| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_12 | = 188 | 70 (0.900) | 46 (1.160) | 25/178 | 0.2 | 68.6% | intergenic (–/+140) | –/Xen14_01540 | –/hypothetical protein |
| ? | Xen14_29 | 60 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+63) | –/trpA | –/Tryptophan synthase alpha chain | |||||
CTGGCGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_12/40‑188‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATC > Xen14_29/60‑147 CTGGCGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGGTCAAGAGACAGTC > 1:2642646/1‑150 GGCGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCGGGATGTGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCC < 1:1295439/150‑1 GCGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagc > 1:392826/1‑147 GCGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagc > 1:962156/1‑147 GCGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagc > 1:1632495/1‑147 CGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTC > 1:1607945/1‑150 CGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTC > 1:3068622/1‑150 CGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagca < 1:2544691/150‑5 CGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagca > 1:2726740/1‑146 CGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagca > 1:3713435/1‑146 CGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCAC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGATGATGAAGTCTCTTGATCAGGGGGTCTGATCAAGAGACAGTCagca > 1:2726741/1‑146 AAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagcatg > 1:1472542/1‑144 CTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagcatgagg > 1:3459493/1‑141 GGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGGTGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGCCTCTTGATCGGGAGACCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGT < 1:1087919/150‑1 GGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTAGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATGTGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGagt > 1:2635209/1‑147 GCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagcatgagggtaaa > 1:1342662/1‑136 GCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCC‑GGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCagcatgagggtaaa > 1:1342661/1‑136 CGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAATTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTT < 1:2047868/150‑1 GATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGTTTGGGTAGTCGTGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTT < 1:968669/150‑1 CATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGTTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTG < 1:57971/150‑1 CATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTG < 1:57970/150‑1 CATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTG < 1:57974/150‑1 ATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAATTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCccgtt < 1:1604699/150‑6 TGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCGGGACATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCccgttt > 1:1361662/1‑144 GCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACTTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGC < 1:1761078/150‑1 GCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAATTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGC < 1:1761079/150‑1 GCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGC < 1:1761081/150‑1 GCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGC < 1:1761087/150‑1 GCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGC < 1:1761082/150‑1 GCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGC < 1:1761083/150‑1 GCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGC < 1:1761084/150‑1 CCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTGGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTC < 1:2707054/150‑1 TCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCT < 1:3405060/150‑1 ATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCA < 1:2094443/150‑1 ATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGCCTCTTGATCAGGAGATTTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCA < 1:2094442/150‑1 ATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGATGGTTACCTGGTGATGAATTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAAC < 1:3467374/150‑1 CTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTTTCTTGATCAGGAGATCGGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCGGGCGGTTTG < 1:719855/134‑1 GTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGT > 1:984050/1‑150 TTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCATCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTATGGCGGTTTGTCCAAAATTAACGTCGCGTA > 1:98279/1‑150 TCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAG > 1:3683178/1‑150 CAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGC > 1:2709351/1‑150 CAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGC > 1:126142/1‑150 CAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGC > 1:126141/1‑150 TCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTT > 1:2652519/1‑150 CAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAG < 1:143800/142‑1 GATATGGTTGGGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAGTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATC > 1:635016/1‑150 CTGGCGAAACTGGGGCGATGGCATGACAGCAAACGCACCGGTCGCCCCGGTTGGGTAGTCATGTGGGATGGCTGGTTCAGACTTCAGGATATGGTTGAGGGTTACCTGGTGATGAAGTCTCTTGATCAGGAGATCTGATCAAGAGACAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Xen14_12/40‑188‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atggttgagggttacctggtgatgaagtctcttgatcaggagatctgatcaagagacagTCCTCGGGAGGGGTTTTCTGTGCACAATAAACCGCCAGATGTTTTCTGGCGGTTTGTCTCAAATTAACGTCGTGTAGCCGCTTTCATC > Xen14_29/60‑147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |