| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP028101 | = 2136413 | 203 (0.880) | 21 (0.090) | 15/298 | 11.0 | 9.2% | intergenic (‑791/+84) | C7Y58_10225/C7Y58_10230 | autotransporter domain‑containing protein/hypothetical protein |
| ? | CP028101 | 2136935 = | 210 (0.910) | pseudogene (591/1029 nt) | C7Y58_10230 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATAAAATCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP028101/2136281‑2136413‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGATTCAGCTTCTGATGACTCAGTAGCTGCTGCAAGTCCTGCTGAACTT > CP028101/2136935‑2137082 ATAAAATCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTC < 1:2597333/150‑1 TATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTG > 1:1340689/1‑150 GTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTA > 1:2637270/1‑150 GTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTA > 1:2637273/1‑150 AGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTT < 1:943212/150‑1 AGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTT < 1:943208/150‑1 GTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTG > 1:855318/1‑150 ACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCA < 1:2059899/150‑1 TTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAA > 1:730762/1‑150 TTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAA > 1:730757/1‑150 TTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAA > 1:730756/1‑150 TTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTC < 1:1853993/150‑1 TGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGAT < 1:252548/150‑1 TGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGAT < 1:252551/150‑1 TGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGATTCA < 1:784404/150‑1 TTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGATTCAGCT < 1:44369/150‑1 ttctAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGATTCAGCTCCTGA > 1:2677084/5‑150 TTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGATTCAGCTTCTGA > 1:2677089/1‑150 CCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGATTCAGCTTCTGATG > 1:2693081/1‑150 AGTTGGTGCACTTGGTGTACTAGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGATTCAGCTTCTGATGACTCAGTAGCT > 1:1473996/1‑150 AGTTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGATTCAGCTTCTGATGACTCAGTAGCTGCTGCAAGTCCTGCTGAACTT < 1:3371732/150‑1 ATAAAATCCACTGGATTTATAGTTGGAGTATTTATAGTTATCGTTCCAACACTATCAGGTGTTGTTATTGACAATGGTGTAATACTTGGTGGTTGAATTCCAATATTAATAGTTGGTGCACTTGGTGTACTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP028101/2136281‑2136413‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTAATTTAGCATCTCTTTCTTTTGCATTATTGATAATAGCTAAAATTTTTGTTTTAGTTCCTTCACTTAAATCTTGAAATTCACTTGCTAAGTGTCTTGATTCAGCTTCTGATGACTCAGTAGCTGCTGCAAGTCCTGCTGAACTT > CP028101/2136935‑2137082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |