Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
MC NC_007792 1,916 Δ22,120 bp between repeat_region SAUSA300_RS14750–SAUSA300_RS14855 22 genes

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ NC_007792 1913 23249 21337 105 [2] [26] 29 SAUSA300_RS14750–[SAUSA300_RS14850] 21 genes
SAUSA300_RS14750, SAUSA300_RS14755, SAUSA300_RS14760, SAUSA300_RS14765, SAUSA300_RS14770, SAUSA300_RS14775, SAUSA300_RS14780, SAUSA300_RS14785, SAUSA300_RS14790, SAUSA300_RS14795, SAUSA300_RS14800, SAUSA300_RS14805, SAUSA300_RS14810, SAUSA300_RS14815, SAUSA300_RS14820, SAUSA300_RS14825, SAUSA300_RS14830, SAUSA300_RS14835, SAUSA300_RS14840, SAUSA300_RS14845, [SAUSA300_RS14850]

GAAATAATTTGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC  >  NC_007792/23233‑23349
                 |                                                                                                   
acagttaggaggTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAgg                   >  1:1492417/11‑100 (MQ=255)
acagttaggaggTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAgg                   >  1:1835385/11‑100 (MQ=255)
acagttaggaggTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAgg                   >  1:3710308/11‑100 (MQ=255)
 gtgtgcggaggTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGa                  >  1:2478641/10‑100 (MQ=255)
   gctcttccgatCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg                <  1:4647984/90‑1 (MQ=255)
    ataggaggTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGt               >  1:3950416/7‑100 (MQ=12)
     tcttccgatCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGtt              <  1:469633/92‑1 (MQ=255)
      tacgggTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTa             >  1:5993772/5‑100 (MQ=17)
       gggggTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTAt            >  1:5776178/4‑100 (MQ=18)
         aggTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCa          >  1:4361014/2‑100 (MQ=17)
           gatCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACt        <  1:4806658/98‑1 (MQ=18)
             tCTGTTGCGAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGt      <  1:1343102/100‑1 (MQ=18)
             tCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGt      <  1:767702/100‑1 (MQ=32)
             tCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGt      <  1:1803869/100‑1 (MQ=33)
             tCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGt      <  1:1800012/100‑1 (MQ=33)
             tCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGt      <  1:1247832/100‑1 (MQ=32)
              cTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTa     >  1:5346199/1‑100 (MQ=33)
              cTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTa     >  1:5449935/1‑100 (MQ=33)
               tGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAg    >  1:1706996/1‑100 (MQ=33)
                gTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGc   >  1:3406362/1‑100 (MQ=33)
                gTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGc   >  1:3233611/1‑100 (MQ=33)
                gTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGc   >  1:3161844/1‑100 (MQ=33)
                gTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGc   >  1:4021823/1‑100 (MQ=33)
                gTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGc   >  1:5420467/1‑100 (MQ=33)
                gTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGc   >  1:5626701/1‑100 (MQ=32)
                gTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGc   >  1:597854/1‑100 (MQ=32)
                 ttGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGcc  <  1:1866426/100‑1 (MQ=33)
                 ttGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGcc  <  1:103681/100‑1 (MQ=32)
                 ttGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGca  <  1:1801226/100‑2 (MQ=18)
                 |                                                                                                   
GAAATAATTTGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC  >  NC_007792/23233‑23349

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑