| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_124 | = 2576 | 0 (0.000) | 59 (0.790) +CCTTCGGTTTTCATCAGTCCTGATAACA |
30/240 | 0.4 | 100% | intergenic (+232/–) | sctC_2/– | Type 3 secretion system secretin/– |
| ? | Xen14_21 | 74761 = | NA (NA) | intergenic (+146/–) | hipA/– | Serine/threonine‑protein kinase toxin HipA/– | |||||
GCAGCAGGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_124/2430‑2576 | gcagcaGGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGcct > 1:1446719‑M1/1‑147 (MQ=255) agGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttc < 1:1944626‑M1/147‑6 (MQ=255) gagaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttt < 1:2110074‑M1/150‑11 (MQ=255) gagaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttt < 1:3663759‑M1/150‑11 (MQ=255) gagaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttt < 1:2758334‑M1/150‑11 (MQ=255) gaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttc > 1:2747344‑M1/1‑138 (MQ=255) gaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttc > 1:2747348‑M1/1‑138 (MQ=255) gaCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGACGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttc > 1:1029156‑M1/1‑138 (MQ=255) aCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttca < 1:2221529‑M1/150‑14 (MQ=255) aCAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttca < 1:1838172‑M1/150‑14 (MQ=255) aGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACTGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatc < 1:2441309‑M1/150‑16 (MQ=255) aGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatc > 1:601367‑M1/1‑135 (MQ=255) aGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatc > 1:601364‑M1/1‑135 (MQ=255) gcgcAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatca > 1:2107695‑M1/1‑134 (MQ=255) gcgcAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatca > 1:807756‑M1/1‑134 (MQ=255) gcgcAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATCGATGTGGCCAGTTGATGGAATTGGTGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatca > 1:3060882‑M1/1‑134 (MQ=255) cgcAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcag > 1:1895223‑M1/1‑133 (MQ=255) cgcAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcag > 1:3560046‑M1/1‑133 (MQ=255) cgcAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcag > 1:1738102‑M1/1‑133 (MQ=255) cgcAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGAAAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcag > 1:1738097‑M1/1‑133 (MQ=255) cAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtc > 1:1783387‑M1/1‑131 (MQ=255) cAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtc > 1:952056‑M1/1‑131 (MQ=255) cAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtc > 1:952054‑M1/1‑131 (MQ=255) ccTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacag > 1:3724257‑M1/1‑121 (MQ=255) cTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGACCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgataacagt > 1:2768339‑M1/1‑120 (MQ=255) tGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtg < 1:1111638‑M1/150‑32 (MQ=255) cAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgc > 1:242950‑M1/1‑116 (MQ=255) aGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTAGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcggtcctgataacagtgcgca < 1:2698649‑M1/150‑36 (MQ=255) gCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcata < 1:1895391‑M1/150‑38 (MQ=255) ccGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataa < 1:1158848‑M1/150‑39 (MQ=255) ccGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataa > 1:298841‑M1/1‑112 (MQ=255) ccGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataa > 1:298842‑M1/1‑112 (MQ=255) ccGCTATTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcggtcctgataacagtgcgcataa > 1:266616‑M1/1‑112 (MQ=255) ccGCTATTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataa > 1:1680413‑M1/1‑112 (MQ=255) ccGCTATTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataa > 1:1680412‑M1/1‑112 (MQ=255) ccGCTATTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgacaacagtgcgcataa > 1:266614‑M1/1‑112 (MQ=255) cGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataat < 1:2428910‑M1/150‑40 (MQ=255) cGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGACGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggtcttcatcagtcctgataacagtgcgcataat < 1:2428904‑M1/150‑40 (MQ=255) gCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatg > 1:3603538‑M1/1‑110 (MQ=255) 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cTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgt > 1:1138028‑M1/1‑109 (MQ=255) cTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgat > 1:2359196‑M1/1‑109 (MQ=255) cTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgt > 1:1037930‑M1/1‑109 (MQ=255) cTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgt > 1:1037932‑M1/1‑109 (MQ=255) cTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgt > 1:340047‑M1/1‑109 (MQ=255) ttttAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgta < 1:769188‑M1/150‑43 (MQ=255) ttttAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgta < 1:769187‑M1/150‑43 (MQ=255) ttttAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGtcttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgta < 1:1177569‑M1/150‑43 (MQ=255) ttAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgtgac > 1:2079953‑M1/1‑106 (MQ=255) ttAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGGccttcggttttcatcagtcctgataacagtgcgcataatgtgac > 1:2079957‑M1/1‑106 (MQ=255) 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GCAGCAGGAGACAGCGCAACGCGCTTCCTGCCAGGCCGCTTTTAAAGGGCAGCTATCGAGACGAACGACGCAAGGCGTGAGTCGTCCATGCATTGATGTGGCCAGTTGATGAAATTGATGGGTTACAGCAATTCTGGTGATGACTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_124/2430‑2576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |