| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | 1 | 1,479,301 | (TAA)2→3 | coding (112/825 nt) | unknown → | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 1479293 | 0 (0.000) | 50 (0.600) +AAT |
41/408 | 0.7 | 100% | coding (104/825 nt) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| ? | 1 | 1479294 = | 0 (0.000) | coding (105/825 nt) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB | |||||
TTATTTTTCCGTGAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAGACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAGTGCTTACGCTAGCGGTTGGCATTGGTGGCATTATGTTTATGCCAACATTTGACAATACTGAAAATCAACAAACAATAATAAATAATCAGCAGGTTCCGGAAGCTGAGAAAAAACCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAGTTAAAGAATGACGTAAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTATATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTAGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTT > 1/1479046‑1479540 | tttttccgtaaatcaattaaagaaaacggattgccttatggcgtagcaataagccttggctttatgataaacatggctctatcaaattaattttgattgagcggaaactttactttgttaaaatttaattaagggtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaataat < 1:665856‑M2/3‑1 (MQ=255) agaaaacggattgccttatggcgtagcaataagccttggctttatgataaacatggctctatcaaattaattttgattgagcggaaactttactttgttaaaatttaattaagggtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAaataatcagtcggtt > 1:330225‑M2/229‑244 (MQ=255) agaaaacggattgccttatggcgtagcaataagccttggctttatgataaacatggctctatcaaattaattttgattgagcggaaactttactttgttaaaatttaattaagggtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAaataatcagtcggtt > 1:248567‑M2/229‑244 (MQ=255) gattgccttatggcgtagcaataagccttggctttatgataaacatggctctatcaaattaattttgattgagcggaaactttactttgttaaaatttaattaagggtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCggaaac < 1:147695‑M2/30‑3 (MQ=255) 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ggtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGaaa > 1:465431‑M2/116‑162 (MQ=255) gtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTc > 1:623529‑M2/115‑250 (MQ=255) aatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTGCAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAg < 1:232269‑M2/143‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAgatg > 1:565284‑M2/103‑212 (MQ=255) ttacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATgattacat < 1:789563‑M2/117‑4 (MQ=255) gaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCa > 1:399151‑M2/98‑248 (MQ=255) ctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATc < 1:595066‑M2/14‑1 (MQ=255) 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1:235054‑M2/64‑251 (MQ=255) gttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAagag < 1:237051‑M2/173‑1 (MQ=255) gcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGc > 1:471454‑M2/59‑208 (MQ=255) cattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATtta < 1:883051‑M2/97‑1 (MQ=255) cattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGc < 1:278403‑M2/105‑1 (MQ=255) 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caatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCtttt > 1:133137‑M2/5‑251 (MQ=255) | TTATTTTTCCGTGAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAGACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAGTGCTTACGCTAGCGGTTGGCATTGGTGGCATTATGTTTATGCCAACATTTGACAATACTGAAAATCAACAAACAATAATAAATAATCAGCAGGTTCCGGAAGCTGAGAAAAAACCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAGTTAAAGAATGACGTAAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTATATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTAGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTT > 1/1479046‑1479540 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |