| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_12 | = 188 | 70 (0.900) | 46 (1.160) | 25/178 | 0.2 | 68.6% | intergenic (–/+140) | –/Xen14_01540 | –/hypothetical protein |
| ? | Xen14_29 | 60 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+63) | –/trpA | –/Tryptophan synthase alpha chain | |||||
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGCTCGA > Xen14_29/1‑208 | ctggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctggtcaagagacagTc > 1:2642646‑M2/149‑150 (MQ=255) ggcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcgggatgtggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTcc < 1:1295439‑M2/3‑1 (MQ=255) gcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagc > 1:392826‑M2/146‑147 (MQ=255) gcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagc > 1:962156‑M2/146‑147 (MQ=255) gcgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagc > 1:1632495‑M2/146‑147 (MQ=255) cgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTc > 1:3068622‑M2/146‑150 (MQ=255) cgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTc > 1:1607945‑M2/146‑150 (MQ=255) cgaaactggggcgatggcatgacagcaaacgcaccggtcgcccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagtcagca > 1:3713435‑M2/145‑146 (MQ=255) 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gcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGc < 1:1761083‑M2/35‑1 (MQ=255) gcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGc < 1:1761082‑M2/35‑1 (MQ=255) gcaccggtcgccccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGc < 1:1761081‑M2/35‑1 (MQ=255) cccggttgggtagtcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctctggatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTc < 1:2707054‑M2/46‑1 (MQ=255) tcatgtgggatggctggttcagacttcaggatatggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGtct < 1:3405060‑M2/59‑1 (MQ=255) 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1:3527665/150‑1 (MQ=255) cAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTctct > 1:3132594/1‑150 (MQ=255) agatctccTGATTAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTGTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCgg < 1:3369420/105‑1 (MQ=39) aGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTg < 1:3318132/150‑1 (MQ=255) tCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCAt > 1:3254775/1‑150 (MQ=255) cTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGt < 1:1976175/106‑1 (MQ=255) tCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAata > 1:3177855/1‑150 (MQ=255) gTCCTCGGGCGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGATTTCATGGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAACCCCTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGCTCga > 1:723442/1‑150 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATCGGTTGTACAAAAGCTTTCAGTGCCGCCAGCATTTTCTCTGGCTCATTAATATGTTGCTCGA > Xen14_29/1‑208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |