| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP028101 | 2039308 = | 205 (1.140) | 9 (0.050) | 7/422 | 3.0 | 3.2% | coding (640/3531 nt) | C7Y58_09910 | autotransporter |
| ? | CP028101 | 2039518 = | 357 (2.080) | coding (430/3531 nt) | C7Y58_09910 | autotransporter | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
TTTGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCAATACCACCTTTTACAAAAGTTTTTGAGCCTTTCTTAAATTCAATTTCTCCTTGACCATTAGAAGTTGTTTTATCAAAACCAATACCAGCTCCTGAACTTTCTATTCTAGTATTCCCTTCAGTAGTAAATTTTTTAGCAACACTAACTCCTCTGACAAGAATCCCTTTACCTTCTTTACTACTATGAAATTGTCTTAATATATCTCCACTATTGATAGTACCATTGAAAAGATTTTTAACATTTA > CP028101/2039268‑2039769 | tttGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATAc < 2:103302/251‑1 (MQ=255) tCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCaa < 2:528224/251‑1 (MQ=255) cAATCTAGTACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCGTTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCAATaccac < 1:835364/251‑1 (MQ=255) aTCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGATCCTGATTCAAATGTTAAACGTTCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATAAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCaa < 2:386313/243‑1 (MQ=255) aTCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCAATaccac > 1:371116/1‑249 (MQ=255) atatAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATAc < 1:50596/225‑1 (MQ=255) atatAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATAc > 2:50596/1‑225 (MQ=255) 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atatAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCAATACCACCTTTTACAAAAg > 2:211326/1‑251 (MQ=255) atatAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCACTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCAATACCACCTTTTACAAAAg > 2:541485/1‑251 (MQ=255) aGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCAACACCACCt < 1:913723/219‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |