| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_113 | 1 = | 0 (0.000) | 166 (0.870) +CACCCCAACCCGTCACTACGCA |
96/252 | 0.1 | 100% | intergenic (–/+326) | –/Xen14_04684 | –/tRNA‑Thr(ggt) |
| ? | Xen14_187 | = 464 | 0 (0.000) | intergenic (–/–) | –/– | –/– | |||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
AACGCCTACCTGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_187/315‑464 | cGCCTACCTGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTgcg > 1:1926268/1‑148 (MQ=255) cGCCTACCTGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtg < 1:1683623‑M2/150‑3 (MQ=255) cGCCTACCTGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACATGtg > 1:2465646‑M2/1‑148 (MQ=255) cTACCTGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCNGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgt < 1:4407035‑M2/150‑6 (MQ=255) tACCTGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgta < 1:3564396‑M2/150‑7 (MQ=255) tGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtga < 1:1211576‑M2/150‑11 (MQ=255) tGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAACAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtga < 1:2636522‑M2/150‑11 (MQ=255) tGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCATCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGAGtgcgtagtaa < 1:1181680‑M2/150‑11 (MQ=255) tGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCATCCATCTGAGCAGCACCGATGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGAGtgcgtagtaa < 1:1181684‑M2/150‑11 (MQ=255) tGACGACCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTACGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGCGCCCCGGGCAGTCTACGTgcgcgtagtga > 1:2592063/1‑140 (MQ=21) gggcggcgagcaggatgtgctCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCCTGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgac < 1:3233887‑M2/142‑12 (MQ=255) cgacCCAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTgcgcgtag > 1:3916156/1‑137 (MQ=255) cccAGCAGGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggtt < 1:2162561‑M2/150‑17 (MQ=255) cagcagGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACACAGTCGACGTGCCCCGGGCAGTCTACATGtgcgtagtgacgggttgg < 1:3097823‑M2/150‑19 (MQ=255) agcagGATGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggg > 1:3819730‑M2/1‑131 (MQ=255) aTGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCTGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcg < 1:3284185‑M2/150‑26 (MQ=255) aTGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcg < 1:1449682‑M2/150‑26 (MQ=255) aTGTGCTCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcg > 1:2452784‑M2/1‑125 (MQ=255) 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tCACGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattca < 1:1820667‑M2/150‑32 (MQ=255) aCGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattcaac > 1:2075096‑M2/1‑117 (MQ=255) aCGAGTCTGCGACATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGTACCGGTAATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattcaac > 1:2075093‑M2/1‑117 (MQ=255) cGAGTCTGCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattcaacg > 1:1137737‑M2/1‑116 (MQ=255) gCGGCATCGGGCCGTCAGTCGCAGCAACTACCAGGATCGCGCCGTCCATCTGAGCAGCATCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattcaacgtgagaag > 1:2708465‑M2/1‑109 (MQ=255) 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cgcgCCGTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattcaacgtgagaagtgttgatggtgataccacgagctttttcttccggcgc > 1:834559‑M2/1‑72 (MQ=255) cGTCTATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattcaacgtgagaagtgttgatggtgataccacgagctttttcttccggcgcgttat > 1:1122732‑M2/1‑67 (MQ=255) gTCCATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattcaacgtgagaagtgttgatggtgataccacgagctttttcttccggcgcgttatc > 1:730904‑M2/1‑66 (MQ=255) cATCTGAGCAGCACCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattcaacgtgagaagtgttgatggtgataccacgagctttttcttccggcgcgttatcgat > 1:2861453‑M2/1‑63 (MQ=255) aTCTGAGCAGCATCGGTGATCATGTTTTTAACATAGTCGGCGTGCCCCGGGCAGTCTACGTGtgcgtagtgacgggttggggtgtcgtattcaacgtgagaagtgttgatggtgataccacgagctttttcttccggcgcgttatcgatc > 1:2383395‑M2/1‑62 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |