| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_37 | = 42885 | 42 (0.440) | 42 (0.680) +GATACTGCGCTGGATACTACAAACTACTTCCACCGAACCCACCGTCATTAG |
24/194 | 1.8 | 60.4% | noncoding (1/76 nt) | Xen14_03291 | tRNA‑Val(tac) |
| ? | Xen14_55 | = 54 | NA (NA) | intergenic (–/‑434) | –/nadA | –/Quinolinate synthase A | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTACTTCACATTGTTACAAGAAATCTAGCTGGCGAGAAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTACTTCACATTGTTACAA > Xen14_37/42735‑43032 | gTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACt > 1:2739933/1‑150 (MQ=40) gTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACt > 1:716239/1‑150 (MQ=40) gTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACt > 1:716204/1‑150 (MQ=40) cAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCg > 1:1710004/1‑150 (MQ=255) cAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGAAGGGATCGAACCACCGACCCCCTCCTTGTAGGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCg > 1:3806148/1‑150 (MQ=255) ggATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGt > 1:3120488/1‑150 (MQ=255) ggATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCAAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGt > 1:3120485/1‑150 (MQ=255) aTTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTAc < 1:1944317/150‑1 (MQ=255) aTTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCgatactgcgct > 1:849320‑M1/1‑139 (MQ=255) ttCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTACt > 1:2266917/1‑150 (MQ=255) ttCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCgatactgcgctg > 1:2405771‑M1/1‑138 (MQ=255) ttCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑AGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCgatactgcgctg < 1:1800995‑M1/150‑13 (MQ=255) gAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGNAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTACTTca < 1:4239710/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTACTTcac < 1:128498/150‑1 (MQ=255) tGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTACTTCACATTg > 1:2959337/1‑150 (MQ=255) tGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCACAGCTGAACTAATCACCCACTCCGGTACTTCGCATTg > 1:3282735/1‑150 (MQ=14) cGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATTGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGGGCTAATCACCCACTTCGGTACTTCACATTGtt < 1:3460831/150‑1 (MQ=255) aCCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTACTTCACATTGTTAc > 1:3918598/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |