| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | 1 | 163,530 | Δ19 bp | intergenic (‑28079/+50149) | unknown ← / ← unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | 1 | 163530 | 163548 | 19 | 85 [0] | [0] 85 | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 163529 | 0 (0.000) | 85 (0.960) | 59/430 | 0.3 | 100% | intergenic (‑28078/+50168) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG |
| ? | 1 | 163549 = | 0 (0.000) | intergenic (‑28098/+50148) | unknown/unknown | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/tRNA‑Arg‑ACG | |||||
ATCCATAGTCGCCACTTATCCCAATAAAATCCAGTAAATGTAATCGGCTCTGTACCACAATCTAAGGCGGCACGAATGAGCCACGAACTGATGCTTTCATTGAGGTAAAGCGGTGTTCGAATAATCCTTGATTTTATCCGATAATTTTTCGTAAGCCCTGCGTTGGTTGTACCCATGAATTATGCTCGATAATATCTAATGTAATTTGCTCTGTTCCTGTTGTAATCGCTTCAATGGCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGAATTGCATCTTTTGTGCCTACGC > 1/163312‑163791 | ccctctatctaaatcatatatccatagtcgccacttatcccaataaaatccagtaaatgtaatcggctctgtaccacaatctaaggcggcacgaatgagccacgagctgatgctttcattgaggtaaagcggtgttcgaataatccttgattttatccgataatttttcataagccctgcgttggttgtacccatgaattatgctcgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTtaat > 1:444956‑M2/238‑251 (MQ=255) 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1:341739‑M2/173‑221 (MQ=255) gctctgtaccacaatctaaggcggcacgaatgagccacgagctgatgctttcattgaggtaaagcggtgttcgaataatccttgattttatccgataatttttcgtaagccctgcgttggttgtacccatgaattatgctcgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGa > 1:380631‑M2/173‑251 (MQ=255) gtaccacaatctaaggcggcacgaatgagccacgagctgatgctttcattgaggtaaagcggtgttcgaataatccttgattttatccgataatttttcgtaagccctgcgttggttgtacccatgaattatgctcgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAAc < 1:228946‑M2/18‑1 (MQ=255) gtaccacaatctaaggcggcacgaatgagccacgagctgatgctttcattgaggtaaagcggtgttcgaataatccttgattttatccgataatttttcgtaagccctgcgttggttgtacccatgaattatgctcgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTAc < 1:275427‑M2/25‑1 (MQ=255) cacaatctaaggcggcacgaatgagccacgagctgatgctttcattgaggtaaagcggtgttcgaataatccttgattttatccgataatttttcgtaagccctgcgttggttgtacccatgaattatgctcgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGAtt < 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1:832400‑M2/55‑251 (MQ=255) ggttgtacccatgaattatgctcgataatatctatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGtt > 1:484542‑M2/54‑251 (MQ=255) gtacccatgaattatgctcgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGc > 1:527002‑M2/51‑250 (MQ=255) cccatgaattatgctcgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAAt > 1:246040‑M2/48‑83 (MQ=255) cccatgaattatgctcgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGAt < 1:665958‑M2/204‑1 (MQ=255) 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cgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAaca > 1:680552‑M2/33‑250 (MQ=255) cgataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAaca > 1:340202‑M2/33‑250 (MQ=255) ataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCGCGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAAGT‑CCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGAtt < 1:222696‑M2/87‑1 (MQ=255) ataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTc < 1:684040‑M2/29‑1 (MQ=255) ataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATc < 1:190725‑M2/151‑1 (MQ=255) ataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAActc < 1:371121‑M2/172‑1 (MQ=255) ataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGa > 1:685772‑M2/31‑251 (MQ=255) ataatatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGa > 1:337099‑M2/31‑251 (MQ=255) tatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTc < 1:621650‑M2/101‑1 (MQ=255) tatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAAt > 1:74035‑M2/27‑148 (MQ=255) tatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCt < 1:364210‑M2/152‑1 (MQ=255) tatctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGAATTg > 1:714710‑M2/27‑251 (MQ=255) atctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGAATTg > 1:96220‑M2/26‑250 (MQ=255) ctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATcc > 1:838448‑M2/24‑169 (MQ=255) ctaatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTaaa < 1:884160‑M2/215‑1 (MQ=255) aatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGAtt > 1:378683‑M2/22‑109 (MQ=255) aatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAag < 1:846456‑M2/128‑1 (MQ=255) aatgtaatttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGAATTGCAt > 1:666226‑M2/22‑249 (MQ=255) tttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGAATTGCATCTTTTGTgc < 1:331775‑M2/237‑1 (MQ=255) ttgctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGAATTGCATCTTTTGTgcc < 1:749702‑M2/238‑1 (MQ=255) gctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAAt > 1:218673‑M2/12‑155 (MQ=255) gctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCa > 1:400987‑M2/12‑179 (MQ=255) gctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTa < 1:641978‑M2/177‑1 (MQ=255) gctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTaaa < 1:786348‑M2/215‑1 (MQ=255) gctctgttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGAATTGCATCTTTTGTgccta > 1:258340‑M2/12‑251 (MQ=255) gttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGc < 1:417850‑M2/93‑1 (MQ=255) gttcctCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGAATTGCATCTTTTGTgcctacgc > 1:742453‑M2/7‑249 (MQ=255) | ATCCATAGTCGCCACTTATCCCAATAAAATCCAGTAAATGTAATCGGCTCTGTACCACAATCTAAGGCGGCACGAATGAGCCACGAACTGATGCTTTCATTGAGGTAAAGCGGTGTTCGAATAATCCTTGATTTTATCCGATAATTTTTCGTAAGCCCTGCGTTGGTTGTACCCATGAATTATGCTCGATAATATCTAATGTAATTTGCTCTGTTCCTGTTGTAATCGCTTCAATGGCGCACGCGGTTAATAAACGATGTACATTCCCTAAATTACCCCCTGAAATCGTATGAATTTTTGTCGCTAACTCTGGCGATTGTAGATTAGAGCATTTTTTCAATGGCAAAATACCTTGAAATTGGAAGAGTAATTTTTGAAAATCCTTATCTAATTTCCATGTTGGCAACTCTGCTACATCAAAACGACTGGCGTGTTGCGGATCGGTGTGTAAAACACGAATTGCATCTTTTGTGCCTACGC > 1/163312‑163791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |