| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | 623657 = | 65 (0.770) | 14 (0.170) +G |
10/428 | 5.0 | 30.2% | intergenic (+144/+532) | unknown/unknown | Outer membrane protein A precursor/PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific IIC component / PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific IIB component (EC 2.7.1.193) |
| ? | 1 | 1202140 = | 0 (0.000) | intergenic (+131/+464) | unknown/unknown | Na+/H+ antiporter/LSU rRNA ## 23S rRNA, large subunit ribosomal RNA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
GCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGGGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACCAATCCGCACGTAAAACGTGCGGTTTTTAGGCTACTCTATAAGGACCTAGTACTTCACATGCCCTTCAAAGGGCATATGAAAACCAATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCACACTACCATCGGCATTACGGCCTTTCACTTCTGAGTTCGGTATGGTTTCAGGTGGTACCACCGCACTATCGCCGCCAATATTCTTTGATGACTATCCTCTCTCCTTTCCGCGCTTTCGCTTTCTTATTCCGCTCTTCGCTT > 1/1201903‑1202384 | ttatatccgttctaagccttccgtaaatggcttttcttctatatttcggggtgaagacgatgtgatacttacagttccatttggtatgtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACaa > 1:398054‑M1/238‑251 (MQ=255) 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1:214452‑M1/22‑1 (MQ=255) gtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGAcc > 1:255498‑M1/151‑231 (MQ=255) gtgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATgggg > 1:101300‑M1/151‑246 (MQ=255) tgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGccc > 1:739401‑M1/150‑251 (MQ=255) tgatagacttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatccccctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGccc > 1:677476‑M1/150‑251 (MQ=255) acttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCacac > 1:854493‑M1/144‑250 (MQ=255) acttgaatcgtcattggctttacttaccattgacttatcctcctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCacac > 1:856424‑M1/144‑250 (MQ=255) 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1:448393‑M1/103‑124 (MQ=255) cctatatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCACACTACCATCGGCATTACGGCCTTTCACTTCTGAGTccggttcgt < 1:422385‑M1/149‑5 (MQ=255) atatcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCACACTACCATCGGCATTACGGCCTTTCACTTCTGAGTTCGGTATGGttt < 1:433355‑M1/152‑1 (MQ=255) atcttgaatttgggttgtcagccttattcttatatagtggggattttttatgttgaccgcttaagctctttgattccatacgcatagcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCACACTACCATCGGCATTACGGCCTTTCACTTCTGAGTTCGGTATGGTTTCa < 1:740939‑M1/154‑1 (MQ=255) 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gcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCACACTACCATCGGCATTACGGCCTTTCACTTCTGAGTTCGGTATGGTTTCAGGTGGTACCACCGCACTATCGCCGCCAATATTCTTTGATGACTATCCTCTCTCCTTTCCGCGCTTTCGCTTTCTTATTCCGCTCtt < 1:807432‑M1/240‑1 (MQ=255) gcgtacggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCACACTACCATCGGCATTACGGCCTTTCACTTCTGAGTTCGGTATGGTTTCAGGTGGTACCACCGCACTATCGCCGCCAATATTCTTTGATGACTATCCTCTCTCCTTTCCGCGCTTTCGCTTTCTTATTCCGCTCtt < 1:197491‑M1/240‑1 (MQ=255) ggttgTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCACACTACCATCGGCATTACGGCCTTTCACTTCTGAGTTCGGTATGGTTTCAGGTGGTACCACCGCACTATCGCCGCCAATATTCTTTGATGACTATCCTCTCTCCTTTCCGCGCTTTCGCTTTCTTATTCCGCTCTTCGCtt < 1:571140‑M1/245‑1 (MQ=255) gTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCACACTACCATCGGCATTACGGCCTTTCACTTCTGAGTTCGGTATGGTTTCAGGTGGTACCACCGCACTATCgccgcc > 1:24166‑M1/2‑181 (MQ=255) | GCATTGCAGGCTATATTGTAGTTGGTTTCACTTATTCCGGTTTACTTGGATTCATCACCACGGGTATTGTCCTCGCCTTGTTGGTGCTTATCTTTAAGAAACGTTAAATCGTGATCCAGCACACAAAATTCAAAAACCAATCCGCACGTAAAACGTGCGGTTTTTAGGCTACTCTATAAGGACCTAGTACTTCACATGCCCTTCAAAGGGCATATGAAAACCAATAGCGTACGGTTTTTATAGCTAGACAACGTCTAGCTATAACAAAAAGCCCCGATGCTCTCACATCAGGGCTCCCTATCAGGCTTGGCGGTGACCTACTCTCACATGGGGATGCCCCACACTACCATCGGCATTACGGCCTTTCACTTCTGAGTTCGGTATGGTTTCAGGTGGTACCACCGCACTATCGCCGCCAATATTCTTTGATGACTATCCTCTCTCCTTTCCGCGCTTTCGCTTTCTTATTCCGCTCTTCGCTT > 1/1201903‑1202384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |