| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP028101 | = 2136413 | 203 (0.880) | 21 (0.090) | 15/298 | 11.0 | 9.2% | intergenic (‑791/+84) | C7Y58_10225/C7Y58_10230 | autotransporter domain‑containing protein/hypothetical protein |
| ? | CP028101 | 2136935 = | 210 (0.910) | pseudogene (591/1029 nt) | C7Y58_10230 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AACCACTTGGAGATAACATAAAATCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCACCTATACT > CP028101/2136264‑2136562 | aaCCACTTGGAGATAACATAAAATCCACTGGATTTATAGCTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAg > 1:2671193/1‑150 (MQ=255) cACTTGGAGATAACATAAAATCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGAc > 1:1913872/1‑150 (MQ=255) agaTAACATAAAATCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTgg < 1:1671408/150‑1 (MQ=255) 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cATAAAATCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTacaac < 1:2600321/150‑1 (MQ=255) aTAAAATCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTacaaca < 1:1544034/150‑1 (MQ=255) aaaTCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTa > 1:1621802/1‑150 (MQ=255) aaaTCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAACGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTa > 1:2828988/1‑150 (MQ=255) aaTCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTaa < 1:86583/150‑1 (MQ=255) 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ttCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCta > 1:1659864/1‑150 (MQ=255) tCCAACACTATTGGGTGTTGTTATTGCCAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCtat < 1:2115989/150‑1 (MQ=255) cAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTatat < 1:1592025/150‑1 (MQ=255) aacgcTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGATGTAATACTTGTTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTGGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATGAATAGTGGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATAtt < 1:2067755/146‑1 (MQ=255) aaCACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATAtt > 1:3416891/1‑150 (MQ=255) 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tGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACta > 1:2171466/1‑150 (MQ=255) ggTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAACAAATCCTAGAATAAGTGCAACtat > 1:1928324/1‑150 (MQ=255) gCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACtattat > 1:3238707/1‑150 (MQ=255) gCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACtattat > 1:3238700/1‑150 (MQ=255) ttGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCt > 1:1474522/1‑150 (MQ=255) tGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTc > 1:1849076/1‑150 (MQ=255) gttgtACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTcc < 1:3052898/148‑1 (MQ=255) ggTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTcc < 1:3052893/150‑1 (MQ=255) tgtACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCAc > 1:2942644/1‑150 (MQ=255) gtACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCAcc < 1:1885167/150‑1 (MQ=255) cTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCACCtat > 1:3536630/1‑150 (MQ=255) cTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCACCtat > 1:1192943/1‑150 (MQ=255) aGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCACCTATAc > 1:1789089/1‑150 (MQ=255) aGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCACCTATAc > 1:278299/1‑150 (MQ=255) ggACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCACCTATACt > 1:2474743/1‑150 (MQ=255) ggACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCACCTATACt > 1:2344934/1‑150 (MQ=255) ggACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCACCTATACt < 1:2805210/150‑1 (MQ=255) | AACCACTTGGAGATAACATAAAATCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGGACTAGCTGGTACAACATTAATAGTTGGTGGCACTGGTGCACTTGGTGCTGTTATTGCTATATTTATAGTTGGTGCACTTGGTAGTGATAGGTCCAATTTTACCAATAAATCCTAGAATAAGTGCAACTATTATTGCTCCACCTATACT > CP028101/2136264‑2136562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |