| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | 2 | 155,102 | Δ9,084 bp | unknown–[unknown] | 17 genes unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, unknown, [unknown] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | 2 | 155102 | 164185 | 9084 | 79 [0] | [0] 79 | unknown–[unknown] | unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,unknown,[unknown] |
| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 2 | = 155101 | 0 (0.000) | 77 (0.710) | 50/426 | 0.8 | 100% | intergenic (‑464/+603) | unknown/unknown | Deoxyribose‑phosphate aldolase (EC 4.1.2.4)/hypothetical protein |
| ? | 2 | 164186 = | 0 (0.000) | coding (133/1245 nt) | unknown | Integrase | |||||
AAAATTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAACCTCCAAAATTCTGAAACCCC‑AAATG‑AAAAGAACGCAGATTGAAGTGGCTGAAACAAGTGACTTTTCACCACAAGCCTTTAAAAAA‑CTGAAACGGG‑AATCGTATAACTAAAATTCAAGGCTTTGGTAGTATCTTATAGGAACGCTTAGGAAATAAAAAAGCCCTTGAGGTTAATATTTTCAAGGGCTTTTAGGTTTTGTAAAGTTTGCTTTGGACTATGTTTTGGTGGGCTGGGGTTATCTGAATTGTTGCTTGTAAGCCTTGTTATTGCTAGATTTGTGCAATTTGGTTTTTACTCCGTATAACTAAACGTATAACTAAAATCTAAAGTGCCTATAAAAATGGCGGT > 2/154856‑155351 | aaaaTTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAACCTCCAAAATTCTGAAACCCC‑AAATG‑AAAAGAACGCAGATTGAAGTGGCTGAAACAAGTGACTTTTCACCACAAGCCTTTAAAAAA‑CTGAAACGGG‑AAaccg > 1:460453‑M1/1‑246 (MQ=255) 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ttATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAACCTCCAAAATTCTGAAACCCC‑AAATG‑AAAAGAACGCAGATTGAAGTGGCTGAAACAAGTGACTTTTCACCACAAGCCTTTAAAAAA‑CTGAAACGGG‑AAaccgccata > 1:224668‑M1/1‑242 (MQ=255) ggATTTCGGTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAACCTCCAAAATTCTGAAACCCC‑AAATG‑AAAAGAACGCAGATTGAAGTGGCTGAAACAAGTGACTTTTCACCACAAGCCTTTAAAAAA‑CTGAAACGGG‑AAaccgccataacttagccccattgggcttaa > 1:110598‑M1/1‑220 (MQ=255) gTATATGAGCGGTAGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAACCTCCAAAATTCTGAAACCCC‑AAATG‑AAAAGAACGCAGATTGAAGTGGCTGAAACAAGTGACTTTTCACCACAAGCCTTTAAAAAA‑CTGAAACGGG‑AAaccgccataacttagccccattgggtttaaccaacagat > 1:865133‑M1/1‑212 (MQ=255) 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AAAATTATCAAGCCGGTCACCGAGCAGGATTTCGGTATATGAGAGGTGGCTAAATTTCATCAGATTTCTCGTTCTCAAGTCATTTATTGGAAAAGCCTTTCGTGAAAGAGGGCTTGATGGCGTAAAATCGCCTTATACAAACCTAAAACCTCCAAAATTCTGAAACCCC‑AAATG‑AAAAGAACGCAGATTGAAGTGGCTGAAACAAGTGACTTTTCACCACAAGCCTTTAAAAAA‑CTGAAACGGG‑AATCGTATAACTAAAATTCAAGGCTTTGGTAGTATCTTATAGGAACGCTTAGGAAATAAAAAAGCCCTTGAGGTTAATATTTTCAAGGGCTTTTAGGTTTTGTAAAGTTTGCTTTGGACTATGTTTTGGTGGGCTGGGGTTATCTGAATTGTTGCTTGTAAGCCTTGTTATTGCTAGATTTGTGCAATTTGGTTTTTACTCCGTATAACTAAACGTATAACTAAAATCTAAAGTGCCTATAAAAATGGCGGT > 2/154856‑155351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |