| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_19 | 57504 = | 6 (0.040) | 82 (0.620) | 57/278 | 1.8 | 91.8% | intergenic (‑120/+361) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 |
| ? | Xen14_19 | 57818 = | 9 (0.070) | intergenic (‑434/+47) | fimA_2/Xen14_02204 | Type‑1 fimbrial protein, A chain/ISKra4 family transposase ISCep1 | |||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
ACGATTGCCAGAGTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGCACAAACTTTTTCAGTTTATTTGTTGGCTTAATGTTCTATAGTTATCTTTATTTGCAGTTTTTTATATTGCATGAGGTGGTTTTTGGAGAGAAGAATGAGGAAGTTGCGTCGAG > Xen14_19/57359‑57653 | agagTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCAactgt < 1:318406‑M1/150‑6 (MQ=255) agTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtct < 1:1078787‑M1/150‑8 (MQ=255) gTTTTAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtcta < 1:1340671‑M1/150‑9 (MQ=255) taccgcaagtaatgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgattcaacttattcataataaagttaaaaaaaaaataaatacacgacaaTTGGGGCCATTTTGACTc < 1:2699050‑M1/18‑1 (MQ=255) tttAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTTGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctata > 1:1672401‑M1/1‑140 (MQ=255) tttAATTTTCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctata > 1:2696796‑M1/1‑140 (MQ=255) ttttCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcata > 1:2996556‑M1/1‑135 (MQ=255) ttttCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcata < 1:4016833‑M1/150‑16 (MQ=255) tttCATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataa > 1:2415212‑M1/1‑134 (MQ=255) cATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaata < 1:379772‑M1/150‑20 (MQ=255) cATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaata < 1:2093723‑M1/150‑20 (MQ=255) cATGCTGCTTTCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaata < 1:2093726‑M1/150‑20 (MQ=255) atgctgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcatgaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAg > 1:4111789‑M1/122‑150 (MQ=255) ccgctttCCTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataagtt > 1:2323623‑M1/3‑127 (MQ=255) tgctcgttttgccggattatgggaaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATc < 1:1408239‑M1/33‑1 (MQ=255) ccTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataagttacgtatt > 1:1032064‑M1/1‑120 (MQ=255) cTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataagttacgtattt > 1:1723004‑M1/1‑119 (MQ=255) cTTTAAAAAAACTATTTCTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataagttacgtattt > 1:4124551‑M1/1‑119 (MQ=255) 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tctcaatcgaCATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCCactgtctatatcataaataagttacgtattttttctcaagcataaaa > 1:2454079‑M1/5‑103 (MQ=255) aaagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacgaTTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGCACAAACTTTTTCAGTTTAt > 1:3692384‑M1/95‑150 (MQ=255) cTAAATCGACATGGGCAGTCGTTCTGTACACTTTGTTTTGTCAACGAGTTTGACTGCCAACACTGCACAGTTTTCCCCCAAAAGATGAAACATTTGGGGCC‑TTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGCACAAACTTTTTCAGTTTAttt > 1:1117037/1‑150 (MQ=255) aagaaataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGCACAAACTTTTTCAGTTTAtt < 1:346631‑M1/57‑1 (MQ=255) aataatctcataaacgaaaaattaaaaagagaagaagcttgatttaacttattaataataaagttaaaaaacaaataaatacaagacaaTTGGGGCCATTTTGACTCATAGAGGAAAGCATCGCGCACAAACTTTTTCAGTTTATttgtt < 1:1301694‑M1/61‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |