Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0077908750TC26.1% 1418.6 / inf 862V199A (GTC→GCC) SAUSA300_RS14705replication protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (589/47);  new base C (215/9);  total (806/56)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 868 total aligned reads displayed.

AAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCA  >  NC_007790/776‑974
                                                                                                   |                                                                                                   
aaaTTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGt                                                                                                     <  1:3131296/100‑1 (MQ=255)
  aTTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCg                                                                                                   >  1:5929135/1‑100 (MQ=255)
   ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGa                                                                                                  >  1:1237583/1‑100 (MQ=255)
   ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGa                                                                                                  >  1:2840583/1‑100 (MQ=255)
   ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGa                                                                                                  >  1:4422668/1‑100 (MQ=255)
   ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGa                                                                                                  <  1:5573682/100‑1 (MQ=255)
    tGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGaa                                                                                                 >  1:2025162/1‑100 (MQ=255)
    tGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGaa                                                                                                 >  1:5406063/1‑100 (MQ=255)
    tGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGaa                                                                                                 >  1:5766804/1‑100 (MQ=255)
    tGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGaa                                                                                                 >  1:1564639/1‑100 (MQ=255)
     gcaaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAg                                                                                                >  1:1044374/3‑100 (MQ=255)
     gTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAg                                                                                                >  1:804820/1‑100 (MQ=255)
     gTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGGTGTCGAAg                                                                                                >  1:3357517/1‑100 (MQ=255)
     gTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAg                                                                                                >  1:2337033/1‑100 (MQ=255)
     gTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAg                                                                                                >  1:2147369/1‑100 (MQ=255)
      tAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGa                                                                                               >  1:1758346/1‑100 (MQ=255)
       aaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGAt                                                                                              >  1:4475918/1‑100 (MQ=255)
       aaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGAt                                                                                              >  1:3312043/1‑100 (MQ=255)
       aaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGAt                                                                                              >  1:5808183/1‑100 (MQ=255)
       aaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGAt                                                                                              >  1:5852113/1‑100 (MQ=255)
       aaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGAt                                                                                              >  1:1857694/1‑100 (MQ=255)
       aaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGAt                                                                                              >  1:1605491/1‑100 (MQ=255)
        cgTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATg                                                                                             >  1:10163/2‑100 (MQ=255)
        aGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATg                                                                                             >  1:4100205/1‑100 (MQ=255)
        aGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATg                                                                                             >  1:2700110/1‑100 (MQ=255)
        aGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATg                                                                                             >  1:3257557/1‑100 (MQ=255)
        aGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATg                                                                                             >  1:3565797/1‑100 (MQ=255)
        aGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGAGGTCGAAGAtc                                                                                             >  1:552397/1‑99 (MQ=255)
        aGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTCAAACTTAGACGATGTCGAAGATg                                                                                             >  1:4758711/1‑100 (MQ=255)
           gATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTa                                                                                          >  1:136338/1‑100 (MQ=255)
             tttAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAAt                                                                                        >  1:4675046/1‑100 (MQ=255)
             cctAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAAt                                                                                        >  1:2633670/3‑100 (MQ=255)
                   ctaaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGAtt                                                                                  >  1:5634688/3‑100 (MQ=255)
                   aaaaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGAtt                                                                                  >  1:2951121/1‑100 (MQ=255)
                    taaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTa                                                                                 >  1:3801403/2‑100 (MQ=255)
                    aaaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTa                                                                                 >  1:5985166/1‑100 (MQ=255)
                    aaaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTa                                                                                 >  1:4322642/1‑100 (MQ=255)
                     aaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTaa                                                                                >  1:2799791/1‑100 (MQ=255)
                     aaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGGTGGTAATTTGATTaa                                                                                >  1:831578/1‑100 (MQ=255)
                     aaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTaa                                                                                >  1:2902128/1‑100 (MQ=255)
                     aaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTaa                                                                                >  1:887827/1‑100 (MQ=255)
                     aaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTaa                                                                                >  1:2757635/1‑100 (MQ=255)
                     aaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTaa                                                                                >  1:5688185/1‑100 (MQ=255)
                      aGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAGAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAAt                                                                               >  1:5486192/1‑100 (MQ=255)
                        gTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTaagca                                                                             <  1:5037718/100‑4 (MQ=255)
                        ctgtGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGc                                                                             >  1:747712/4‑100 (MQ=255)
                          ttGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACaa                                                                           >  1:1913284/1‑100 (MQ=255)
                          ttGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCaa                                                                           >  1:143734/1‑100 (MQ=255)
                          ttGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCaa                                                                           >  1:4918057/1‑100 (MQ=255)
                          ttGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCaa                                                                           >  1:4359754/1‑100 (MQ=255)
                           tGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAg                                                                          >  1:957308/1‑100 (MQ=255)
                           tGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAg                                                                          >  1:5437190/1‑100 (MQ=255)
                           tGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAg                                                                          >  1:4039057/1‑100 (MQ=255)
                           tGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAg                                                                          >  1:630504/1‑100 (MQ=255)
                           ggTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAACGCAAg                                                                          >  1:4287562/2‑100 (MQ=255)
                            gTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGt                                                                         >  1:3221129/1‑100 (MQ=255)
                            gTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGt                                                                         >  1:1705728/1‑100 (MQ=255)
                              aTCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTaggcaagatcg                                                                       >  1:3463466/1‑90 (MQ=255)
                                cGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtgatg                                                                     >  1:5298353/1‑100 (MQ=255)
                                  aaaaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGaa                                                                   >  1:3749495/1‑100 (MQ=255)
                                  aaaaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGGAAgatcggaa                                                                   >  1:3193339/1‑93 (MQ=255)
                                   ggaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAg                                                                  >  1:5372638/3‑100 (MQ=255)
                                   aaaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAg                                                                  >  1:4614430/1‑100 (MQ=255)
                                     aCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGAt                                                                >  1:23814/1‑100 (MQ=255)
                                      tgTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATa                                                               >  1:3630170/2‑100 (MQ=255)
                                      cGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATa                                                               >  1:3416312/1‑100 (MQ=255)
                                      cGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATa                                                               >  1:1119129/1‑100 (MQ=255)
                                      cGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATa                                                               >  1:4819207/1‑100 (MQ=255)
                                       gTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTACACAAAAACATATAATTTTAAACTTAGACGATGTCGACGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATaa                                                              >  1:3013388/1‑100 (MQ=255)
                                       atATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATaa                                                              >  1:1796406/2‑100 (MQ=255)
                                          agTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaac                                                           >  1:1269242/2‑100 (MQ=255)
                                           gTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAaacg                                                          >  1:70201/1‑99 (MQ=255)
                                             tAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaac                                                        >  1:5964268/1‑100 (MQ=255)
                                             acaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaag                                                        >  1:3528409/3‑99 (MQ=255)
                                              aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAaacaagc                                                       >  1:198649/1‑98 (MQ=255)
                                              aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAGacaaca                                                       >  1:2195156/1‑100 (MQ=255)
                                              aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                                                       >  1:2500378/1‑100 (MQ=255)
                                               ggTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAaacgacgg                                                      >  1:3604983/2‑98 (MQ=255)
                                                  tATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAGACGACAGatc                                                   >  1:3962963/1‑98 (MQ=255)
                                                   ctggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACga                                                  >  1:367992/2‑100 (MQ=255)
                                                   aTGGTGGTTTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGAcag                                                  >  1:6047116/1‑98 (MQ=255)
                                                   aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAGACGACAGatcg                                                  >  1:5611579/1‑97 (MQ=255)
                                                   aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAGACGACAGatcg                                                  >  1:67478/1‑97 (MQ=255)
                                                   aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaacaagatc                                                  >  1:1506549/1‑95 (MQ=255)
                                                   aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACga                                                  >  1:2254746/1‑100 (MQ=255)
                                                     ggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACgaag                                                >  1:4578264/1‑100 (MQ=255)
                                                     agtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAATACAACAGatcgga                                                >  1:3924106/2‑95 (MQ=255)
                                                        tgATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACTACAGatcggaaga                                             >  1:517422/2‑92 (MQ=255)
                                                                tAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACgaagatcggaagagc                                     >  1:2554771/1‑90 (MQ=255)
                                                                tAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGca                                     >  1:2080827/1‑100 (MQ=255)
                                                                 aaaCAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGcaca                                   >  1:4145605/1‑100 (MQ=255)
                                                                      aaagCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAGGAA‑AAAAAGCACATTCaa                              >  1:2290102/1‑100 (MQ=255)
                                                                          cATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTa                           >  1:727595/1‑100 (MQ=255)
                                                                                    tAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATATgg                >  1:5229105/1‑100 (MQ=255)
                                                                                             aCGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagatcgg        >  1:3881596/1‑94 (MQ=255)
                                                                                             aCGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAAGTTGGaagatcgg        >  1:5119443/1‑94 (MQ=255)
                                                                                             aCGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAACTTGGaagatcgga       >  1:4190946/1‑93 (MQ=255)
                                                                                               gATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagatcggaag     >  1:1192081/1‑91 (MQ=255)
                                                                                                aTGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACGAAGAA‑AAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGaagatcggaaga    >  1:242359/1‑90 (MQ=255)
                                                                                                   tCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCa  <  1:3987760/100‑1 (MQ=255)
                                                                                                   |                                                                                                   
AAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCA  >  NC_007790/776‑974

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑