| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | 1 | 1,136,980 | Δ313 bp | coding (558‑870/1110 nt) | unknown ← | Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | 1 | 1136980 | 1137292 | 313 | 71 [0] | [1] 71 | unknown | Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 1136979 | 0 (0.000) | 70 (0.840) | 49/426 | 0.5 | 100% | coding (871/1110 nt) | unknown | Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| ? | 1 | 1137293 = | 0 (0.000) | coding (557/1110 nt) | unknown | Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 | |||||
TATTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTACACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCCACTAAATCCCCTTGGTTCTTATAAAGCGTAGGGGGAATATTAATGGTTTTCTCTAAGATACTTTGTGCAATTTCCGAGCCGGCTTGTACCGTATCCGTTGGTTGGAAAGTTCCGCGTTTTGCTAATTGGGTAGATAGTGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > 1/1136728‑1136979‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGCGCTTTACCCGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAACATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGATTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATTTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGGGGGGCGGATGGAATATCTAACGCCTCTGTCGTACTATGATTTT > 1/1137293‑1137539 ggTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCAT > 1:212741/3‑251ggTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCAT > 1:514503/3‑251 TCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGT > 1:248387/1‑251 TTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTTCTCCAGGATACTTTGTGCAATTTCAGAGCCGGCTTGTACCGTATCAGTCGGATTAAATGTCCCCCGTTTGGCTAATTGAGTAGATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACC > 1:605604/1‑249 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AGATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGCCGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTAC > 1:386557/1‑161 AGATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTAC > 1:95516/1‑226 GATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGAC < 1:317537/233‑1 GATAATGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGC > 1:624423/1‑64 ataaTGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGT < 1:628103/218‑1 ataaTGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTAC < 1:798201/155‑1 TGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGC < 1:421122/251‑1 GGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACG < 1:221399/239‑1 ATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATC < 1:465065/251‑1 ATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATC < 1:762157/251‑1 GTGATCATGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAA > 1:53515/1‑250 TGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCT > 1:735888/1‑248 TGCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAA < 1:340545/243‑1 GCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACG < 1:226926/221‑1 GCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCCTTGATTAAACG > 1:851247/1‑221 GCTTAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTAGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATc > 1:84462/1‑160 TAACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTG > 1:80894/1‑139 ACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGTCGTt > 1:824851/1‑249 ACATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGGTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGT < 1:438377/246‑1 CATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAG < 1:119367/196‑1 CATGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTAC < 1:505888/125‑1 TGATGGCATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGAACGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCT < 1:45897/94‑1 CATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGTCGTTCTATGATTT < 1:572534/250‑1 ATTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGTCGTTCTATGATTTT > 1:436239/1‑250 TATTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTACACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCCACTAAATCCCCTTGGTTCTTATAAAGCGTAGGGGGAATATTAATGGTTTTCTCTAAGATACTTTGTGCAATTTCCGAGCCGGCTTGTACCGTATCCGTTGGTTGGAAAGTTCCGCGTTTTGCTAATTGGGTAGATAGTGCACTGGTTGAATCGGTGATCATGCTTAACATGATGGCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > 1/1136728‑1136979‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGCGCTTTACCCGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAACATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGATTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATTTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGGGGGGCGGATGGAATATCTAACGCCTCTGTCGTACTATGATTTT > 1/1137293‑1137539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |