| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | 1299093 = | NA (NA) | 19 (0.270) +GCCTGATAGGGAGCCCTGATGTGAGAGCATCGGGGC |
7/358 | 5.2 | 57.3% | intergenic (‑177/+395) | unknown/unknown | tRNA‑Asp‑GTC/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA |
| ? | 1 | = 1657605 | 17 (0.200) | intergenic (‑147/+94) | unknown/unknown | Transposase, IS200 family/CTP synthase (EC 6.3.4.2) | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
GTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAGGTAAACTCCGGATGGAATTGGCAGGCGACAAACCAAGGGTGGTTCGGCACTTCAATGATTTCTA > 1/1657357‑1657841 | aatggcttttcttctatatttcggggtgaagacgatgtgatacttacagttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAAcc < 1:806003‑M2/37‑1 (MQ=255) cttctatatttcggggtgaagacgatgtgatacttacagttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGt > 1:312011‑M2/205‑250 (MQ=255) ggggggaagacgatgtgatacttacagttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTAt > 1:689041‑M2/193‑251 (MQ=255) gggtgaagacgatgtgatacttacagttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTAt < 1:165471‑M2/59‑1 (MQ=255) gggtgaagacgatgtgatacttacagttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTAt < 1:482792‑M2/59‑1 (MQ=255) gggtgaagacgatgtgatacttacagttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTAt < 1:229543‑M2/59‑1 (MQ=255) atgtgatacttacagttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCg > 1:681270‑M2/181‑251 (MQ=255) atgtgatacttacagttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCg > 1:538243‑M2/181‑251 (MQ=255) gttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAAt > 1:48873‑M2/167‑251 (MQ=255) gttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAAt > 1:199794‑M2/167‑251 (MQ=255) 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gtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCtat < 1:153259‑M2/94‑1 (MQ=255) tatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATaa < 1:446888‑M2/96‑1 (MQ=255) tatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttacaattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATaa < 1:837685‑M2/96‑1 (MQ=255) tatgggatagacttgaatcgtcattggcttttcttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttatttttatatagtgaggattttttaggttgaccgcttaagctttttgattccaaatgcatagggtacggtttttTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATaa < 1:829511‑M2/96‑1 (MQ=255) atgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAAt < 1:25034‑M2/97‑1 (MQ=255) tgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGAc < 1:820650‑M2/100‑1 (MQ=255) acttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCa > 1:881643‑M2/146‑249 (MQ=255) tcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGttt < 1:324282‑M2/113‑1 (MQ=255) gtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCg > 1:517810‑M2/137‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) attcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATaa > 1:247627‑M2/75‑170 (MQ=255) ttcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCt > 1:78829‑M2/74‑213 (MQ=255) ttcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTc < 1:77730‑M2/144‑1 (MQ=255) ttcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCaa > 1:740134‑M2/74‑251 (MQ=255) ttcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCaa > 1:473535‑M2/74‑251 (MQ=255) ttcttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGAACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCaa > 1:900542‑M2/74‑251 (MQ=255) cttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTAt > 1:621047‑M2/72‑130 (MQ=255) cttatatagtgaggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatatgcatagcgtacggttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGa < 1:302030‑M2/99‑1 (MQ=255) 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gttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGAc < 1:262022‑M2/100‑1 (MQ=255) gttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAgg > 1:257960‑M2/7‑214 (MQ=255) gttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAgg > 1:821065‑M2/7‑214 (MQ=255) ttttgTTTATTGCTAGACGTTGTCTAAGTAAAAACAAAAACCGCAGACAAGTCTCGGG‑TTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCGTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAGGTAAACTCCGGATGGAATTGGCAGGCGACAAACCAAggg < 1:57147‑M2/246‑1 (MQ=255) ttttgTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAGGTAAACTCCGGATGGAATTGGCAGGCGACAAACCAAggg < 1:848043‑M2/246‑1 (MQ=255) gTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGa < 1:626788‑M2/99‑1 (MQ=255) gTTTATAGCTAGACGGTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTTGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATg > 1:124343‑M2/2‑99 (MQ=255) taGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAGGTAAACTCCGGATGGAATTGGCAGGCGACAAACCAAGGGTGGTTCgg > 1:605462/1‑250 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAGGTAAACTCCGGATGGAATTGGCAGGCGACAAACCAAGGGTGGTTCGGCACTTCAATGATTTCTa > 1:611391/1‑250 (MQ=255) cTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAGGTAAACTCCGGATGGAATTGGCAGGCGACAAACCAAggg < 1:57151/224‑1 (MQ=255) aCAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAGGTa < 1:423228/182‑1 (MQ=255) cAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATaa < 1:401476/67‑1 (MQ=255) aCCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTc < 1:47203/110‑1 (MQ=255) | GTAAATGGCTTTTCTTCTATATTTCGGGGTGAAGACGATGTGATACTTACAGTTCCATTTGGTATGTGATAGACTTGAATCGTCATTGGCTTTACTTACCATTGACTTATCCTCCTATATCTTGAATTTGGGTTGTCAGCCTTATTCTTATATAGTGAGGATTTTTTATGTTGACCGCTTAAGCTCTTTGATTCCATATGCATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACGTTGTCTAGCTATAAACAAAAACCCGAG‑CCAGTCTCGGGTTTTTATTGGCATGATTCGCTAAATGGAAAAATACCCTCTATAATGACCGCACTTTTGTTTCGTTTTCAGCATCCGTTAGTCGGATCTTTTCTGATTGTCTTTTGCCGCTTTTACAAAGCCTTCAAATAACGGGTGGCCGTCGCGCGGGGTGGAGGTAAACTCCGGATGGAATTGGCAGGCGACAAACCAAGGGTGGTTCGGCACTTCAATGATTTCTA > 1/1657357‑1657841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |