BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_004302	23,480	A→C	E213A (GAA→GCA)	r1tp40 →	ORF40

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_004302	23,480	0	A	C	92.4%	296.0 / 9.0	120	E213A (GAA→GCA)	r1tp40	ORF40
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/0); new base C (110/0); total (120/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01

Only 100 of 124 total aligned reads displayed.

CGTGAAAACGGTGGA‑A‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGAATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTGAT  >  NC_004302/23410‑23548

gcgaggaaCGGTGGA‑A‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑g                                                                   >  1:4528667/7‑75 (MQ=255)

cGTGAAAACGGTGGA‑A‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑g                                                                   >  1:8746351/1‑75 (MQ=255)

  gaaaaaCGGTGGA‑A‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GAt                                                                 >  1:9348684/3‑75 (MQ=255)

   acattgggTGGA‑A‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATg                                                                >  1:15238292/7‑75 (MQ=255)

    attatggTGGA‑A‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGt                                                               >  1:14242213/6‑75 (MQ=255)

     taataatGGA‑ACCTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGt                                                               >  1:2723348/7‑75 (MQ=255)

     gttgttgggA‑A‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGtt                                                              >  1:11258681/8‑75 (MQ=255)

     ataaggTGGAGA‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGt                                                               >  1:13098990/5‑75 (MQ=255)

     acatggTGGACA‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAA‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGt                                                               >  1:10226223/5‑75 (MQ=255)

       taatttca‑a‑CTCTA‑AACGAAATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTg                                                             >  1:10968408/8‑75 (MQ=255)

       gttcgggA‑A‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGa                                                            >  1:2724281/6‑75 (MQ=255)

             tgta‑CTCTAGAACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATATTGACttt                                                        >  1:4081793/4‑75 (MQ=255)

                gctagtA‑AAGG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAAt                                                     >  1:3296269/6‑75 (MQ=255)

                 tactatgaaCG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAAt                                                     >  1:2038623/8‑75 (MQ=255)

                  cggtaataCG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATg                                                    >  1:16480410/8‑75 (MQ=255)

                   gttagcgcG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGt                                                   >  1:4863336/8‑75 (MQ=255)

                   gtggagaCG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGt                                                   >  1:474527/7‑75 (MQ=255)

                    ctA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑t                                                >  1:9445008/1‑75 (MQ=255)

                      ttatgttaaTTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑t                                                >  1:16737160/8‑75 (MQ=255)

                      atcactaaaTTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑t                                                >  1:16072211/8‑75 (MQ=255)

                      aataataaaTTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑t                                                >  1:6444660/8‑75 (MQ=255)

                       tttcG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑ttt                                              >  1:6487182/4‑75 (MQ=255)

                       ttagatgaTTAGGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑tt                                               >  1:17428748/8‑75 (MQ=255)

                       gtgaaacaTTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑tt                                               >  1:3694210/8‑75 (MQ=255)

                        atcG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTg                                             >  1:3338908/3‑75 (MQ=255)

                         ggcaggttAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTg                                             >  1:12314423/7‑75 (MQ=255)

                          ttgcagaaaGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGt                                            >  1:1008555/8‑75 (MQ=255)

                          gcagaaaaaGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGt                                            >  1:9038960/8‑75 (MQ=255)

                          gatcagaaaGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGt                                            >  1:5768206/8‑75 (MQ=255)

                           taaaTTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTa                                           >  1:10123439/3‑75 (MQ=255)

                               aagatttgTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGAt                                       >  1:8102339/8‑75 (MQ=255)

                                tAAGACGTCCAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATa                                      >  1:4696566/1‑75 (MQ=255)

                                cgacctttAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATa                                      >  1:5405066/8‑75 (MQ=255)

                                caactgttAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATa                                      >  1:17599752/8‑75 (MQ=255)

                                  aGACGCAGACAAATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATaa                                     >  1:7354469/1‑75 (MQ=255)

                                   agttggtaC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATaaaa                                   >  1:13420640/8‑75 (MQ=255)

                                   acactggAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATaaaa                                   >  1:677713/7‑75 (MQ=255)

                                    taagaGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAAt                                  >  1:17311317/5‑75 (MQ=255)

                                    aatcaGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAAt                                  >  1:409392/5‑75 (MQ=255)

                                     ggTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATg                                 >  1:9122987/2‑75 (MQ=255)

                                     aaagtaC‑AAGACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATg                                 >  1:7756418/6‑75 (MQ=255)

                                      ttttaaaaaTACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATg                                 >  1:2857376/8‑75 (MQ=255)

                                      tgagtc‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGa                                >  1:7728164/6‑75 (MQ=255)

                                      gtgttgtaaTACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATg                                 >  1:9526983/8‑75 (MQ=255)

                                      cctcaaaaaTACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATg                                 >  1:6958354/8‑75 (MQ=255)

                                      aggtaagaaTACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATg                                 >  1:488567/8‑75 (MQ=255)

                                       ttgAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGAC‑TTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAat                              >  1:3289368/3‑75 (MQ=255)

                                       gggAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGaa                               >  1:4264256/3‑75 (MQ=255)

                                       gggAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGaa                               >  1:4243956/3‑75 (MQ=255)

                                       gcgAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGaa                               >  1:12833112/3‑75 (MQ=255)

                                        ctaataaTACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGaa                               >  1:11523154/6‑75 (MQ=255)

                                         tattgttACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAat                              >  1:8973927/7‑75 (MQ=255)

                                            agatattgTGCTAAGTATAAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAatata                           >  1:4332007/8‑75 (MQ=255)

                                             gatcgtgTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAatatat                          >  1:1184942/7‑75 (MQ=255)

                                             cgggccGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAatatat                          >  1:3707378/5‑75 (MQ=255)

                                              gggatgagCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAAtatata                         >  1:6133832/8‑75 (MQ=255)

                                               atgcGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAg                        >  1:1710341/4‑75 (MQ=255)

                                                 ttgtatgaaGTATAAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGAt                      >  1:2842105/8‑75 (MQ=255)

                                                 ggtataaaaGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGAt                      >  1:2717092/8‑75 (MQ=255)

                                                 ctgTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGAt                      >  1:10841002/3‑75 (MQ=255)

                                                 cagcggtAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGAt                      >  1:17665274/7‑75 (MQ=255)

                                                  cttGCTAAGTATGAATGGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATa                     >  1:2037249/3‑75 (MQ=255)

                                                  cGTGCTAATTAGGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATa                     >  1:15298896/1‑75 (MQ=255)

                                                  attGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATa                     >  1:7612607/3‑75 (MQ=255)

                                                  atgcatAAGGATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATa                     >  1:15303130/6‑75 (MQ=255)

                                                   actgtAAGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATAc                    >  1:1404161/5‑75 (MQ=255)

                                                   actaataGTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATAc                    >  1:12447917/7‑75 (MQ=255)

                                                    aataacgTATGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACg                   >  1:10516326/7‑75 (MQ=255)

                                                      ttcaatATGGATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTg                 >  1:4413698/6‑75 (MQ=255)

                                                      tgtcacgtGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTg                 >  1:16223038/8‑75 (MQ=255)

                                                      gtcaagaTGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTg                 >  1:13321382/7‑75 (MQ=255)

                                                      gatgttATGGATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTg                 >  1:12045404/6‑75 (MQ=255)

                                                        ttaaggaaaTTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGt               >  1:13159788/8‑75 (MQ=255)

                                                        gtaaattaaTTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGt               >  1:8623885/8‑75 (MQ=255)

                                                        cacctttaaTTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGt               >  1:12365292/8‑75 (MQ=255)

                                                          tatgtaaTTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTaa             >  1:5172518/6‑75 (MQ=255)

                                                          gaaTGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTaa             >  1:12911529/3‑75 (MQ=255)

                                                           ggcaatttGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGAAAg            >  1:5729128/7‑75 (MQ=255)

                                                           cgaaatatGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTATTTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTaa             >  1:12129410/8‑75 (MQ=255)

                                                            tagggcagATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAgg           >  1:16209794/8‑75 (MQ=255)

                                                            gttattggATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAgg           >  1:17377137/8‑75 (MQ=255)

                                                            gggAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAgg           >  1:416607/3‑75 (MQ=255)

                                                            aTGAATTGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAgg           >  1:5820377/1‑75 (MQ=255)

                                                             tacgttGATT‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGa          >  1:14329579/5‑75 (MQ=255)

                                                              tgtggaata‑tCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGaa         >  1:17077765/7‑75 (MQ=255)

                                                              tgtagttta‑tCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGaa         >  1:17059201/8‑75 (MQ=255)

                                                              tgaTTGATAGTCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGa          >  1:7366460/3‑75 (MQ=255)

                                                               tagagATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGaaa        >  1:6967518/5‑75 (MQ=255)

                                                                taggATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGaaaa       >  1:16689667/4‑75 (MQ=255)

                                                                aatGATA‑TCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGaaaa       >  1:13148029/3‑75 (MQ=255)

                                                                aTTGATA‑CCTGCATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGaaaa       >  1:5745823/1‑75 (MQ=255)

                                                                    tcagacTGATTA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTg    >  1:3224102/6‑75 (MQ=255)

                                                                    cgtaacTGAGTA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTg    >  1:16880357/6‑75 (MQ=255)

                                                                    atactgtGAATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTg    >  1:16457160/7‑75 (MQ=255)

                                                                     tggaaagAATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTGa   >  1:17665937/7‑75 (MQ=255)

                                                                     tcaattGAAGA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTGa   >  1:13651449/6‑75 (MQ=255)

                                                                     ta‑tCTGGATAGGATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTGa   >  1:16067803/1‑75 (MQ=255)

                                                                     gtattacaaTA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTGa   >  1:12831641/8‑75 (MQ=255)

                                                                     gaatttcaaTA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTGa   >  1:658926/8‑75 (MQ=255)

                                                                      tcacTGAATATGATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTGa   >  1:14388086/4‑75 (MQ=255)

CGTGAAAACGGTGGA‑A‑CTCTA‑AACG‑AATTAAGACGTAGAC‑AATACCGTGCTAAGTATGAATTGATA‑TCTGAATA‑GATGTTGACTTTAATGTA‑TTTGTATGATAAAATGAATATATAGATACGTGGTAAGGAAAACTGAT  >  NC_004302/23410‑23548

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`