Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0077909180AG32.0% 250.6 / 139.1 227T213T (ACA→ACG) SAUSA300_RS14705replication protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (131/22);  new base G (71/1);  total (204/23)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 303 total aligned reads displayed.

GTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATT  >  NC_007790/819‑994
                                                                                                   |                                                                            
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gTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaaca                                                                              >  1:577096/1‑100 (MQ=255)
cttAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAatca                                                                              >  1:5225244/2‑100 (MQ=255)
 ctAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaa                                                                             >  1:547696/2‑100 (MQ=255)
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  tAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaac                                                                            >  1:1425296/1‑100 (MQ=255)
  tAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaac                                                                            >  1:1094763/1‑100 (MQ=255)
  tAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaac                                                                            <  1:1839241/100‑1 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAaacaagc                                                                           >  1:198649/1‑98 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaata                                                                           >  1:2506745/1‑98 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaacg                                                                           >  1:5970102/1‑99 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAGacaaca                                                                           >  1:2958023/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAtcaaca                                                                           >  1:6010353/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAgcaaca                                                                           >  1:3567749/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAccaaca                                                                           >  1:5605764/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:3529966/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:3681417/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:5566473/1‑100 (MQ=255)
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   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:2458771/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:3605231/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:1222084/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:1580474/1‑100 (MQ=255)
   aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:681557/1‑100 (MQ=255)
    aGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAg                                                                          <  1:2318911/100‑1 (MQ=255)
      ttATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGAAGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGAc                                                                        >  1:407941/1‑100 (MQ=255)
      ctATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAATAACAGat                                                                        >  1:5126197/2‑99 (MQ=255)
      ctATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGat                                                                        >  1:1193063/2‑99 (MQ=255)
       tATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAATACGACAGatc                                                                       >  1:397185/1‑98 (MQ=255)
       tATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCATGCGATGAAGATAAAACAACAGatc                                                                       >  1:3126451/1‑98 (MQ=255)
       tATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACTACAGatc                                                                       >  1:1280311/1‑98 (MQ=255)
       caTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGatc                                                                       >  1:1261529/2‑98 (MQ=255)
       caTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATT‑ATGCAAGTGATGAAGATAAAacaacaagatc                                                                      >  1:1793662/2‑95 (MQ=255)
       aaTGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAaacgacgagat                                                                       >  1:383180/2‑95 (MQ=255)
       aaTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAgcaacaagat                                                                       >  1:2366984/2‑96 (MQ=255)
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        ctggtggATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTCTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATACAACGACAGACga                                                                      >  1:788134/2‑100 (MQ=255)
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        aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAGACGACAGatcg                                                                      >  1:4669706/1‑97 (MQ=255)
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          ggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACgaag                                                                    >  1:169722/1‑100 (MQ=255)
          cgtggATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAATGACAGACgaag                                                                    >  1:2881471/2‑100 (MQ=255)
             ggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGAGATGAAGATAAAACAACAGACgaagaag                                                                 >  1:5396997/1‑100 (MQ=255)
                  gCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGaaaaa                                                            >  1:4848937/1‑100 (MQ=255)
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                     tAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGca                                                         >  1:4773554/1‑100 (MQ=255)
                               cATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTa                                               >  1:727595/1‑100 (MQ=255)
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                                      ttttAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAAt                                        <  1:458637/100‑1 (MQ=255)
                                      ttttAAACTTAGACGATGTCAAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCagg                                        <  1:3443875/100‑3 (MQ=255)
                                        ctAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAACTTg                                     >  1:2853301/2‑100 (MQ=255)
                                          aatcTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGGTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTgg                                    <  1:830445/97‑1 (MQ=255)
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                                          aaaCTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTCgg                                    >  1:5000397/1‑100 (MQ=255)
                                           aaCTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGa                                   <  1:2203084/100‑1 (MQ=255)
                                              ttAGACGATGCCGAAGATGGTGATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAACTTGGaagat                               >  1:331296/1‑97 (MQ=255)
                                              ctAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAACTTGGaaga                                >  1:1062276/2‑98 (MQ=255)
                                              ccaGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaaga                                >  1:3999407/3‑98 (MQ=255)
                                               tAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagat                               >  1:1151619/1‑97 (MQ=255)
                                               tAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagat                               >  1:3405768/1‑97 (MQ=255)
                                               tAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATATGGaagat                               >  1:2241671/1‑97 (MQ=255)
                                               tAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATCTGGaagatc                              >  1:5686522/1‑96 (MQ=255)
                                                aGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAGGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaaagat                              >  1:2049534/1‑96 (MQ=255)
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                                                 tgcGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTAGGaagatcg                             >  1:5280192/3‑95 (MQ=255)
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                                                  aCGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGACGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAACTTGGaagatcgg                            >  1:1759579/1‑94 (MQ=255)
                                                  aCGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATATGGaagatcgga                           >  1:3930359/1‑93 (MQ=255)
                                                  aCGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAACTTGGaagatcgga                           >  1:4190946/1‑93 (MQ=255)
                                                   cGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTGGGagatcggaa                           >  1:886120/1‑92 (MQ=255)
                                                   acaTGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAGGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTAGaagatcgga                           >  1:4292728/3‑93 (MQ=255)
                                                    gATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATCTGGaagatcggaa                          >  1:3229966/1‑92 (MQ=255)
                                                    gATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTGAATTACCGCAATTTGGaagatcggaag                         >  1:3203790/1‑91 (MQ=255)
                                                    gATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagatcggaag                         >  1:6080090/1‑91 (MQ=255)
                                                    gATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaacgagatcgg                         >  1:2637571/1‑91 (MQ=255)
                                                    caTGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGGAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTGGGaagatcggaag                         >  1:3745227/2‑91 (MQ=255)
                                                    aaTGCCGAAGATGGAAATTTGATTAATAAAAGTGATGAAGATAAAAAGACAGACGAAGAA‑AAAAAGTACATTTAATTACCGCAAGTTGGaagatcggaag                         >  1:2174167/2‑91 (MQ=255)
                                                     aTGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagatcggaaga                        >  1:242359/1‑90 (MQ=255)
                                                                ggTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAattatt              >  1:4169198/1‑100 (MQ=255)
                                                                            actGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACAtt  >  1:1848322/3‑100 (MQ=255)
                                                                                                   |                                                                            
GTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATT  >  NC_007790/819‑994

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑