Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0077908980GA26.6% 763.7 / 270.6 523A207T (GCA→ACA) SAUSA300_RS14705replication protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (341/43);  new base A (135/4);  total (476/47)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01

Only 100 of 525 total aligned reads displayed.

GGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATT  >  NC_007790/799‑994
                                                                                                   |                                                                                                
gccctGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATg                                                                                                  >  1:5766812/5‑100 (MQ=255)
 gTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGc                                                                                                 <  1:5934046/100‑1 (MQ=255)
  tttGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCa                                                                                                >  1:42296/1‑100 (MQ=255)
  cttGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCa                                                                                                >  1:1886012/2‑100 (MQ=255)
  cctGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCa                                                                                                >  1:1142613/3‑100 (MQ=255)
   ttGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCaa                                                                                               >  1:5829890/1‑100 (MQ=255)
   ctGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCaa                                                                                               >  1:2170609/2‑100 (MQ=255)
    tGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAg                                                                                              >  1:900826/1‑100 (MQ=255)
    tGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAg                                                                                              <  1:837377/100‑1 (MQ=255)
    tGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAg                                                                                              >  1:4039057/1‑100 (MQ=255)
    tGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAg                                                                                              >  1:5605049/1‑100 (MQ=255)
    tGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAg                                                                                              <  1:3306996/100‑1 (MQ=255)
    ggTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAACGCAAg                                                                                              >  1:4287562/2‑100 (MQ=255)
     gTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGt                                                                                             >  1:3221129/1‑100 (MQ=255)
     gTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGt                                                                                             >  1:1797977/1‑100 (MQ=255)
     gTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGt                                                                                             >  1:2374898/1‑100 (MQ=255)
     gTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGAAATTTGATTAAGGCAAga                                                                                             >  1:5230537/1‑99 (MQ=255)
      tATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtg                                                                                            <  1:2092158/100‑1 (MQ=255)
      tATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtg                                                                                            >  1:2021830/1‑100 (MQ=255)
        ccGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtgat                                                                                          >  1:4803290/2‑100 (MQ=255)
         cgatctcGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtgatg                                                                                         <  1:3475365/94‑1 (MQ=255)
         cGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGtgatg                                                                                         >  1:4765455/1‑100 (MQ=255)
         cGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtgatg                                                                                         >  1:5132979/1‑100 (MQ=255)
         cGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtgatg                                                                                         >  1:5298353/1‑100 (MQ=255)
          gAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGtgatga                                                                                        >  1:1296604/1‑100 (MQ=255)
          gAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtgatga                                                                                        <  1:1115098/100‑1 (MQ=255)
           aaaaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGaa                                                                                       >  1:2947124/1‑100 (MQ=255)
           aaaaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGaa                                                                                       >  1:656181/1‑100 (MQ=255)
           aaaaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGaa                                                                                       <  1:251068/100‑1 (MQ=255)
            ccaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAg                                                                                      >  1:2701801/3‑100 (MQ=39)
             caCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGa                                                                                     >  1:5420250/2‑100 (MQ=255)
             aaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGa                                                                                     >  1:2810701/1‑100 (MQ=255)
             aaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGa                                                                                     >  1:964153/1‑100 (MQ=255)
             aaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGa                                                                                     >  1:2242801/1‑100 (MQ=255)
               cGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATa                                                                                   >  1:6029782/1‑100 (MQ=255)
               cGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATa                                                                                   >  1:2886201/1‑100 (MQ=255)
                gTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTACACAAAAACATATAATTTTAAACTTAGACGATGTCGACGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATaa                                                                                  >  1:3013388/1‑100 (MQ=255)
                  aTGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATaaaa                                                                                >  1:1261705/1‑100 (MQ=255)
                  aTGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATaaga                                                                                >  1:4453088/1‑98 (MQ=255)
                  aTGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATaaag                                                                                >  1:258373/1‑99 (MQ=255)
                  aTGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATaaaa                                                                                >  1:4309402/1‑100 (MQ=255)
                  aTGTTAAGTTATGGCGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATaaaa                                                                                >  1:2272691/1‑100 (MQ=255)
                    gTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaaca                                                                              >  1:733782/1‑100 (MQ=255)
                      tAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAatcaac                                                                            >  1:1733228/1‑100 (MQ=255)
                      tAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaac                                                                            <  1:1839241/100‑1 (MQ=255)
                      tAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaac                                                                            >  1:1425296/1‑100 (MQ=255)
                       caGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:1068023/2‑100 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAaacaagc                                                                           >  1:198649/1‑98 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGGCGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaccagat                                                                           >  1:2328387/1‑97 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaacg                                                                           >  1:3529369/1‑99 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAATacaaca                                                                           >  1:5207710/1‑100 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAgcaaca                                                                           >  1:3567749/1‑100 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAactaca                                                                           >  1:2834352/1‑100 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:3772207/1‑100 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:4121810/1‑100 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:2458771/1‑100 (MQ=255)
                       aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                                           >  1:700978/1‑100 (MQ=255)
                          gcaTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAAAAACAGat                                                                        >  1:1242761/3‑99 (MQ=255)
                          ctgtggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGAc                                                                        >  1:4348740/4‑100 (MQ=255)
                          ctATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGat                                                                        >  1:1193063/2‑99 (MQ=255)
                           tATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAGACGACAGatc                                                                       >  1:3396513/1‑98 (MQ=255)
                           tATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACg                                                                       >  1:1776561/1‑100 (MQ=255)
                           tATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCATGCGATGAAGATAAAACAACAGatc                                                                       >  1:3126451/1‑98 (MQ=255)
                           tATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAATACAACAGatc                                                                       >  1:4678412/1‑98 (MQ=255)
                            gtggtggATAGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACga                                                                      >  1:3915487/2‑100 (MQ=255)
                            ctggtggATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAGACGACAGatcg                                                                      >  1:1927671/2‑97 (MQ=255)
                            ctggtggATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTCTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATACAACGACAGACga                                                                      >  1:788134/2‑100 (MQ=255)
                            aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACga                                                                      >  1:2401470/1‑100 (MQ=255)
                            aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAAgagatcg                                                                      >  1:1020138/1‑97 (MQ=255)
                            aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGatcg                                                                      >  1:3346858/1‑97 (MQ=255)
                            aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACga                                                                      >  1:4522525/1‑100 (MQ=255)
                            aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAAACga                                                                      >  1:4629373/1‑100 (MQ=255)
                             tggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGAcaga                                                                     >  1:1489195/1‑97 (MQ=255)
                              ggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACgaag                                                                    >  1:3671367/1‑100 (MQ=255)
                                         tAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACgaagatcggaagagc                                                         >  1:5880405/1‑90 (MQ=255)
                                         tAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGca                                                         >  1:5517693/1‑100 (MQ=255)
                                                      aaaaTTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCg                                            <  1:4184288/100‑1 (MQ=255)
                                                      aaaaTTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCg                                            <  1:4088367/100‑1 (MQ=255)
                                                       aaaTTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGc                                           <  1:5057948/100‑1 (MQ=255)
                                                             tAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTg                                     >  1:3612794/1‑100 (MQ=255)
                                                              aaaCTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTgg                                    >  1:319468/1‑100 (MQ=255)
                                                              aaaCTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTCgg                                    >  1:5000397/1‑100 (MQ=255)
                                                               aaCTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGa                                   <  1:2203084/100‑1 (MQ=255)
                                                                 attAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACcacagatcggaag                                 >  1:5984050/2‑91 (MQ=255)
                                                                   tAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATCTGGaagatc                              >  1:5686522/1‑96 (MQ=255)
                                                                    aGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagatc                              >  1:1646264/1‑96 (MQ=255)
                                                                     gACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaaagatc                             >  1:4912520/1‑95 (MQ=255)
                                                                      ccGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAAtagatc                            >  1:5385913/2‑95 (MQ=255)
                                                                      cagATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTAGGaagatcgg                            >  1:678912/3‑94 (MQ=255)
                                                                      aCGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGCAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaaagatcg                            >  1:5617135/1‑94 (MQ=255)
                                                                      aCGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagatcgg                            >  1:3881596/1‑94 (MQ=255)
                                                                      aCGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAACGTGGaagatcgg                            >  1:4148665/1‑94 (MQ=255)
                                                                       tgATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGGA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagatcggaa                          >  1:720553/2‑92 (MQ=255)
                                                                       tcaTGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagatcggaa                          >  1:4395918/3‑92 (MQ=255)
                                                                        gATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaacgagatcgg                         >  1:2637571/1‑91 (MQ=255)
                                                                        gATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaaagatcggaa                         >  1:3435796/1‑91 (MQ=255)
                                                                        gATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAACTTGGaagatcggaag                         >  1:15390/1‑91 (MQ=255)
                                                                         aTGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTAGGaagatcggaaga                        >  1:39574/1‑90 (MQ=255)
                                                                          tgccGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGc                       >  1:3683568/4‑100 (MQ=255)
                                                                            tCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCa                      <  1:3987760/100‑1 (MQ=255)
                                                                                                   |                                                                                                
GGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATT  >  NC_007790/799‑994

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑