| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NODE_20 | 46,127 | Δ1 bp | intergenic (+3/‑2) | EcoliAnna_02844 → / → EcoliAnna_02845 | tRNA‑Val/tRNA‑Lys |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NODE_20 | 46,126 | 0 | T | . | 99.4% | 721.4 / ‑3.1 | 174 | intergenic (+2/‑3) | EcoliAnna_02844/EcoliAnna_02845 | tRNA‑Val/tRNA‑Lys |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base . (78/94); total (79/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
CATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCG > NODE_20/45979‑46271 | cATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACtcg > 2:1523387/1‑148 (MQ=255)cATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACtcg > 1:1712437/1‑148 (MQ=255)cATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACtcg < 2:1700405/150‑3 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACTACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACtcgg > 1:2384336/1‑147 (MQ=255) tCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACtcggg < 2:203223/150‑5 (MQ=255) cTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTc < 2:845719/150‑1 (MQ=255) cACGCCCCACCACTAATGACGGTGGTTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGtt < 1:3447766/150‑1 (MQ=255) gACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGc > 1:594274/1‑150 (MQ=255) cccACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGGTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGTGGTTCGATCCCGTTATCACCCACCAC‑TCCGGTCGTTAGCTc > 1:3591813/1‑150 (MQ=18) cccACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTc < 1:2595534/150‑1 (MQ=255) cccACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTc > 1:1025930/1‑150 (MQ=255) ccaccaCTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCa < 1:2747411/150‑1 (MQ=255) accacTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGt > 1:1442114/1‑150 (MQ=255) accacTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGt > 2:2629346/1‑150 (MQ=255) tAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTa < 2:2384336/150‑1 (MQ=255) aaTGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGCCGTTAGCTCAGTTGGTag > 1:14954/1‑150 (MQ=255) aCGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCa < 2:3951126/150‑1 (MQ=255) cGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAg < 2:3252764/150‑1 (MQ=255) cGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGGTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTAAGCTCAGTTGGTAGAGCAg > 2:257117/1‑150 (MQ=255) 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ggTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTa > 2:3346325/1‑150 (MQ=255) gTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTaa < 2:4001317/150‑1 (MQ=255) gAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCa > 1:664598/1‑150 (MQ=255) agtagtTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAAt > 2:756719/1‑150 (MQ=37) agtagtTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAAt > 1:176244/1‑150 (MQ=37) agtagtTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGACCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAAt < 1:4136266/150‑1 (MQ=255) gtagtTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAAtt > 1:3612135/1‑150 (MQ=25) tagtTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTg < 2:3459801/150‑1 (MQ=25) agtTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTgg > 2:1039845/1‑150 (MQ=21) agtTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTgg < 1:497557/150‑1 (MQ=21) agtTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTgg > 1:3838063/1‑150 (MQ=21) tttGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTc > 2:1134264/1‑150 (MQ=17) tttGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCGGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGCCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTc < 2:921856/150‑1 (MQ=255) tttGTAGTAGCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCTGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGCCTTTTAATCAATTGGTc < 1:4063169/150‑1 (MQ=255) gtagtaTCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCa < 2:1442114/150‑1 (MQ=17) 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gagCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACt < 1:2809592/150‑1 (MQ=18) gagCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACt > 2:3367432/1‑150 (MQ=18) gCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCa < 2:3661119/150‑1 (MQ=25) aCCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGa < 2:1737197/150‑1 (MQ=37) aCCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGa > 2:3038598/1‑150 (MQ=37) ccTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGAt < 1:1892959/150‑1 (MQ=37) ccTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGAt < 2:3115556/150‑1 (MQ=37) tCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGt > 1:2279293/1‑150 (MQ=37) cccTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGtt < 1:3154924/150‑1 (MQ=37) ccTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTa < 2:2052853/150‑1 (MQ=37) ccTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTa < 1:3061914/150‑1 (MQ=37) cTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTaa > 2:4102283/1‑150 (MQ=37) ttACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAg > 2:2847361/1‑150 (MQ=37) ttACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAg < 1:91202/150‑1 (MQ=37) tACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑TCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGc < 1:3029535/150‑1 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |