| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_124 | = 2576 | 0 (0.000) | 35 (0.420) +CCTTCGGTTTTCATCAGTCCTGATAACA |
23/240 | 1.6 | 100% | intergenic (+232/–) | sctC_2/– | Type 3 secretion system secretin/– |
| ? | Xen14_21 | 74761 = | NA (NA) | intergenic (+146/–) | hipA/– | Serine/threonine‑protein kinase toxin HipA/– | |||||
CAGCAGGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_124/2431‑2576 | cagcagGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTggtctt > 1:2442478/1‑146 (MQ=255) agcagGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttc < 1:4121729‑M1/150‑6 (MQ=255) agcagGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttc > 1:456571‑M1/1‑145 (MQ=255) agcagGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCCTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTgg < 1:1090273/145‑1 (MQ=255) cagGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcgg < 1:3092739‑M1/150‑8 (MQ=255) agGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGAATGGtcttcggt > 1:2630188‑M1/1‑142 (MQ=255) gagaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttt < 1:3299894‑M1/150‑11 (MQ=255) gagaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttt < 1:3411254‑M1/150‑11 (MQ=255) agaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGGTGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggtttt > 1:3163119‑M1/1‑139 (MQ=255) agaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATAGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggtttt > 1:1259125‑M1/1‑139 (MQ=255) agaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCACGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggtttt > 1:753065‑M1/1‑139 (MQ=255) aCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttca < 1:4045207‑M1/150‑14 (MQ=255) cAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGATGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATG‑AATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatc > 1:3883761‑M1/1‑135 (MQ=255) cAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggtcttcat > 1:724114‑M1/1‑136 (MQ=255) aGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatc > 1:1576953‑M1/1‑135 (MQ=255) gcgcAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatca > 1:2459611‑M1/1‑134 (MQ=255) gcAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagt < 1:313725‑M1/150‑19 (MQ=255) gcgcTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctga < 1:1319504‑M1/150‑24 (MQ=255) gcTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgata > 1:1537422‑M1/1‑125 (MQ=255) 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gATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgtgacacgcgttatgttgaaaaggccgctgcgatactttccaccgcagcggccttttt < 1:554139‑M1/150‑98 (MQ=255) ggCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgtgacacgcgttacgttgaaaaggccgctgcgatactttccaccgcagcggcctttttataca > 1:1528805‑M1/1‑48 (MQ=255) ggCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcacataatgtgacacgcgttatgttgaaaaggccgctgcgatactttccaccgcagcggcctttttataca > 1:1569695‑M1/1‑48 (MQ=255) tgatgaAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgtgacacgcgttatgttgaaaaggccgctgcgatactttccaccgcagcggcctttttctacataccgcc > 1:3960248‑M1/1‑41 (MQ=255) tgaAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgtgacacgcgttatgttgaaaaggccgctgcgatactttccaccgcagc > 1:2988071‑M1/1‑38 (MQ=255) ttGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgtgacacgcgttatgttgaaaaggccgctgcgatactttccaccgcagcggcctttttatacataacgccattgtgcg > 1:1649978‑M1/1‑33 (MQ=255) ttGATGGGTTACAGCAATTCCGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgtgacacgcgttatgttgaaaaggccgctgcgatactttccaccgcagcggcctttttgtacacaacgccattgtgcg > 1:963290‑M1/1‑33 (MQ=255) aTGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgtgacacgcgttatgttgaaaaggccgctgcgatactttccaccgcagcggcctttttatacataacgccattgtgcgcac > 1:542591‑M1/1‑30 (MQ=255) | CAGCAGGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_124/2431‑2576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |