| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | 1449278 = | 58 (0.860) | 18 (0.270) | 7/444 | 4.3 | 21.9% | coding (1333/1494 nt) | unknown | PTS system, N‑acetylmannosamine‑specific IIC component / PTS system, N‑acetylmannosamine‑specific IIB component |
| ? | 1 | 1449405 = | 72 (1.090) | coding (1206/1494 nt) | unknown | PTS system, N‑acetylmannosamine‑specific IIC component / PTS system, N‑acetylmannosamine‑specific IIB component | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
ATATAACACGGCTTTTGCACCATAAATGGCTTGCACGCCGCCGCCCACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGTCTAAAAAGGCGTGGAACACATACAACCAAGGAG > 1/1449156‑1449652 | atataACACGGCTTTTGCACCATAAATGGCTTGCACGCCGCCGCCCACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCa > 1:609557/1‑250 (MQ=255) gCTTTTGCACCATAAATGGCTTGCACGCCGCCGCCCACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGt > 1:640810/1‑251 (MQ=255) gCTTTTGCACCATAAATGGCTTGCACGCCGCCGCCCACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGt > 1:580924/1‑251 (MQ=255) cTTTTGCACCATAAATGGCTTGCACGCCGCCGCCCACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGt < 1:60515/250‑1 (MQ=255) cACCATAAATGGCTTGCACGCCGCCGCCCACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGAc < 1:183942/250‑1 (MQ=255) aTAAATGGCTTGCACGCCGCCGCCCACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTaa > 1:449321/1‑251 (MQ=255) ttGCACGCCGCCGCCCACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTaa > 1:376808/1‑251 (MQ=255) cACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAg > 1:476931/1‑250 (MQ=255) aCTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAg > 1:11055/1‑249 (MQ=255) caTCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAataata > 1:315920/1‑250 (MQ=255) 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1:15561/1‑234 (MQ=255) tttAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCTCCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGaaa < 1:564879/251‑1 (MQ=255) tttAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGaaa < 1:324920/251‑1 (MQ=255) tcGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAAt < 1:451680/251‑1 (MQ=255) tGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGt > 1:232123/1‑250 (MQ=255) cATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGa < 1:353993/232‑1 (MQ=255) ttAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAg < 1:230795/251‑1 (MQ=255) ttAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAg < 1:574135/251‑1 (MQ=255) aaCGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGa < 1:363734/251‑1 (MQ=255) aaCGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGa < 1:169646/251‑1 (MQ=255) aaGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAAc < 1:114324/250‑1 (MQ=255) cGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGt > 1:234563/1‑251 (MQ=255) ttgttCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGTCTaaaa > 1:560170/1‑251 (MQ=255) 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tCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGTCTAAAAAGGCGTGGAACACATa < 1:526972/251‑1 (MQ=255) ctctTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGTCTAAAAAGGCGTGGAACACATACAAcc < 1:305758/251‑1 (MQ=255) cttctGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCg < 1:559491/221‑1 (MQ=255) cttctGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGTCTAAAAAGGCGTGGAACACATACAACCaa > 1:191111/1‑251 (MQ=255) tGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGTCTAAAAAGGCGTGGAACACATACAACCAAGGAg < 1:571420/251‑1 (MQ=255) tGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGTCTAAAAAGGCGTGGAACACATACAACCAAGGAg < 1:153575/251‑1 (MQ=255) cACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGTCTAAAAAGGCGTGGAACACATAc < 1:502492/239‑1 (MQ=255) | ATATAACACGGCTTTTGCACCATAAATGGCTTGCACGCCGCCGCCCACTTCCAGCACATCAATGGCACCCAAGGCTTTCAAACGCGGTTTATCCACCAATTTAACGTCCTTCACCGCCACGCGCAGACGGGTAATGCACGCGTCCACATTTTCAATATTCTCACTATTGCCGAGGGCTTTAATGATCTCGTGCGCATTTTCCGTTAACGAAGACGTTTGTTGTTCAACCGCGTCATCCTGCTCTTCTGCACGTCCCGGGGTCATGACGTTAAATTTGGTAATCAGGAAACGGAAGCTGAAATAATACAACGCCGCCCAGCCGATGCCCACCCAAATGACTTTAAGCCAGTTGGTATTGTCGTTGCCTTGTAAGATACCGAACAGCAAGAAGTCGATAAAACCGCCGGAGAAGGTGTTGCCAATGGAAATGTTCAAAATGTCGGCGATGTAGAAGGAAACGCCGTCTAAAAAGGCGTGGAACACATACAACCAAGGAG > 1/1449156‑1449652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |