| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen36_10 | 1 = | 0 (0.000) | 207 (0.780) | 75/174 | 0.0 | 100% | intergenic (–/+133) | –/Xen36_02112 | –/tRNA‑Gly(tcc) |
| ? | Xen36_28 | = 1613 | 0 (0.000) | intergenic (–/–) | –/– | –/– | |||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CCCATCACCCGCTCCATAAATAATTTTAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < Xen36_10/149‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agttacaaacattatttagtatttatgagctaatcaaacatcataatttttatggagagtttGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGC < Xen36_28/1613‑1542 CCCATCACCCGCTCCATAAATAATTTTAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTG < 1:2632850/150‑1CCCATCACCCGCTCCATAAATAATTTTAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTG < 1:199454/150‑1 ACCCGCTCCATAAATAATTTTAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTG > 1:3171135/1‑150 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< 1:989193/150‑1 tttacacgATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTCCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACG > 1:1186153/9‑150 gtaagaaAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACG < 1:1598690/143‑1 aagaaAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCT > 1:440938/6‑150 aagaaAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCT > 1:2703922/6‑150 aagaaAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCT > 1:2703920/6‑150 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AATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGG < 1:1982076/150‑1 acGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATTAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGC < 1:3251310/148‑1 ATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGC > 1:3156808/1‑150 cGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATTAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCG < 1:2587967/149‑1 AACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAACCAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTG < 1:2758196/150‑1 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< 1:1223284/150‑1 ATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCT > 1:2449104/1‑150 TTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCATACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTA < 1:1848656/150‑1 TTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTA < 1:2169126/150‑1 GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATTAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAAT > 1:889855/1‑150 GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAANCANCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCCGGCGGCGTGCCTAAT > 1:3557255/1‑150 GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAAT < 1:3034298/150‑1 GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAAT < 1:644995/150‑1 AAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATA > 1:1505900/1‑150 ACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACAT < 1:3732830/150‑1 CTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATTAGTCACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG < 1:1643630/150‑1 CTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATG 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CGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGAGAACGGACa > 1:3662215/1‑149 GTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGA < 1:1163297/150‑1 TTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATTAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAG > 1:235339/1‑150 TTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATTAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAG < 1:3760468/150‑1 TTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATTAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAG > 1:3618052/1‑150 TTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAG < 1:511628/150‑1 TTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAG < 1:2962549/150‑1 TTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAG > 1:1273763/1‑150 TAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTGTGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGA > 1:3708947/1‑150 TAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGA < 1:3203789/150‑1 AATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTTGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAA < 1:1757137/150‑1 gttcaAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAG < 1:1941608/145‑1 TTCCAAAAAA‑CGTAACTATTAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGC < 1:2082347/150‑1 TTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGA < 1:3409401/145‑1 TCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCT > 1:2935793/1‑150 CCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTT > 1:167427/1‑150 CAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACGAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTG > 1:2394521/1‑150 CAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTG > 1:695367/1‑150 CAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTG > 1:3160844/1‑150 CAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTACCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTG > 1:163786/1‑150 AAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGC < 1:720386/150‑1 CCCATCACCCGCTCCATAAATAATTTTAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAA‑CGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTTTATGGAGAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < Xen36_10/149‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agttacaaacattatttagtatttatgagctaatcaaacatcataatttttatggagagtttGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGC < Xen36_28/1613‑1542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |