New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	Xen14_124	= 2576	0 (0.000)	35 (0.420) +CCTTCGGTTTTCATCAGTCCTGATAACA	23/240	1.6	100%	intergenic (+232/–)	sctC_2/–	Type 3 secretion system secretin/–
	?	Xen14_21	74761 =	NA (NA)					intergenic (+146/–)	hipA/–	Serine/threonine‑protein kinase toxin HipA/–

GACGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  Xen14_21/74614‑74837                                                                                                                                                    |                                                                                           gACGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTg                                                                                          <  1:3693088/150‑1 (MQ=255)   cGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTgcg                                                                                        >  1:3467849/1‑150 (MQ=255)     gCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCa                                                                                      >  1:866750/1‑150 (MQ=255)        gTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTCGGTTTATGTTGGTGCGCATaa                                                                                   >  1:2018323/1‑150 (MQ=255)            aaaCCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATTGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAAtgtg                                                                               <  1:2997346/150‑1 (MQ=255)             aaCCAATGTGTCGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGa                                                                              >  1:742333/1‑150 (MQ=255)               ccAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGaca                                                                            >  1:836019/1‑150 (MQ=255)                cAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTGAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTCGGTGCGCATAATGTGacac                                                                           <  1:1672738/150‑1 (MQ=255)                      gtTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTa                                                                     <  1:2817041/150‑1 (MQ=255)                          aGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGtt                                                                 <  1:3907386/150‑1 (MQ=255)                           ggTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTg                                                                >  1:306353/1‑150 (MQ=255)                            gTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGa                                                               <  1:4225812/150‑1 (MQ=255)                              tGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTGGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGaaa                                                             >  1:4181050/1‑150 (MQ=255)                               gCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGaaaa                                                            <  1:717527/150‑1 (MQ=255)                               gCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGaaaa                                                            <  1:717526/150‑1 (MQ=255)                                 aCGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAgg                                                          <  1:2927806/150‑1 (MQ=255)                                   tgtcggtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGcc                                                        <  1:3861972/149‑1 (MQ=255)                                    gtcggtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCg                                                       >  1:840858/1‑150 (MQ=255)                                        gtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGc                                                   <  1:1758410/150‑1 (MQ=255)                                             gCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTATGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATAc                                              >  1:2920670/1‑150 (MQ=255)                                               cGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACtt                                            <  1:267362/150‑1 (MQ=255)                                                gagaCTACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACttt                                           <  1:3035068/150‑1 (MQ=255)                                                    aTACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCAc                                       <  1:2813605/150‑1 (MQ=255)                                                                gtaagATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCtt                           >  1:3748027/1‑150 (MQ=255)                                                                    gATATGGGGTTTTGTTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTta                       <  1:1057451/150‑1 (MQ=255)                                                                     atatGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTtat                      <  1:1034232/150‑1 (MQ=255)                                                                       atGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATAc                    >  1:2692848/1‑150 (MQ=255)                                                                       atGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGAAACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATAc                    >  1:3779353/1‑150 (MQ=255)                                                                         ggggTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACAt                  >  1:2928751/1‑150 (MQ=255)                                                                          gggTTTTGGTCGTGGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATa                 >  1:2470718/1‑150 (MQ=255)                                                                              tttGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATaacgc             >  1:3781403/1‑147 (MQ=255)                                                                                   tCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATaacgccattg        <  1:3783741/150‑9 (MQ=255)                                                                                       tgttAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATaacgccattgtgcg    <  1:2349973/150‑13 (MQ=255)                                                                                         ttAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATaacgccattgtgcgca  >  1:2163920/1‑136 (MQ=255)                                                                                         ttAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATaacgccattgtgcgca  >  1:2163919/1‑136 (MQ=255)                                                                                                 cAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACttt                                           <  1:1227641/101‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                    |                                                                                           GACGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  Xen14_21/74614‑74837

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.