| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NODE_2 | 134,755 | G→A | intergenic (+202/‑293) | aqpZ → / → lysO | aquaporin Z/L‑lysine exporter LysO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NODE_2 | 134,755 | 0 | G | A | 94.8% | 227.4 / ‑3.9 | 102 | intergenic (+202/‑293) | aqpZ/lysO | aquaporin Z/L‑lysine exporter LysO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/1); new base A (36/55); total (45/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GTTGATTCATCATCTTGTTGCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGAACGCCTCGGCGATTTTGACGCCACCAACATCGGTGCAGTTTGTAATTAA > NODE_2/134608‑134900 | gTTGATTCATCATCTTGTTGCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACt < 2:2689833/150‑1 (MQ=255) ttGATTCATGAGCTTGTTGCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACtt < 1:548683/150‑1 (MQ=255) ttGATACATCATCTTGTTGCCCTCCTTTCATGAGCGAAGCACCATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCACTCACCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACtt < 2:3828022/150‑1 (MQ=17) aTTCATCATCTTGTTGCGCTCCTTTCATGAGCAAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGGCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATc < 2:2886940/150‑1 (MQ=255) ttCATCATCTTGTTGCCCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATcc < 2:2055723/150‑1 (MQ=255) atcatcTTGTTCCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCAGTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCtt < 1:3672032/150‑1 (MQ=255) catcTTGTTGCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CCCAGGGGGGGGGCAATCGCCCCCCCCCCCCGCACCCCCCGGCCCCGGGGGACAAAAACGCCGCTGGGCGGGGCCCCCCACTTATCCCTTAc > 2:2222024/1‑150 (MQ=255) atcTTGTTGCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCGCCACAGGGGG‑GGCCAATCACCGCCCCCCCCCGCACCCCCGGGCTCTGGCGGACAAAACTCCCGCTGCGCGGTGCCCTTCTCTTATCCCTTAct > 1:1500775/1‑149 (MQ=255) atcTTGTTGCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CTTAGGGGGGGGGCCATCCCCCCCCCCCCCTGCCCCCCCCGGGTCTGGCGGACCAAAACCCCCCCGCCCCGGGCCCTCGCCTTATcccctccg > 1:2679529/1‑145 (MQ=255) tcTTGTTGCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CCCAGGGGGGGGCCAAAGGCCCCCCCCCCCTGCCCCCCCCGGCCCCGGCGAACAAAAACGCCGCTGCGCGGGGGCCTCGACCTATccccttccg > 2:3062949/1‑144 (MQ=255) gttgCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTAc < 1:3762661/150‑1 (MQ=255) gttgCGCTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTAc < 2:2636859/150‑1 (MQ=255) gcgcTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCgg < 2:1284981/150‑1 (MQ=255) ccgactttttCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCgg < 2:1008593/143‑1 (MQ=255) gcTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGGGGGCCAACGCCGCCCCCCCCCGCCCCCCCCCGCCCCGGCGGGCAAAAACACCCCCGCGCGGGGGCCCCGCCCTATCCCCTACCCCTCCCgggg > 2:4084829/1‑149 (MQ=12) cTCCTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTc < 1:646531/150‑1 (MQ=255) cTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCggg < 1:3423809/150‑1 (MQ=255) cTTTCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCggg < 1:1148603/150‑1 (MQ=255) tttCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGgc < 2:484926/150‑1 (MQ=255) tttCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGgc < 1:1190880/150‑1 (MQ=255) tttCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGgc < 1:2001531/150‑1 (MQ=255) tttCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CACAGGGCGCGGCCAAACGGCACCCCCCCCTGCAACCCCCGCCTTTTGCAAAAAAAATCCCAGCTTCGCGGTGCCCTCGACTTTTCCCTTACCGCTAcccgtagtcgg > 1:1008593/1‑141 (MQ=255) ttCATGAGCTAAGCACCATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGgcg < 1:4107838/150‑1 (MQ=255) tCATGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGgcgc < 2:1284880/150‑1 (MQ=255) aTGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGTAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCCGCACCCCCCGGCCCTGGCGAACAAAAACGCCGCTGCCCGGGGCACCCGGCTTATCCCCTACCGCTACCGGggcgggcggcg > 2:3006576/1‑147 (MQ=14) aTGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGCCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGa < 1:2488793/150‑1 (MQ=255) tGAGCTAAGCAACATATTGCCCCTGCGGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAACCGCCGCCGCGCCCTGCTCCCGCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGAGCGAg < 1:2727514/150‑1 (MQ=14) tGAGCTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACTCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGGGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAg > 2:3126687/1‑150 (MQ=255) cTAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTaa < 1:1595276/150‑1 (MQ=255) tAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAAc < 2:227282/150‑1 (MQ=255) tAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAAc < 2:2568079/150‑1 (MQ=255) tAAGCAACATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGACTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAAc < 1:3561870/150‑1 (MQ=255) aCATATTGCCACTGGCGCAAGGAGCG‑CGCAGGGGGCGGCCAATCGCCCCCGCCCCCCGCACCCCCCGGCTCTGGCGGACAAAATACCCGCTGCGCGGGGGCCCCCCCCTTTCCCCCACCGCTACCGGGGCGGGCGCggggggaaaaccct > 1:487495/1‑140 (MQ=2) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |