| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP028101 | 2039518 = | 357 (2.080) | coding (430/3531 nt) | C7Y58_09910 | autotransporter | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATAAATCCCCTTTAATTTCTAAATTAGCTTGTATTTTCTCAGGTACAAAAAGTTTTGTTTCTTCTTCTAATAAAAATTGAGAATTCCAAGAACGATCAATATTTCCATCTAAAATACTTCCTTTTTCAAAAGTTACTGTATTTAAACTATGTTCTCCATCAGCATAAGTATCAATTTGTCTTAATACATTATAGCCTTTTGCTATCAATTTTGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCAATACCACCTTTTACAAAAGTTTTTGAGC > CP028101/2039059‑2039553 | taAATCCCCTTTAATTTCTAAATTAGCTTGTATTTTCTCAGGTACAAAAAGTTTTGTTTCTTCTTCTAATAAAAATTGAGAATTCCAAGAACGATCAATATTTCCATCTAAAATACTTCCTTTTTCAAAAGTTACTGTATTTAAACTACGTTCTCCATCAGCATAAGTATCAATTTGTCTTAATACATTATAGCCTTTTGCTATGAATTTTGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAattat > 1:797709/1‑251 (MQ=255) aTCCCCTTTAATTTCTAAATTAGCTTGTATTTTCTCAGGTACAAAAAGTTTTGTTTCTTCTTCTAATAAAAATTGAGAATTCAAAGAACGATCAATATTTCCATCTAAAATACTTCCTTTTTCAAAAGTTATTGTATTTAAACTATGTTCTCCATCAGCATAAGTATCAATTTGTCTTAATACATTATAGCCTTTTGCTATCAATTTTGTTTTTCTTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTg > 1:198327/1‑251 (MQ=255) cTTGTATTTTCTCAGGTACAAAAAGTTTTGTTTCTTCTTCTAATAAAAATTGAGAATTCCAAGAACGATCAATATTTCCATCTAAAATACTTCCTTTTTCAAAAGTTACTGTATTTAAACTATGTTCTCCATCAGCATAAGTATCAATTTGTCTTAATACATTATAGCCTTTTGCTATCAATTTTGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAAcc < 1:359635/250‑1 (MQ=255) cAAAAAGTTTTGTTTCTTCTTCTAATAAAAATTGAGAATTCCAAGAACGATCAATATTTCCATCTAAAATACTTCCTTTTTCAAAAGTTACTGTATTTAAACTATGTTCTCCATCAGCATAAGTATCAATTTGTCTTAATACATTATAGCCTTTTGCTATCAATTTTGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGa < 2:274551/251‑1 (MQ=255) ttttGTTTCTTCTTCTAATAAAAATTGAGAATTCCAAGAACGATCAATATTCCCATCTAAAATACTTCCTTTTTCAAAAGTTACTGTATTTAAACTATGTTCTCCATCAGCATAAGTATCAATTTGTCTTAATACATTATAGCCTTTTGCTATCAATTTTGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATg < 1:636639/249‑1 (MQ=255) aataaAAATTGAGAATTCCAAGAACGATCAATATTTCCATCTAAAATACTTCCTTTTTCAAAAGTTACTGTATTTAAACTATGTTCTCCATCAGCATAAGTATCAATTTGTCTTAATACATTATAGCCTTTTGCTATCAATTTTGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAAttt > 1:295216/1‑251 (MQ=255) aaTTCCAAGAACGATCAATATTTCCATCTAAAATACTTCCTTTTTCAAAAGTTACTGTATTTAAACTATGTTCTCCATCAGCATAAGTATCAATTTGTCTTAATACATTATAGCCTTTTGCTATCAATTTTGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAg < 2:176275/251‑1 (MQ=255) 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ATAAATCCCCTTTAATTTCTAAATTAGCTTGTATTTTCTCAGGTACAAAAAGTTTTGTTTCTTCTTCTAATAAAAATTGAGAATTCCAAGAACGATCAATATTTCCATCTAAAATACTTCCTTTTTCAAAAGTTACTGTATTTAAACTATGTTCTCCATCAGCATAAGTATCAATTTGTCTTAATACATTATAGCCTTTTGCTATCAATTTTGTTTTTCCTACCAATCTAATACCATATAAAGCTGAATTATTTGCAAGTATATTTAACTCAGAACCTGATTCAAATGTTAAACGATCATGTTCTTTTACTTCAAATTTTCCAGTTCCATAGTTACCCATTAGTGTTACTTTAGCACCTTTTTTTATAGTTCCTTTATTTGCCATTAATCCATAGGCTCCACCTATTAATGTAGTATCACTTCCTTCTTCAAAGGTAACATTGTTATATCTTGCAAATACTCCAGCAATACCACCTTTTACAAAAGTTTTTGAGC > CP028101/2039059‑2039553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |