| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_168 | = 629 | 0 (0.000) | 41 (0.060) | 28/216 | 2.0 | 100% | intergenic (‑111/–) | Xen14_04774/– | IS200/IS605 family transposase IS200C/– |
| ? | Xen14_5 | 41 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+80) | –/cspE | –/Cold shock‑like protein CspE | |||||
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGGTTTTAATAACTGGCTCAAAGCTGAAAGCTTTCCGGAACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAGCGGGTTTTGAATTCTTGCTGACGTATCTTACAGAGCGATTACGTTTGCAGCAGAAGGGCCTTTGGCACCGTTAGTGATTTCGAACTCTACACGCT > Xen14_5/1‑188 | cccccttttgatttcttgtttgacacttgcagttgccagaccgcaaggtgttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCg > 1:2528060‑M2/107‑150 (MQ=255) cccttttgatttcttgtttgacacttgcagttgccagaccgcaaggtgttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCt > 1:3010450‑M2/105‑150 (MQ=255) cccttttgatttcttgtttgacacttgcagttgccagaccgcaaggtgttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCt > 1:3010452‑M2/105‑150 (MQ=255) tttgatttcttgtttgacacttgcagttgccagaccgcaaggtgttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGAtt < 1:1655726‑M2/50‑1 (MQ=255) ttgatttcttgtttgacacttgcagttgccagaccgcaaggtgttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTa < 1:3920530‑M2/51‑1 (MQ=255) tgatttcttgtttgacacttgcagttgccagaccgcaaggtgttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaaactttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAAAACGCTGATTaa > 1:1463090‑M2/99‑150 (MQ=255) tgatttcttgtttgacacttacagttgccagaccgcaaggtgttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTaa > 1:673282‑M2/99‑150 (MQ=255) gatttcttgtttgacacttgcagttgccagaccgcaaggtgttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCAAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAg > 1:3375975‑M2/98‑150 (MQ=255) ttcttgtttgacacttgcagttgccagaccgcaaggtgttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAGCgg < 1:2176847‑M2/56‑1 (MQ=255) 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ttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAGCGGGTTTTGAATTCTTGCTGACGTATCTTACAGAGCGATTa > 1:882897‑M2/57‑150 (MQ=255) ttttaacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAGCGGGTTTTGAATTCTTGCTGACGTATCTTACAGAGCGATTa < 1:3254051‑M2/94‑1 (MQ=255) aacaaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAAACCGCTGATTAAGCGGGTTTTGAATTCTTGCTGACGTATCTTACAGAGCGATTACGtt > 1:611129‑M2/53‑150 (MQ=255) caaatcaaaaggggttttaataactggctcaaagctgaaagctttccggaACCCCCATCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAGCGGGTTTTGAACTCTTGCTGACGTATCTTACAGAGCGATTACGTTTg < 1:439972‑M2/100‑1 (MQ=255) aaaataaaaaggggTTTGAAGAACTGGCTAAAAGCGGAAGGCTTTCGGGAACCCCCAGCTGAGCGGGGGTTTTTCTGGGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAGCGGGTTTTGAACTCTTGCTGACGTATCTTACAGAGCGATTACGTTTg < 1:439976/140‑1 (MQ=255) 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gCTTTCCGGAACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAGCGGGTTTTGAATTCTTGCTGACGTATCTTACAGAGCGATTACGTTTGCAGCAGAAGGGCCTTTGGCACCGTTAGTGATTTCGAActc < 1:302962/150‑1 (MQ=255) gAACCCCCAGCCTAGCTGGGGTTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAGCGGGTTTTGAATTCTTGCTGACGTATCTTACAGAGCGATTACGTTTGCAGCAGAAGGGCCTTTGGCACCGTTAGTGATTTCGAACTCTACACGCt < 1:1430509/150‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGGTTTTAATAACTGGCTCAAAGCTGAAAGCTTTCCGGAACCCCCAGCCTAGCTGGGGGTTTTCTGTGCAC‑AAAAAAAACCCGCTGATTAAGCGGGTTTTGAATTCTTGCTGACGTATCTTACAGAGCGATTACGTTTGCAGCAGAAGGGCCTTTGGCACCGTTAGTGATTTCGAACTCTACACGCT > Xen14_5/1‑188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |