| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_004302 | 24,164 | 1 | . | T | 36.7% | 65.0 / 72.2 | 79 | intergenic (+54/‑165) | r1tp41/r1tp42 | ORF41/ORF42 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (50/0); new base T (29/0); total (79/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTTCTAAAATAAATTCATAAAAGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATGGAGTAGAGTACACCCAAGTGGGTGGAAGTGCGAGGGTACAGAAA‑T‑GTACAAGAGATAGTCTA > NC_004302/24090‑24236 | gtttCTAAAATAAATTCATAAAAGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGc > 1:14518754/3‑75 (MQ=255) tcgggaaaatTCATAAAAGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑ttttt > 1:11534048/7‑75 (MQ=255) aaataaatTCATAAAAGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTa > 1:1366830/1‑75 (MQ=255) gttactgtAAAGGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATgg > 1:1173885/8‑75 (MQ=255) tttCATAAAAGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATGgag > 1:828549/2‑75 (MQ=255) tccagttaaGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGCTTTTTTTAATGgag > 1:6428728/8‑75 (MQ=255) ctcgtagaaGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGCTTTTTTTAATGgag > 1:2426718/8‑75 (MQ=255) aatgacaaaGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGAGC‑TTTTTTAATGgagt > 1:1792457/7‑75 (MQ=255) aaaggaaaaTT‑GTAACGACTATCGAGACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATGgagt > 1:2836823/6‑75 (MQ=255) tagataaGT‑TTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATGgagtag > 1:10568082/6‑75 (MQ=255) taTAAAAGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGCGCTTTTTTTAATGgagta > 1:15101739/2‑75 (MQ=255) ggggagggt‑gtAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATGgagtag > 1:12622927/8‑75 (MQ=255) agtactggt‑gtAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGCTTTTTTTAATGgagta > 1:32875/8‑75 (MQ=255) acaggtggt‑gtAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGCTTTTTTTAATGgagta > 1:10029539/8‑75 (MQ=255) tctagaGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATGgagtaga > 1:9868527/6‑75 (MQ=255) aggaaaGTGGTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATGgagtag > 1:2716557/4‑75 (MQ=255) tgataat‑gtAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATGgagtagag > 1:17473578/7‑75 (MQ=255) 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gC‑TTTTTTAATTGAGTAGAGCACACCCAAGTGGGTGGAAGTGCGAGGGTACAGAAA‑TGGTCCAAGAGAtcggaag > 1:16005154/1‑69 (MQ=255) | CGTTCTAAAATAAATTCATAAAAGT‑GTAACGACTATCGAAACAGATTAAGCATTCTTATTTATAAAATAAGGTGC‑TTTTTTAATGGAGTAGAGTACACCCAAGTGGGTGGAAGTGCGAGGGTACAGAAA‑T‑GTACAAGAGATAGTCTA > NC_004302/24090‑24236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |