New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? Xen36_12 = 77NA (NA)103 (0.740)
+GTTTTTTAATCAAATTTTGGTTAAAAAATAAAAGGACAAGATGA
46/210 2.3 41.6% intergenic (–/+544) –/gabR –/HTH‑type transcriptional regulatory protein GabR
?Xen36_3 250715 = 206 (0.980)intergenic (+685/–) recR/– Recombination protein RecR/–

Only 100 of 372 total aligned reads displayed.

TAGAATGAGAGCGTTCAGAATGGATAGTAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAA  >  Xen36_3/250568‑250864
                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                      
tAGAGTGAGAGCGTTCAGAATGGATAGTAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAGCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCaaa                                                                                                                                                      >  1:1718813/1‑150 (MQ=255)
 aGAATGAGAGCGTTCAGAATGGATAGTAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCaaaa                                                                                                                                                     >  1:88293/1‑150 (MQ=255)
     tGAGAGCGTTCAGAATGGATAGTAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAgtt                                                                                                                                                 <  1:1883472/150‑1 (MQ=255)
     tGAGAGCGTTCAGAATGGATAGTAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAgtt                                                                                                                                                 <  1:828252/150‑1 (MQ=255)
         agCGTTCAGAATGGATAGTAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGttgttg                                                                                                                                             <  1:1502871/150‑1 (MQ=255)
           cGTTCAGAATGGATAGTAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATCTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGGTGAc                                                                                                                                           <  1:255937/150‑1 (MQ=255)
              cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                                        <  1:1923300‑M2/17‑1 (MQ=255)
                    cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                                  <  1:128957‑M2/23‑1 (MQ=255)
                      gATAGTAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                                <  1:3707632/150‑1 (MQ=255)
                      catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                                >  1:331285‑M2/126‑150 (MQ=255)
                       atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                               <  1:51718‑M2/26‑1 (MQ=255)
                       atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                               >  1:1488889‑M2/125‑150 (MQ=255)
                         gccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                             >  1:2495568‑M2/123‑150 (MQ=255)
                          gTAAAGGTGTAATTTCTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                            <  1:545153/150‑1 (MQ=255)
                             aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                                                         <  1:1852156‑M2/32‑1 (MQ=255)
                               cacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGta                                                                                                                       <  1:663832‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                                      <  1:3040999‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                                      <  1:1660593‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATCGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                                      <  1:1072323‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                    aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAACATGTAtaatt                                                                                                                  >  1:484278/1‑150 (MQ=255)
                                    aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGtacaact                                                                                                                  >  1:580287/1‑145 (MQ=255)
                                    aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                                  <  1:2202228/150‑1 (MQ=255)
                                    aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAcaatt                                                                                                                  >  1:1414463/1‑150 (MQ=255)
                                    aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAcaatt                                                                                                                  >  1:2985119/1‑150 (MQ=255)
                                         aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatagaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                             <  1:2777829‑M2/44‑1 (MQ=255)
                                         aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatagaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                             <  1:715894‑M2/44‑1 (MQ=255)
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                                                                                    gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAGCTGAATGACAatat                                                                  >  1:204917/1‑150 (MQ=255)
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                                                                                    gttgAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACGAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAAGGTGAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                  <  1:1940670/150‑1 (MQ=255)
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                                                                                            aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                          >  1:1709892/1‑150 (MQ=255)
                                                                                            aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                          >  1:174970/1‑150 (MQ=255)
                                                                                            aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                          >  1:2622409/1‑150 (MQ=255)
                                                                                             aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                                         >  1:3434305/1‑150 (MQ=255)
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                                                                                                aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                      <  1:3361211/150‑1 (MQ=255)
                                                                                                     cagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑aaa                                               >  1:291461‑M2/47‑150 (MQ=255)
                                                                                                     cagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑aaa                                               >  1:1819074‑M2/47‑150 (MQ=255)
                                                                                                      agttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑aaaa                                              <  1:3233521‑M2/105‑1 (MQ=255)
                                                                                                      agttttctaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑aaaa                                              <  1:1363199‑M2/105‑1 (MQ=255)
                                                                                                       ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑aaaa                                              >  1:2881951/1‑150 (MQ=255)
                                                                                                         tttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATCAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAACATGTCAACGTTAATTcc‑aaaaaac                                           >  1:659753‑M2/43‑148 (MQ=255)
                                                                                                         caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAAc                                            <  1:1781750/150‑1 (MQ=255)
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                                                                                                          aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACg                                           <  1:384152/150‑1 (MQ=255)
                                                                                                          aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACg                                           <  1:2629818/150‑1 (MQ=255)
                                                                                                            ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGGAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTa                                         <  1:492190/150‑1 (MQ=255)
                                                                                                            ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTa                                         >  1:3502424/1‑150 (MQ=255)
                                                                                                            ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTa                                         <  1:112500/150‑1 (MQ=255)
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                                                                                                              aatcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc‑aaaaaac                                           <  1:44599‑M2/108‑3 (MQ=255)
                                                                                                                tcaaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                     >  1:502138‑M2/36‑150 (MQ=255)
                                                                                                                  aaattttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                                   <  1:715051‑M2/117‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACtata                                   <  1:1989831/150‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     tAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACTATAAGt                                <  1:608998/150‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACTATAAGtt                               >  1:1548452/1‑150 (MQ=255)
                                                                                                                       ttggttaaaaaataaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                              <  1:284599‑M2/122‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                              ttACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat                       <  1:2059859/150‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                    aaaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                 <  1:2256458‑M2/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    aCGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                 >  1:2168367/1‑150 (MQ=255)
                                                                                                                                     aaaggacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                <  1:2768419‑M2/136‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                         gacaagatgaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAtt            <  1:3102211‑M2/140‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                                 tCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGTAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt    >  1:1000172/1‑150 (MQ=255)
                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                      
TAGAATGAGAGCGTTCAGAATGGATAGTAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTCAAAAAGTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAA  >  Xen36_3/250568‑250864

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.