| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | 1 | 1,562,259 | 947 bp→CCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCG | [unknown]–[unknown] | [unknown], [unknown] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | 1 | 1562259 | 1563205 | 947 | 59 [0] | [0] 60 | [unknown]–[unknown] | [unknown],[unknown] |
| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | 1 | = 1562258 | 0 (0.000) | 49 (0.740) +CCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCG |
37/324 | 0.5 | 100% | coding (80/1251 nt) | unknown | Phosphoglycerate transport regulatory protein PgtC |
| ? | 1 | 1563206 = | 0 (0.000) | coding (496/882 nt) | unknown | Ferric iron ABC transporter, ATP‑binding protein | |||||
ATCCGGCAAAGCAGCCAATCGTTGTTTTTCCTGCAAGTGATAAAACAGCATAGGAGAGGAACTTAAAACAAGATCAATATTATCGTTTTTTTCGTC‑ATCAAATAGTTTGTTTAATGAGTTGCTTGTTCTGTTTAGCATTCTTATCGACGTGGCATTCGGTTGCTTTTCCCACTCGGTAATTAAATAAGAAAGGGACTCCGGTGAAAATGTCGTACCAATGACCAATTCATTGCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > 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GACCAATTCATTGCTATCCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGC > 1:864116/1‑250 ATTCATTGCTATCCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCG > 1:1422/1‑251 ATTCATTGCTATCCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCG > 1:30736/1‑251 ATTCATTGCTATCCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCA > 1:47274/1‑242 ATTCATTGCTATCCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATAC < 1:105626/61‑1 TTGCTATCCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCAT > 1:614899/1‑165 ATCCGATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGG < 1:164530/168‑1 GATCGGATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATT > 1:765444/1‑251 GATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCA > 1:402/1‑251 GATTATGGTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCA > 1:768184/1‑251 GTCATGAAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATT < 1:209652/138‑1 AAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAAT < 1:322994/251‑1 AAAAAAGGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCAT > 1:824994/1‑138 GGCGTGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGG > 1:185065/1‑251 TGATCGAACAAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCAT > 1:402370/1‑250 AAATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCATCGTGAAACGC < 1:694171/251‑1 AATCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCATCGTGAAACGC > 1:768534/1‑250 TCGATACGCCGCTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCATCGTGAAACGCCGT > 1:667536/1‑251 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATCCGGCAAAGCAGCCAATCGTTGTTTTTCCTGCAAGTGATAAAACAGCATAGGAGAGGAACTTAAAACAAGATCAATATTATCGTTTTTTTCGTC‑ATCAAATAGTTTGTTTAATGAGTTGCTTGTTCTGTTTAGCATTCTTATCGACGTGGCATTCGGTTGCTTTTCCCACTCGGTAATTAAATAAGAAAGGGACTCCGGTGAAAATGTCGTACCAATGACCAATTCATTGCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > 1/1562023‑1562258‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAAACATTTACAATAATCCGGTGAATAAATTCGTGTTTAATTTCATTGGGCTATCCAATCAGTTGAACGTCAATTTGTCTGCGCAAGGTGTCACTATTGATCATTGTGAAGGTGTTTTTAATATTCAACCGACGCCTCCGGCAGAATTATTGGTTCAGGGTAAAGCACTTCTGGCAAGCCGCCCGTCGGAAATTGAATTTGTCAATCAAGGCGGAATTCCCGGCATCGTGAAACGCCGT > 1/1563206‑1563445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |