New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? Xen14_126 2440 =NA (NA)43 (0.430)
+TCTCCTTGCCTTTCGGCACGTAAGAGGCTAACCTAGATTTGCCGTTCATAGATTGAGCCTCAGAT
26/166 0.5 100% intergenic (+148/–) Xen14_04727/– hypothetical protein/–
?Xen14_99 = 6045 0 (0.000)intergenic (‑484/–) Xen14_04599/– hypothetical protein/–

GAAGGAGGAGCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  Xen14_126/2291‑2515
                                                                                                                                                     |                                                                                         
gAAGGAGGAGCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTAttt                                                                                           <  1:4260961/150‑1 (MQ=255)
gAAGGAGGAGCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTAttt                                                                                           <  1:1595359/150‑1 (MQ=255)
 aaGGAGGAGCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATATTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTg                                                                                          <  1:389958/150‑1 (MQ=255)
  aggaggAGCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATCATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGt                                                                                         >  1:4177331/1‑150 (MQ=255)
   ggaggaGCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTa                                                                                        >  1:4043649/1‑150 (MQ=255)
     aggagCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATg                                                                                      <  1:2213436/150‑1 (MQ=255)
     aggagCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATg                                                                                      >  1:2632543/1‑150 (MQ=255)
     aggagCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATg                                                                                      >  1:1890748/1‑150 (MQ=255)
      ggagCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTGAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCGAGTATTTGTATgg                                                                                     >  1:2893822/1‑150 (MQ=255)
          cAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTcc                                                                                 <  1:2571392/150‑1 (MQ=255)
            gTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCGAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATTAGGCGCCCCGATTAAATCAAGTACTTGTCTGGGTtcac                                                                               >  1:1944507/1‑150 (MQ=255)
                 ggATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACATCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACat                                                                          >  1:3806763/1‑150 (MQ=255)
                     tAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTg                                                                      >  1:2523556/1‑150 (MQ=255)
                      aaGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGc                                                                     >  1:1903568/1‑150 (MQ=255)
                        gTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCaa                                                                   >  1:1036293/1‑150 (MQ=255)
                        gTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCaa                                                                   >  1:4079763/1‑150 (MQ=255)
                         tGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAAt                                                                  >  1:3890064/1‑150 (MQ=255)
                         tGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAAt                                                                  >  1:3890066/1‑150 (MQ=255)
                           aTAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAAttt                                                                <  1:2173582/150‑1 (MQ=255)
                              aCAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTa                                                             <  1:2679795/150‑1 (MQ=255)
                              aCAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTa                                                             <  1:964055/150‑1 (MQ=255)
                              aCAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTa                                                             <  1:2679794/150‑1 (MQ=255)
                               cAAATGCCCAGAAATAGAGTTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGACTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTAt                                                            <  1:3324254/150‑1 (MQ=255)
                               cAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTAt                                                            <  1:2343658/150‑1 (MQ=255)
                               cAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTAt                                                            <  1:434242/150‑1 (MQ=255)
                                      ccAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCttt                                                     <  1:2467163/150‑1 (MQ=255)
                                      ccAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCttt                                                     <  1:2468136/150‑1 (MQ=255)
                                       cAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCtttt                                                    <  1:396855/150‑1 (MQ=255)
                                         gAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTTGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTaa                                                  <  1:2294983/150‑1 (MQ=255)
                                           aaTAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTaaaa                                                <  1:3810436/150‑1 (MQ=255)
                                                agGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAatatat                                           <  1:2351254/150‑1 (MQ=255)
                                                agGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAatatat                                           <  1:2002480/150‑1 (MQ=255)
                                                 ggTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATAtt                                          <  1:609389/150‑1 (MQ=255)
                                                   tttAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTaaaa                                                <  1:4158420/142‑1 (MQ=255)
                                                   tttAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTcc                                        >  1:3833398/1‑150 (MQ=255)
                                                   tttAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTcc                                        >  1:3160609/1‑150 (MQ=255)
                                                        atcttgcgtagttagtACAGAAATACTATTTTGAGGAAAATTATTAGATATCACCTCGGATTTGAATTAGGTGCCCAGATTAAAGCGAGTATTTGTATGGGTCCACGACATATGGCAATTTTTATTCTTTGTGAAAATATATTCCACggg                                   <  1:610165/142‑1 (MQ=255)
                                                        aTCCTGCTTAGTTAGTANATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACggg                                   >  1:2222617/1‑150 (MQ=255)
                                                         tCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGc                                  <  1:2560425/150‑1 (MQ=255)
                                                            tGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTc                               <  1:4167528/150‑1 (MQ=255)
                                                              cTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCAt                             >  1:3052022/1‑150 (MQ=255)
                                                               ttagttagTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAACCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCAtt                            <  1:3934266/150‑1 (MQ=255)
                                                                 agttagtACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAg                          <  1:4105255/150‑1 (MQ=255)
                                                                  gttagtACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTACATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCTACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTACAATATATTCCACGGGCGTCATTAGt                         >  1:3971573/1‑150 (MQ=255)
                                                                   ttagtACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTg                        <  1:1131938/150‑1 (MQ=255)
                                                                        acctAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAgc                   >  1:4116103/4‑150 (MQ=255)
                                                                         cATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAgcg                  <  1:1241518/150‑1 (MQ=255)
                                                                         cATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAgcg                  >  1:3861621/1‑150 (MQ=255)
                                                                          aTAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCACTTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAgcgt                 >  1:4036802/1‑149 (MQ=255)
                                                                          aTAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAgcgc                 <  1:1501744/150‑1 (MQ=255)
                                                                            aaaTACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGcct               >  1:1257050/1‑149 (MQ=255)
                                                                            aaaTACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGcct               >  1:1257045/1‑149 (MQ=255)
                                                                              aTACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttg             >  1:3010785/1‑147 (MQ=255)
                                                                               tACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgt            >  1:4116866/1‑146 (MQ=255)
                                                                                 cTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTCAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtgg          >  1:2088491/1‑144 (MQ=255)
                                                                                 cTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtgg          >  1:1738424/1‑144 (MQ=255)
                                                                                 cTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtgg          >  1:431602/1‑144 (MQ=255)
                                                                                 cTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtgg          >  1:1738429/1‑144 (MQ=255)
                                                                                 cTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtgg          <  1:1910426/150‑7 (MQ=255)
                                                                                 cTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtgg          >  1:1915718/1‑144 (MQ=255)
                                                                                    ttttGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtggggt       >  1:1222791/1‑141 (MQ=255)
                                                                                    ttttGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtggggt       >  1:1364166/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        gatgaAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtggggtcttt   <  1:3306277/150‑14 (MQ=255)
                                                                                         atgaAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGccttgtggggtctttt  <  1:1731624/150‑15 (MQ=255)
                                                                                                          tCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACggg                                   >  1:1260396/1‑100 (MQ=255)
                                                                                                          tCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACggg                                   >  1:1260397/1‑100 (MQ=255)
                                                                                                                                                     |                                                                                         
GAAGGAGGAGCAGTAATGGATTAAGTGATAACAAATGCCCAGAAATAGAGGTTTAAATCCTGCTTAGTTAGTACATAAATACTATTTTGATGAAAATTATTATATGTCACCTCGGATTTTAATCAGGCGCCCAGATTAAATCAAGTATTTGTATGGGTCCACCACATATTGCAATTTTTATTCTCTTTTAAAATATATTCCACGGGCGTCATTAGTGCGAGCGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  Xen14_126/2291‑2515

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.