| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_19 | 57504 = | 6 (0.040) | 82 (0.620) | 57/278 | 1.8 | 91.8% | intergenic (‑120/+361) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 |
| ? | Xen14_19 | 57818 = | 9 (0.070) | intergenic (‑434/+47) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 | |||||
CTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAAGAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATAGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTAACTTTATTATTAATAAGTTAAATCAAGCTTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCACAGTATGGCG > Xen14_19/57669‑57966 | tcggcgtaatttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgaaaataaagagaactagagaacattaatccaacaaagaaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaat < 1:1614795‑M2/1‑1 (MQ=255) gacgcaacttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTg < 1:2085395‑M2/3‑1 (MQ=255) gacgcaacttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaaaaactgcaaataaagataactatagaacattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtgcgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTg < 1:2085393‑M2/3‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |