| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_19 | 57504 = | 16 (0.120) | 100 (0.790) | 62/278 | 0.9 | 91.3% | intergenic (‑120/+361) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 |
| ? | Xen14_19 | 57818 = | 4 (0.030) | intergenic (‑434/+47) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 | |||||
CGCAACTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < Xen14_19/57648‑57504‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCAC > Xen14_19/57818‑57957 CGCAACTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTC < 1:1974146/150‑1 AACTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATACAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTG < 1:3378408/150‑1 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1:1176220/1‑150 TCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTT < 1:682622/150‑1 TCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTT < 1:374693/150‑1 TCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTT > 1:2559934/1‑150 CTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGTCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTA > 1:3132207/1‑150 TCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAA > 1:2857246/1‑150 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1:1184925/150‑1 CAAAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACT < 1:3403965/150‑1 AAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTT > 1:1566682/1‑150 AAACCACCTCATGCAGTATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTA < 1:3833519/150‑1 AAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTA < 1:1281599/150‑1 CCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTA > 1:2656262/1‑150 ACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATT > 1:984161/1‑150 ACCTCATACAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATT > 1:984168/1‑150 CCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTT > 1:782671/1‑134 CCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAAATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTA < 1:1052653/150‑1 CCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAAATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTA < 1:1052650/150‑1 CTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAA > 1:208061/1‑150 CTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAA > 1:208058/1‑150 ATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAA > 1:2752501/1‑150 GCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGT > 1:3354571/1‑150 TATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAA > 1:1007971/1‑150 TATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAA > 1:1007969/1‑150 TATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAA > 1:1007972/1‑150 ATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAAT < 1:374915/150‑1 TAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATC > 1:869885/1‑150 AAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCA > 1:308488/1‑150 AAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAA > 1:15094/1‑150 AAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGC < 1:3345508/150‑1 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CTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTG < 1:880663/150‑1 CTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGC < 1:1405521/150‑1 CTATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGC < 1:1405523/150‑1 TATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCG < 1:1065313/150‑1 TATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCG < 1:1065316/150‑1 TATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACCGGNG < 1:3145571/150‑1 ATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGG < 1:817745/150‑1 ATGAGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGG < 1:817746/150‑1 ATGAGTCAAAATGGCCCCAATCGTCTTTTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCTGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGG < 1:3546493/150‑1 AGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTAT > 1:465282/1‑150 AGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTAT > 1:465276/1‑150 AGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTAT > 1:1595767/1‑150 AGTCAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTAT > 1:1595769/1‑150 AGTCAAAATGGCCCCAATTATCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTATCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCAGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTAT > 1:3459614/1‑150 CAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAAC < 1:170223/150‑1 CAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAAC < 1:2158667/150‑1 CAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAAC < 1:2158663/150‑1 CAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAAC < 1:2158658/150‑1 CAAAATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACAAGCAGCATTACTGGCGGTATAAC < 1:47980/150‑1 ATGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCAC < 1:3562604/150‑1 CGCAACTTCCTCATTCTTCTCTCCAAAAACCACCTCATGCAATATAAAAAACTGCAAATAAAGATAACTATAGAACATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTGCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < Xen14_19/57648‑57504‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggccccaaTTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCAC > Xen14_19/57818‑57957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |