| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Xen14_102 | = 5552 | 0 (0.000) | 43 (0.050) +AGGAGAGC |
18/280 | 1.6 | 100% | intergenic (‑46/–) | pinR/– | Serine recombinase PinR/– |
| ? | Xen14_141 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑23) | –/Xen14_04755 | –/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 864 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATACGCCGC > Xen14_141/1‑150 | ctggatttgataagtagctcaaggccatcgccatcatagagaacgtagtccgcttccttggtggcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccatggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATg < 1:769762‑M2/5‑1 (MQ=255) tggatttgataagtagctcaaggccatcgccatcatagagaacgtagtccgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccaggggggaatctgctctcctgattcaggagagtTTATgg < 1:1592122‑M2/6‑1 (MQ=255) gtgatttatcagtttttcgttaagcactgcaccgctattttcatgaagatagataacgattgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATgg > 1:1885475‑M1/145‑150 (MQ=255) cggtattacgccctaaacggtcaatagctaccacaactaacatatcgtcacaccttactgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcaggtccagggggtaatctactctcctgattcaggagagcTTATGGTc > 1:3553454‑M2/143‑150 (MQ=255) agtagctcaaggccatcgccatcatagagaacgtagtccgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTgag < 1:1874607‑M2/17‑1 (MQ=255) ctcaaggccatcgccatcatagagaacgtagtccgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGt < 1:1210630‑M2/22‑1 (MQ=255) gcatgacgtatcaggcctgccgtggggattttgtggtgcgtcttgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagaTTATGGTCACTTTTGAGAcagct < 1:2054524‑M1/23‑3 (MQ=255) gtatcaggcctgctgtggggattttgtggtgcgtcttgtcacgaacggtgcgatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagggcTTATGGTCACTTTTGAGACAGGTATGGaaa > 1:3076934‑M1/121‑150 (MQ=255) gtatcaggcctgccgtggggattttgtggtgcgtcttgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGaaa > 1:668287‑M1/121‑150 (MQ=255) atcaggcctgccgtggggattttgtggtgcgtcttgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagagggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAAtt < 1:3661572‑M1/32‑1 (MQ=255) atttctgaatatttgcagtgcaagcgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaatgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTaa < 1:212596‑M1/34‑1 (MQ=255) atttctgaatatttgcagtgcaagcgacgtaatgtcacgaacggcgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTaa < 1:1765323‑M1/34‑1 (MQ=255) atcatagagaacgtagtccgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAAt > 1:2563294‑M2/114‑150 (MQ=255) agttgcagtgcaagcgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGcac > 1:2878683‑M1/107‑150 (MQ=255) tccgcttccttggtgtcactaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGa < 1:2374755‑M2/53‑1 (MQ=255) cgtccagatactgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAAt < 1:1247254‑M2/55‑1 (MQ=255) cgtccagatactgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatcaagggggtaatctgctctcctgattcaagagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAAt > 1:571221‑M2/96‑150 (MQ=255) cgacgtaatgtcacgaacggtgcaatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAg > 1:695287‑M1/93‑150 (MQ=255) 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aatagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAAc < 1:3209842‑M2/81‑1 (MQ=255) atagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAGTGAGCAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACt > 1:2261077‑M2/69‑150 (MQ=255) tagtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGACATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTg > 1:1230488‑M2/68‑150 (MQ=255) gtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTggg < 1:2002882‑M1/85‑1 (MQ=255) gtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTggg > 1:2291597‑M2/66‑150 (MQ=255) gtgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGAGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTggg > 1:1938272‑M2/66‑150 (MQ=255) gtgatccacacccaacgcatgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTggg > 1:732302‑M2/66‑150 (MQ=255) tgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTgggg > 1:2618274‑M1/65‑150 (MQ=255) tgatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTgggg < 1:1372282‑M2/86‑1 (MQ=255) tgatccacacccaacgccggaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTgggg < 1:2247912‑M2/86‑1 (MQ=255) gatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATTGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGAAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGa > 1:3312773‑M2/64‑150 (MQ=255) gatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGa > 1:2096566‑M2/64‑150 (MQ=255) gatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGa > 1:930016‑M2/64‑150 (MQ=255) gatccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCA‑GGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGAt > 1:2494767‑M2/64‑150 (MQ=255) atccacacccaacgcctgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGAt > 1:3400030‑M2/63‑150 (MQ=255) 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cgaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagcgcTTATGGTCAATTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGtt > 1:3265175‑M2/47‑150 (MQ=255) gaaatcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTa > 1:2593682‑M2/46‑150 (MQ=255) aaatcagacccaggggctaatctgctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCGCAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGGACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTaa < 1:3005327‑M2/106‑1 (MQ=255) atcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACCGTTAAAc > 1:1565756‑M1/43‑150 (MQ=255) atcagatccagggggtaatctgctctcctgattcaggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACCGTTAAAc > 1:1840050‑M1/43‑150 (MQ=255) 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ctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGa < 1:231860‑M2/130‑1 (MQ=255) ctctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGa > 1:2694294‑M2/21‑150 (MQ=255) ctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGttatttgcaggcgattgaaaaac < 1:2763554‑M2/132‑12 (MQ=255) ctcctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATCGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAgc > 1:1047226‑M2/19‑150 (MQ=255) cctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAgccg < 1:1741544‑M2/134‑1 (MQ=255) ctgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAgccgc > 1:279429‑M2/16‑150 (MQ=255) tgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAgccgcc > 1:293803‑M2/15‑150 (MQ=255) tgattcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAgccgcc > 1:802093‑M2/15‑150 (MQ=255) attcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCaa > 1:3644567‑M2/13‑150 (MQ=255) ttcaggagagcTTATGGTCGCTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCTGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCaaa > 1:3789967‑M2/12‑150 (MQ=255) ttcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCaaa > 1:17016‑M2/12‑150 (MQ=255) tcaggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCaaaa > 1:3517775‑M2/11‑150 (MQ=255) caggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAat > 1:3171471‑M2/10‑150 (MQ=255) caggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCCCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAat > 1:891747‑M2/10‑150 (MQ=255) ggagagtTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACCGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAatat > 1:1806305‑M1/8‑150 (MQ=255) ggagagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAatat < 1:1087688‑M2/143‑1 (MQ=255) gagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATAcg < 1:1818216‑M2/146‑1 (MQ=255) gagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATAcg < 1:128576‑M2/146‑1 (MQ=255) gagcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATAcg < 1:2725054‑M2/146‑1 (MQ=255) gcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATAcgcc > 1:2200531‑M2/3‑150 (MQ=255) gcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATAc < 1:246675‑M2/145‑1 (MQ=255) gcTTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGACAAAATCTGAGCCGCCAAAATATAcgcc > 1:1680183‑M2/3‑150 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTATGGTCACTTTTGAGACAGTTATGGAAATTAAAATCCTGCACAAGCAGGGAATGAGTAGCCGGGCGATTGCCAGAGAACTGGGGATCTCCCGCAATACGGTTAAACGTTATTTGCAGGCAAAATCTGAGCCGCCAAAATATACGCCGC > Xen14_141/1‑150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |