| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 258496 | 77 (0.870) | 98 (1.130) | 65/424 | 0.1 | 72.1% | intergenic (+205/+5) | unknown/unknown | DNA‑directed RNA polymerase beta' subunit (EC 2.7.7.6)/Transposase, IS200 family |
| ? | 1 | 439414 = | 0 (0.000) | coding (118/141 nt) | unknown | Transposase, IS200 family | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GCGGAATAAGATTCCTGTAAATAACAATCCGCACGTAAAACGTGCGGTTTTTAGGCTACTCTATAAGGACCTAGTACTTCACATGCCCTTCAAAGGGCATATGAAAACCAACAACCGTGAAATAACTCTATGACCTACCCCTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > 1/258283‑258496‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACAA > 1/439414‑439658 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CTACCCCTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAG < 1:519661/251‑1 ACCCCTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCAT > 1:260071/1‑196 CCCTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTC < 1:211456/239‑1 CCTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGggg > 1:590962/1‑248 CCTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTT > 1:853444/1‑220 CTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGAT > 1:571343/1‑160 GGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATAT < 1:160270/204‑1 GGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTAT > 1:389451/1‑251 GGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATAT < 1:507589/235‑1 GTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGC > 1:19981/1‑171 CCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATAT < 1:397323/199‑1 CACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTT > 1:255577/1‑207 ACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATA < 1:876962/229‑1 TATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTT < 1:406717/122‑1 TCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCG > 1:776683/1‑249 TCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAG < 1:292824/227‑1 CGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTT > 1:887480/1‑251 AAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGT < 1:285152/112‑1 ATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTC < 1:803722/251‑1 ATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCTTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCAT > 1:508190/1‑112 ATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTGTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTA < 1:454353/235‑1 TCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATA > 1:344126/1‑251 GAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCT < 1:637616/234‑1 ATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGC > 1:694463/1‑134 TGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATAT > 1:888379/1‑196 GTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTC > 1:364617/1‑189 TCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGT < 1:200055/251‑1 TCCTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTT > 1:166503/1‑167 CTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTg < 1:540410/251‑2 CTTTTCCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGAC > 1:251045/1‑110 CCTGATTCCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCGTACGCtatgcgtatggaatcaaag < 1:416073/251‑20 CCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAAT > 1:188811/1‑151 CCTTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAG < 1:343973/76‑1 TTATATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGGGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTGTTATAGCTAGACAA < 1:398054/251‑1 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAG < 1:336969/174‑1 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATAT > 1:407798/1‑172 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTC < 1:512824/166‑1 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCT > 1:647217/1‑141 TATCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATAC > 1:352561/1‑65 GCGGAATAAGATTCCTGTAAATAACAATCCGCACGTAAAACGTGCGGTTTTTAGGCTACTCTATAAGGACCTAGTACTTCACATGCCCTTCAAAGGGCATATGAAAACCAACAACCGTGAAATAACTCTATGACCTACCCCTTAAAGGGGTCCACATATCCTTTCTTCGATAAATTATCCTGAATCATGTCTTCCTTTTCCTGATTCCTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > 1/258283‑258496‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatCCGTTCTAAGCCTTCCGTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATACGCATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACAA > 1/439414‑439658 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |