| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_12 | = 188 | 95 (1.060) | 57 (1.230) | 31/178 | 0.2 | 66.6% | intergenic (–/+140) | –/Xen14_01540 | –/hypothetical protein |
| ? | Xen14_29 | 60 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+63) | –/trpA | –/Tryptophan synthase alpha chain | |||||
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGT > Xen14_29/1‑201 | ggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagactccaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcag > 1:545602‑M2/147‑148 (MQ=255)ggcgaaaatggggcgagggcaggacagaaaacgcactggtcgcccggtggggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatgtttgggggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcag < 1:4021582‑M2/4‑3 (MQ=255)gcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCt > 1:2864693‑M2/147‑150 (MQ=255) gcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaattctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagc 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gATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGAGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTaa > 1:3729190/1‑150 (MQ=255) accAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAat < 1:4001460/148‑1 (MQ=255) tCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAata > 1:2000170/1‑150 (MQ=255) aaGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATg > 1:3605189/1‑150 (MQ=255) agagACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGt > 1:3584950/1‑150 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGT > Xen14_29/1‑201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |