| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | 1 | 1,479,301 | (TAA)2→3 | coding (112/825 nt) | unknown → | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 1479293 | 0 (0.000) | 50 (0.600) +AAT |
41/408 | 0.7 | 100% | coding (104/825 nt) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| ? | 1 | 1479294 = | 0 (0.000) | coding (105/825 nt) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB | |||||
TTATTTTTCCGTGAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAGACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAGTGCTTACGCTAGCGGTTGGCATTGGTGGCATTATGTTTATGCCAACATTTGACAATACTGAAAATCAACAAACAATAATAAATAATCAGCAGGTTCCGGAAGCTGAGAAAAAACCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAGTTAAAGAATGACGTAAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTATATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTAGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTA > 1/1479046‑1479543 | ttATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAGTGCTTACGCTAGCGGTTGGCATTGGTGGCATTATGTTTATGCCAGCATTTGACAATACTGAAAATCAACAAACaat > 1:109763‑M1/1‑248 (MQ=255) 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TTATTTTTCCGTGAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAGACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAGTGCTTACGCTAGCGGTTGGCATTGGTGGCATTATGTTTATGCCAACATTTGACAATACTGAAAATCAACAAACAATAATAAATAATCAGCAGGTTCCGGAAGCTGAGAAAAAACCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAGTTAAAGAATGACGTAAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTATATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTAGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTA > 1/1479046‑1479543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |