑M2/75‑5 (MQ=255) tcttattttttattcttAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaa < 1:10169185‑M2/69‑9 (MQ=255) agaTTATTTTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaa < 1:1072540‑M2/75‑9 (MQ=255) attgatgtttattcttaATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaat < 1:2643785‑M2/68‑10 (MQ=255) aatgtaatttattcttaATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaat < 1:14979685‑M2/68‑10 (MQ=255) catattttTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatt < 1:1829382‑M2/73‑11 (MQ=255) tagggcttagtcttAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaattt < 1:16897356‑M2/69‑12 (MQ=255) tagggcttagtcttAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaattt < 1:12815919‑M2/69‑12 (MQ=255) agagtggtattcttaATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaattt < 1:8880959‑M2/68‑12 (MQ=255) acagtattcTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaa < 1:2469299‑M2/71‑15 (MQ=255) gaagtcttaATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattg < 1:10078206‑M2/71‑18 (MQ=255) aactgtataatcgcaTGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaattgtgaatt < 1:5522270‑M2/68‑18 (MQ=255) atcatctaaacgcATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattgg < 1:12709925‑M2/69‑19 (MQ=255) aatagatcgcaTGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggata < 1:2996543‑M2/70‑22 (MQ=255) tttcgacgcatg‑cTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaa < 1:2214142‑M2/69‑24 (MQ=255) tatatccgcatggCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataa < 1:5505960‑M2/69‑23 (MQ=255) agtatcgCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaa < 1:13404608‑M2/72‑24 (MQ=255) aagtaaacatggctcAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaa < 1:7388847‑M2/68‑24 (MQ=255) ttacgctatggctcaGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaa < 1:5112602‑M2/68‑25 (MQ=255) aacgtgtgctcagatG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgc < 1:4378375‑M2/68‑28 (MQ=255) tggggctcAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaa < 1:13124907‑M2/72‑31 (MQ=255) ttttgacagatg‑cC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaac < 1:6738733‑M2/69‑32 (MQ=255) atatctcagATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaac < 1:1875736‑M2/71‑32 (MQ=255) tcgaggtgatg‑cc‑tgCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaact < 1:11970231‑M2/68‑33 (MQ=255) gaagtcagaTG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaact < 1:4844094‑M2/71‑33 (MQ=255) gaagcgagagg‑cc‑tgcAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaact < 1:14488082‑M2/69‑33 (MQ=255) gaagcgagagg‑cc‑tgcAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaact < 1:14467379‑M2/69‑33 (MQ=255) tgttcagATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaacta < 1:3664359‑M2/72‑34 (MQ=255) tattgagatg‑cC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaacta < 1:11876428‑M2/70‑34 (MQ=255) caattcaatg‑cc‑‑gcaATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactac < 1:16899403‑M2/68‑35 (MQ=255) aaaggagatgaCC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaact < 1:782549‑M2/70‑33 (MQ=255) tgcaacatg‑cc‑tgCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactac < 1:13510436‑M2/69‑35 (MQ=255) gtaaacatg‑cc‑tgCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactac < 1:9875109‑M2/69‑35 (MQ=255) gatcaGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactac < 1:7946913‑M2/73‑35 (MQ=255) tacaaatg‑cc‑tGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactact < 1:6645878‑M2/70‑36 (MQ=255) gttcatg‑cc‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactc < 1:5812048‑M2/71‑37 (MQ=255) ctgatG‑CG‑TGAAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactca < 1:12861202‑M2/73‑38 (MQ=255) cAGTTG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaaccctggt > 1:14029950‑M2/1‑38 (MQ=255) cAGTTG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaaccctggt > 1:14010002‑M2/1‑38 (MQ=255) cAGTTG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaaccctggt > 1:11922702‑M2/1‑38 (MQ=255) cAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactca < 1:4304052‑M2/75‑38 (MQ=255) cAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactca < 1:2523183‑M2/75‑38 (MQ=255) atgatG‑CCATGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactc < 1:16004852‑M2/73‑37 (MQ=255) tgattc‑tgcaaTTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagc < 1:6984612‑M2/70‑40 (MQ=255) taagtc‑tgcaaTTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagc < 1:12880951‑M2/70‑40 (MQ=255) taaaaatcaattg‑ttA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagca < 1:8261848‑M2/68‑41 (MQ=255) gattatgcaatTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagca < 1:2043679‑M2/70‑41 (MQ=255) ctac‑tgcAAATG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcag < 1:2336678‑M2/72‑42 (MQ=255) atttaaattg‑ttA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcggcagat < 1:3611460‑M2/70‑44 (MQ=255) agtaaaatta‑ttA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagca < 1:10980485‑M2/70‑44 (MQ=255) ttgtaattgaTTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagca < 1:10948989‑M2/71‑44 (MQ=255) tcatatctg‑tta‑gatTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaa < 1:12627381‑M2/68‑45 (MQ=255) taacaatTG‑GTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaa < 1:11121111‑M2/72‑45 (MQ=255) gtctggtg‑ttatgATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaa < 1:1884039‑M2/69‑45 (MQ=255) ggaaattg‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagctaa < 1:16547906‑M2/72‑46 (MQ=255) gctatttg‑tga‑gATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactacacagcagcaag < 1:6832584‑M2/70‑46 (MQ=255) aggcgttg‑taa‑gATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaa < 1:2655379‑M2/70‑46 (MQ=255) gCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactacatagcagcaaga < 1:14503229‑M2/75‑47 (MQ=255) attgttg‑tta‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaa < 1:6737950‑M2/71‑47 (MQ=255) gaggtg‑tta‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaa < 1:11610239‑M2/71‑48 (MQ=255) cAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcggcagcaaaaa > 1:14769463‑M2/1‑28 (MQ=255) tttctctta‑gatttGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaattgccaactactcagcagcaaaaa < 1:12732534‑M2/69‑48 (MQ=255) tttctctta‑gatttGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaa < 1:12712043‑M2/69‑48 (MQ=255) gtagtcgta‑gatttgGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaa < 1:11017448‑M2/68‑48 (MQ=255) cgatg‑ttA‑AATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaag < 1:16905833‑M2/72‑49 (MQ=255) tgaacgggatttggaGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaagg < 1:1319987‑M2/68‑50 (MQ=255) gagatattttgAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcat < 1:7563525‑M2/70‑53 (MQ=255) cga‑gaTTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcatt < 1:11593838‑M2/73‑54 (MQ=255) atggtgtttggagaaG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcat < 1:8100980‑M2/69‑53 (MQ=255) tA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaatttgataaaatgccaactactcagcagcaaaaagacagat > 1:3605209‑M2/1‑21 (MQ=255) caatgcttggggaaG‑‑CGAGT‑GAaaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcat < 1:12784898‑M2/69‑54 (MQ=255) gttggtggagaAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaa < 1:5856610‑M2/70‑56 (MQ=255) aggatggagAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaa < 1:10669220‑M2/71‑57 (MQ=255) atgtggaGAAG‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaa < 1:9926583‑M2/72‑58 (MQ=255) atgggtagaaa‑‑cgagT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaaaggcattaa < 1:13302526‑M2/69‑58 (MQ=255) actagttag‑‑cgagt‑gAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaa < 1:10960261‑M2/68‑60 (MQ=255) tGGAGAAGGTCGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaa < 1:1506867‑M2/75‑59 (MQ=255) gagagaag‑‑CGAGT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaag < 1:12350011‑M2/73‑61 (MQ=255) agttaggg‑‑cgagttgAaatttgaatttgaattggataaaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaa < 1:10125610‑M2/68‑60 (MQ=255) gaaatag‑‑cgagT‑GAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagt < 1:3605824‑M2/70‑62 (MQ=255) tggatgggagt‑gaaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtg < 1:4876838‑M2/68‑63 (MQ=255) taatggggagt‑gaaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtg < 1:15045412‑M2/68‑63 (MQ=255) gtttttagagt‑gaaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtg < 1:7462869‑M2/68‑63 (MQ=255) aggtatgagt‑gaaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtga < 1:8845869‑M2/69‑64 (MQ=255) tatttttt‑gaaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtgaag < 1:3832231‑M2/68‑66 (MQ=255) ggagttt‑gagatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaaatgaagc < 1:3440864‑M2/69‑67 (MQ=255) acggact‑gaaagttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtgaagg < 1:10896509‑M2/69‑67 (MQ=255) aatacat‑gagatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtgaagg < 1:3728548‑M2/69‑67 (MQ=255) tgccat‑gaattttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtgaaggg < 1:14263958‑M2/70‑68 (MQ=255) taatgt‑gaaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtgaaggg < 1:6382196‑M2/71‑68 (MQ=255) cgttttcgaaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtgaagg < 1:13660285‑M2/68‑67 (MQ=255) gtgt‑gAaatttgaatttgaattggataaaatgccaactactcagcagcaaaaaggcattaaaaaagtgaagggta < 1:12767443‑M2/73‑70 (MQ=255) | TGATCATGAGATTATTTTTATTCTTAATCGCATGGCTCAGATG‑CC‑TGCAATTG‑TTA‑GATTTGGAGAAG‑‑CGAGT‑GAAATTTGAATTTGAATTTGAATTGGATAAAATGCCAACTACTCAGCAGCAAAAAGGCATTAAAAAAGTGA > NC_004302/8621‑8764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |