| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NODE_26 | 7,555 | Δ2,934 bp | EcoliAnna_03163–[tolC_2] | EcoliAnna_03163, tetR(A), tet(A), tetC, [tolC_2] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NODE_26 | 7555 | 10488 | 2934 | 273 [0] | [3] 274 | EcoliAnna_03163–[tolC_2] | EcoliAnna_03163,tetR(A),tet(A),tetC,[tolC_2] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NODE_26 | = 7554 | 0 (0.000) | 259 (1.010) | 160/278 | 0.1 | 99.4% | intergenic (‑22/‑122) | tolC_1/EcoliAnna_03163 | outer membrane channel protein TolC/hypothetical protein |
| ? | NODE_26 | 10489 = | 3 (0.010) | coding (503/609 nt) | tolC_2 | outer membrane channel protein TolC | |||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
ATTGTTTTTTATTTTTAAAGTGATGATAAAAGGCACCTTTGGTCACCAACGCTTTTCCCGAGATCCGGGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTACCAGGCCCACGTTAAAACGTTGGGTGGTTTGATCTAATTGACGGTAGATCGCTTCTTTTTGTGCCTGTGTATAGGAAAGAACGTCAATAGCATTCAACACGTTGAAATAAGCGGTCGCGGTGTTGAGGATCAAGGTTTGCTGATCGGTCTGATACGTG > NODE_26/10341‑10638 | cgcagccagttccggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccAc < 1:38208‑M2/2‑1 (MQ=255)cgcagccagttccggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccAc < 1:1228259‑M2/2‑1 (MQ=255) gcagccagttccggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctcaaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACg < 1:1296968‑M2/3‑1 (MQ=255) ccagttccggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTaa < 1:868924‑M2/7‑1 (MQ=255) cagttccggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtggtcgctaccaggcccACGTTaaa > 2:3610420‑M2/143‑150 (MQ=255) cagttccggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTaaa < 2:2477251‑M2/8‑1 (MQ=255) agttccggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgctcgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTaaaa > 1:1455802‑M2/142‑150 (MQ=255) gttccggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAAc > 1:3810645‑M2/141‑150 (MQ=255) cggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTg < 1:3918602‑M2/14‑1 (MQ=255) ggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTgg < 1:1771486‑M2/15‑1 (MQ=255) ggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTgg < 2:436672‑M2/15‑1 (MQ=255) ggatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTgg > 1:470664‑M2/136‑150 (MQ=255) gatagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggacacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTggg < 2:2181608‑M2/16‑1 (MQ=255) atagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTGggt < 1:3029481‑M2/17‑1 (MQ=255) atagtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTGggt < 1:4092481‑M2/17‑1 (MQ=255) agtagttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTGggtgg < 1:599408‑M2/19‑1 (MQ=255) agttaccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTGGGTGGttt < 1:3346201‑M2/22‑1 (MQ=255) taccggtgatctggcgcagctgctctaccgcgttatcaaggttattacgtgcggtcacttcgttcgccagcacggtatcgtactgtgcgcgggcgttctgcacgtcggtgatcgctaccaggcccACGTTAAAACGTTGGGTGGTTTGAt < 1:1479912‑M2/25‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |