| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | 1 | 1,562,259 | 947 bp→CCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCG | [unknown]–[unknown] | [unknown], [unknown] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | 1 | 1562259 | 1563205 | 947 | 59 [0] | [0] 60 | [unknown]–[unknown] | [unknown],[unknown] |
| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 1562258 | 0 (0.000) | 49 (0.740) +CCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCG |
37/324 | 0.5 | 100% | coding (80/1251 nt) | unknown | Phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC |
| ? | 1 | 1563206 = | 0 (0.000) | coding (496/882 nt) | unknown | Ferric iron ABC transporter, ATP‑binding protein | |||||
CCAGTGAAGTCCCTGACTTCTTCAATATGAAAGAAACCGGCATGCTAGAAACTTATATTTCGCCCGAAGTAGAAAATATCATTAATCCGATTCCCGATTTCGACGGTTCTTTTACGCCGATACGCTTAGGCACATTAGGTATCGCCTACAACACCCGCTTTGTGAAAAAAGAACCGCCGGCACAATGGGCGGATATTCTTACTCCGCAATTTAAAGGCGCATTCGGTATTGCCAACCCTGCCCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCATCGTGAAACGCCGT > 1/1562964‑1563445 | gcataggagaggaacttaaaacaagatcaatattatcgtttttttcgtcatcaaatagtttgtttaatgagttgcttgttctgtttagcattcttatcgacgtggcattcggttgcttttcccactcggtaattaaataagaaagggactccggtgaaaatgtcgtaccaatgaccaattcattgctatccgatcggattatggtcatgaaaaaaggcgtgatcgaacaaatcgatacgccgCTAAACAtt > 1:135178‑M2/243‑251 (MQ=255) cataggagaggaacttaaaacaagatcaatattatcgtttttttcgtcatcaaatagtttgtttaatgagttgcttgttctgtttagcattcttatcgacgtggcattcggttgcttttcccactcggtaattaaataagaaagggactccggtgaaaatgtcgtaccaatgaccaattcattgctatccgatcggattatggtcatgaaaaaaggcgtgatcgaacaaatcgatacgccgCTAAACAt < 1:882642‑M2/8‑1 (MQ=255) ggagaggaacttaaaacaagatcaatattatcgtttttttcgtcatcaaatagtttgtttaatgagttgcttgttctgtttagcattcttatcgacgtggcattcggttgcttttcccactcggtaattaaataagaaagggactccggtgaaaatgtcgtaccaatgaccaattcattgctatccgatcggattatggtcatgaaaaaaggcgtgatcgaacaaatcgatacgccgCTAAACATTTACaa > 1:20439‑M2/238‑251 (MQ=255) ttaaaacaagatcaatattatcgtttttttcgtcatcaaatagtttgtttaatgagttgcttgttctgtttagcattcttatcgacgtggcattcggttgcttttcccactcggtaattaaataagaaagggactccggtgaaaatgtcgtaccaatgaccaattcattgctatccgatcggattatggtcatgaaaaaaggcgtgatcgaacaaatcgatacgccgCTAAACATTTACAATAATCCGGTg < 1:520094‑M2/24‑1 (MQ=255) 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aaatcgatacgccgCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCATCGTGAAACGc < 1:694171‑M2/237‑1 (MQ=255) aatcgatacgccgCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCATCGTGAAACGc > 1:768534‑M2/14‑250 (MQ=255) tcgatacgccgCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCATCGTGAAACGCCGt > 1:667536‑M2/12‑251 (MQ=255) | CCAGTGAAGTCCCTGACTTCTTCAATATGAAAGAAACCGGCATGCTAGAAACTTATATTTCGCCCGAAGTAGAAAATATCATTAATCCGATTCCCGATTTCGACGGTTCTTTTACGCCGATACGCTTAGGCACATTAGGTATCGCCTACAACACCCGCTTTGTGAAAAAAGAACCGCCGGCACAATGGGCGGATATTCTTACTCCGCAATTTAAAGGCGCATTCGGTATTGCCAACCCTGCCCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCATCGTGAAACGCCGT > 1/1562964‑1563445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |