New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? Xen36_11 74667 =NA (NA)194 (0.990) 75/260 1.5 NA intergenic (‑24/–) copZ/– Copper chaperone CopZ/–
?Xen36_13 = 127 NA (NA)intergenic (–/+327) –/copA –/Copper‑exporting P‑type ATPase

Only 100 of 194 total aligned reads displayed.

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                                                  GCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTATACTCTGGTTTACAGTTGGATTTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCA                >  1:1277468/1‑150
                                                  GCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAATACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCA                >  1:541056/1‑150
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                                                   CATAAGAACCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATATTCGCTCCACATGCATAAGAGCCAC               >  1:1190995/1‑150
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                                                            CACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAAT           <  1:2921729/145‑1
                                                            CACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACAATATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTA      >  1:3288397/1‑150
                                                             ACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTAT     <  1:1119608/150‑1
                                                             ACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTAT     <  1:74137/150‑1
                                                             ACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCACTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTAT     >  1:2088134/1‑150
                                                              CTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATa    <  1:656590/150‑2
                                                              CTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATa    <  1:885677/150‑2
                                                               TAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATaa   <  1:3234032/150‑3
                                                                AATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATaaa  >  1:831149/1‑147
                                                                AATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATaaa  >  1:2551145/1‑147
                                                                AATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCA                         >  1:3317399/1‑127
                                                                                                                                                                                                                      
‑‑‑‑‑‑‑TAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  Xen36_11/74743‑74667
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attattataaataataagtACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTATGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTAT‑‑‑  <  Xen36_13/127‑1

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.