| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_19 | 57504 = | 16 (0.120) | 100 (0.790) | 62/278 | 0.9 | 91.3% | intergenic (‑120/+361) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 |
| ? | Xen14_19 | 57818 = | 4 (0.030) | intergenic (‑434/+47) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 | |||||
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ACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAAGAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATAGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCACAGTATGGC > Xen14_19/57673‑57965 | cgcaacttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTc < 1:1974146‑M2/5‑1 (MQ=255) atatAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAAGAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATAGACAGTT‑GGCCCCAATTGTCTTg > 1:927632/1‑150 (MQ=255) aacttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatacaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTg < 1:3378408‑M2/8‑1 (MQ=255) cctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGta > 1:2473744‑M2/138‑147 (MQ=255) ctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGtattta > 1:1602575‑M2/137‑150 (MQ=255) ttcttctctccaaaaactacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTg < 1:649076‑M2/18‑1 (MQ=255) ttcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTg < 1:649077‑M2/18‑1 (MQ=255) ttcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTg < 1:649075‑M2/18‑1 (MQ=255) cttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGtt > 1:1176220‑M2/131‑150 (MQ=255) tctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGtttt < 1:682622‑M2/22‑1 (MQ=255) tctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGtttt < 1:374693‑M2/22‑1 (MQ=255) tgAAATTAATTTACAAGAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATAGACAGTT‑GGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTa < 1:1501364/150‑1 (MQ=255) tctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGtttttt > 1:2559934‑M2/127‑150 (MQ=255) 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atgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATtaataa > 1:2752501‑M2/110‑150 (MQ=255) gcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGt > 1:3354571‑M2/108‑150 (MQ=255) tataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTaaa > 1:1007971‑M2/104‑150 (MQ=255) tataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTaaa > 1:1007972‑M2/104‑150 (MQ=255) tataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTaaa > 1:1007969‑M2/104‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |