| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_102 | = 5552 | 0 (0.000) | 44 (0.050) +AGGAGAGC |
22/280 | 2.7 | 100% | intergenic (‑46/–) | pinR/– | Serine recombinase PinR/– |
| ? | Xen14_141 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑23) | –/Xen14_04755 | –/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 923 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATACGCCGC > Xen14_141/1‑150 | atcaacggtattacgccctaaacggtcaatagctaccacaactaacgtatcgtcacaccttactgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTa > 1:1702462‑M2/148‑150 (MQ=255) taagtagctcaaggccatcgccatcatagagaacgtagtccgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTg > 1:1069551‑M2/136‑150 (MQ=255) ttttcgttaagcactgcaccgctattttcatgaagatagataacgattgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcatgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGAc < 1:2830027‑M1/19‑1 (MQ=255) gaactgcatagactaatttctgaatatttgcagtgcaagcgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgcaatcagatccagggggtaatctgttctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGAc < 1:4008693‑M1/19‑1 (MQ=255) ctcaaggccatcgccatcatagagaacgtagtccgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGt > 1:1156860‑M2/129‑150 (MQ=255) aggccatcgccatcatagagaacgtagtccgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATg < 1:3248273‑M2/26‑1 (MQ=255) agactaatttctgaatatttgcagtgcaagcgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGa > 1:3076272‑M1/123‑150 (MQ=255) atttctgaatatttgcagtgcaagcgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTaa < 1:1667648‑M1/34‑1 (MQ=255) tctgaatatttgcagtgcaagcgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAAt > 1:2493396‑M1/114‑150 (MQ=255) aatatttgcagtgtaagcgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTg > 1:3355770‑M1/110‑150 (MQ=255) attttcatgaagatagataacgattgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGc < 1:1597911‑M1/42‑1 (MQ=255) gagaacgtagtccgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtagtctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGca > 1:1252915‑M2/108‑150 (MQ=255) aagatagataacgattgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAgg < 1:3811828‑M1/51‑1 (MQ=255) cgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAAt < 1:4192105‑M2/55‑1 (MQ=255) aagcgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGGCAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAAt < 1:3124958‑M1/55‑1 (MQ=255) cgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccaggggttaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAg > 1:2968020‑M1/93‑150 (MQ=255) gtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCgg > 1:3499931‑M2/86‑150 (MQ=255) cactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGa > 1:392475‑M2/82‑150 (MQ=255) 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gtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccggggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGTGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTggg < 1:360547‑M2/85‑1 (MQ=255) gtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTggg > 1:2654634‑M2/66‑150 (MQ=255) gtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACTGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCAGGGCGATTGCCAGAGAACTggg > 1:3888778‑M2/66‑150 (MQ=255) gtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTggg < 1:2454127‑M2/85‑1 (MQ=255) tgatccacacccaacgcctgaaatcagatccatggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTgggg < 1:1200237‑M2/86‑1 (MQ=255) tgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTgggg < 1:3045169‑M2/86‑1 (MQ=255) tgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTgggg < 1:1382193‑M2/86‑1 (MQ=255) tgatccacacccaacgccggaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTgggg < 1:2674192‑M2/86‑1 (MQ=255) taatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTgggg < 1:2357552‑M2/86‑1 (MQ=255) gatccacactcaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGa > 1:1433955‑M2/64‑150 (MQ=255) 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atccagggggtaatctgctctcctgattnaggngagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGNAATGAGTAGCAGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTAt > 1:3723919‑M2/38‑150 (MQ=255) atccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCATAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTAt < 1:1518087‑M2/113‑1 (MQ=255) atccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTAt < 1:1579685‑M2/113‑1 (MQ=255) tccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACCGTTAAACGTTAtt < 1:943297‑M2/114‑1 (MQ=255) tccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCGGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTAtt > 1:841081‑M2/37‑150 (MQ=255) 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ctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAgccgc < 1:1932069‑M2/135‑1 (MQ=255) gattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAACATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCa > 1:200457‑M2/14‑150 (MQ=255) gattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCa > 1:2734429‑M2/14‑150 (MQ=255) attcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACCGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCaa > 1:3376792‑M2/13‑150 (MQ=255) ttcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCaaa < 1:747362‑M2/139‑1 (MQ=255) 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caggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAat < 1:3011805‑M2/141‑1 (MQ=255) caggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAATAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAat > 1:590028‑M2/10‑150 (MQ=255) caggagagcTTAGGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACACGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAat > 1:3863989‑M2/10‑150 (MQ=255) ggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCTAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACAGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAatat > 1:2553990‑M2/8‑150 (MQ=255) gagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAATGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAAtata < 1:2435793‑M2/144‑1 (MQ=255) 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cTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATAcgccg > 1:3767335‑M2/2‑150 (MQ=255) ttATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATAcgccgc < 1:2302807/150‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATACGCCGC > Xen14_141/1‑150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |