New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	Xen14_124	= 2576	0 (0.000)	59 (0.790) +CCTTCGGTTTTCATCAGTCCTGATAACA	30/240	0.4	100%	intergenic (+232/–)	sctC_2/–	Type 3 secretion system secretin/–
	?	Xen14_21	74761 =	NA (NA)					intergenic (+146/–)	hipA/–	Serine/threonine‑protein kinase toxin HipA/–

ACGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  Xen14_21/74615‑74837                                                                                                                                                   |                                                                                           aCGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTgc                                                                                         <  1:2972127/150‑1 (MQ=255) aCGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTgc                                                                                         <  1:2972126/150‑1 (MQ=255) aCGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTgc                                                                                         <  1:2972125/150‑1 (MQ=255) aCGGCAGTGGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTgc                                                                                         <  1:2972123/150‑1 (MQ=255)  cGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCATTGGTTTATGTTGGTgcg                                                                                        >  1:525226/1‑150 (MQ=255)   ggCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGTGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTgcgc                                                                                       <  1:3652305/150‑1 (MQ=255)           aaaCCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCATTGGTTTATGTTGGTGCGCATAAtgtg                                                                               >  1:2729913/1‑150 (MQ=255)             aCCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGac                                                                             <  1:550079/150‑1 (MQ=255)             aCCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGac                                                                             <  1:3237554/150‑1 (MQ=255)                       tGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGACATGGGGTTTTTGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACAACTGGATTCTCCCTTAGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATg                                                                   >  1:2105876/1‑150 (MQ=255)                       tGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATAAGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATg                                                                   >  1:2625561/1‑150 (MQ=255)                          ggTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGCCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCATTGGTTTATGTTGGTGCGCCTAAtgtg                                                                               >  1:144503/1‑135 (MQ=255)                           gTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGa                                                               <  1:3651024/150‑1 (MQ=255)                            ttGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGaa                                                              <  1:3724024/150‑1 (MQ=255)                            ttGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGaa                                                              <  1:3457199/150‑1 (MQ=255)                             tGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGaaa                                                             <  1:1408742/150‑1 (MQ=255)                              gCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGaaaa                                                            >  1:1736368/1‑150 (MQ=255)                              gCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCACTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGaaaa                                                            >  1:1736369/1‑150 (MQ=255)                               cACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAg                                                           <  1:877550/150‑1 (MQ=255)                                  ggtcggtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGcc                                                        <  1:1637213/150‑1 (MQ=255)                                   gtcggtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCg                                                       >  1:2222701/1‑150 (MQ=255)                                   gtcggtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCg                                                       >  1:2222700/1‑150 (MQ=255)                                   gtcggtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCg                                                       >  1:2222699/1‑150 (MQ=255)                                   gtcggtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAACGTGACACGTGTTATTTTGAAAAGGCCg                                                       >  1:2222697/1‑150 (MQ=255)                                      ggtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACGATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTg                                                    >  1:3742049/1‑150 (MQ=255)                                       gtTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGaaa                                                             >  1:2823797/1‑140 (MQ=255)                                         tAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGa                                                 >  1:2267473/1‑150 (MQ=255)                                            gCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCt                                                     >  1:1706929/1‑143 (MQ=255)                                                      cGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGc                                    >  1:2498527/1‑150 (MQ=255)                                                        gTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGcc                                                        >  1:467556/1‑128 (MQ=255)                                                           ttAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAGGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCgg                               <  1:3187872/150‑1 (MQ=255)                                                           ttAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCgg                               >  1:3341988/1‑150 (MQ=255)                                                             aagtaagATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGTGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGcc                             <  1:1951648/150‑1 (MQ=255)                                                             aagtaagATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGcc                             <  1:1951647/150‑1 (MQ=255)                                                               gtaagATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCtt                           >  1:3186972/1‑150 (MQ=255)                                                                     tatGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTtata                     >  1:3444320/1‑150 (MQ=255)                                                                      atGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATAc                    <  1:417855/150‑1 (MQ=255)                                                                      atGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATAc                    <  1:603224/150‑1 (MQ=255)                                                                           gTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATaac               >  1:3591301/1‑149 (MQ=255)                                                                                ggTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATaacgccat          >  1:3416968/1‑144 (MQ=255)                                                                                   cGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTCTACATaacgccattgt       >  1:999947/1‑141 (MQ=255)                                                                                        ttAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATTTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATaacgccattgtgcgca  <  1:3582491/150‑15 (MQ=18)                                                                                        ttAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATCCTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATaacgccatcgtgcgca  >  1:1607429/1‑136 (MQ=21)                                                                                                                                                   |                                                                                           ACGGCAGTTGAAACCAATGTGTTGAGGTTGCACGGTCGGTTAAGCCGAGAATACGGTATTAAGTAAGATATGGGGTTTTGGTCGTTGTTAATGAGCAGAACAATCCATGAACCGCCAACGACTGGATTCTCCCTTGGTTTATGTTGGTGCGCATAATGTGACACGCGTTATGTTGAAAAGGCCGCTGCGATACTTTCCACCGCAGCGGCCTTTTTATACATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  Xen14_21/74615‑74837

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.