D69 :: BRESEQ :: Evidence

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_007790	849	0	A	G	28.8%	1433.6 / inf	1183	K190K (AAA→AAG)	SAUSA300_RS14705	replication protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (801/40); new base G (332/9); total (1134/49)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01

Only 100 of 1212 total aligned reads displayed.

AACTGATGATGATGAAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAAT  >  NC_007790/750‑947

aaCTGATGATGATGAAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACaaaaa                                                                                                    >  1:2245408/1‑100 (MQ=255)

aaCTGATGATGATGAAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACaaaaa                                                                                                    >  1:1105164/1‑100 (MQ=255)

 tgtgatgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAAc                                                                                                   >  1:5251485/3‑100 (MQ=255)

  cTGATGATGATGAAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACa                                                                                                  >  1:1049249/1‑100 (MQ=255)

  cTGATGACGACGAAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCa                                                                                                  >  1:164999/1‑100 (MQ=255)

   tgatgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCAt                                                                                                 >  1:3724698/1‑100 (MQ=255)

    gatgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATa                                                                                                >  1:1158518/1‑100 (MQ=255)

    gatgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATa                                                                                                >  1:4971335/1‑100 (MQ=255)

    gatgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATa                                                                                                >  1:3044606/1‑100 (MQ=255)

    gatgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATa                                                                                                >  1:4137283/1‑100 (MQ=255)

    gatgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATa                                                                                                >  1:1815833/1‑100 (MQ=255)

    gatgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATa                                                                                                >  1:2133808/1‑100 (MQ=255)

    gatgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATa                                                                                                >  1:3556871/1‑100 (MQ=255)

    gatgatgaagaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATa                                                                                                >  1:4706830/1‑100 (MQ=255)

    gatgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAACAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATa                                                                                                >  1:4825423/1‑100 (MQ=37)

    gatgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATa                                                                                                >  1:956316/1‑100 (MQ=255)

    gatgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATa                                                                                                >  1:5948295/1‑100 (MQ=255)

    gatgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATa                                                                                                >  1:3419449/1‑100 (MQ=255)

    gatgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATa                                                                                                >  1:4096455/1‑100 (MQ=255)

    gatgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATa                                                                                                >  1:4893040/1‑100 (MQ=255)

    gatgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATa                                                                                                >  1:5749179/1‑100 (MQ=255)

     atgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAGGTTATGGGGGATTGCTTAAACAAAAACATaa                                                                                               >  1:446182/1‑100 (MQ=255)

     atgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATaa                                                                                               >  1:1003137/1‑100 (MQ=255)

     atgatgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATaa                                                                                               >  1:4210547/1‑100 (MQ=255)

     atgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATaa                                                                                               >  1:5524848/1‑100 (MQ=255)

     atgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATaa                                                                                               >  1:5313146/1‑100 (MQ=255)

     atgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTACTTAAACAAAAGCATaa                                                                                               >  1:4771832/1‑100 (MQ=25)

      cgacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATaaa                                                                                              >  1:3354879/8‑100 (MQ=255)

       gacgacgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATaaaa                                                                                             >  1:297700/7‑100 (MQ=255)

        atgatgaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAAt                                                                                            >  1:886792/1‑100 (MQ=255)

             gaAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTaa                                                                                       >  1:4423477/1‑100 (MQ=255)

             caaaaaaaTCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTaa                                                                                       >  1:5908141/2‑100 (MQ=255)

                      cAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACg                                                                              >  1:2085689/1‑100 (MQ=255)

                      cAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACg                                                                              >  1:3820203/1‑100 (MQ=255)

                      cAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACg                                                                              >  1:621619/1‑100 (MQ=255)

                      cAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACg                                                                              >  1:1208655/1‑100 (MQ=255)

                       aaGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGa                                                                             >  1:1318227/1‑100 (MQ=255)

                         gAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGGTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATg                                                                           >  1:2809994/1‑100 (MQ=255)

                          aaaTTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGt                                                                          <  1:3131296/100‑1 (MQ=255)

                             ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGa                                                                       <  1:2708690/100‑1 (MQ=255)

                             ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGa                                                                       <  1:4383702/100‑1 (MQ=255)

                             ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGa                                                                       >  1:5569868/1‑100 (MQ=255)

                             ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGa                                                                       >  1:733120/1‑100 (MQ=255)

                             ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGa                                                                       >  1:2840583/1‑100 (MQ=255)

                             ttGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGAGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGa                                                                       >  1:2537632/1‑100 (MQ=255)

                             atGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGa                                                                       >  1:584054/2‑100 (MQ=255)

                              tGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGaa                                                                      >  1:5406063/1‑100 (MQ=255)

                               gTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAg                                                                     >  1:2337033/1‑100 (MQ=255)

                               gTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAg                                                                     >  1:5473501/1‑100 (MQ=255)

                               gTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGACGTCGAAg                                                                     >  1:3187098/1‑100 (MQ=255)

                               cccggtcaTTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAg                                                                     >  1:5803257/8‑100 (MQ=255)

                               atAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAg                                                                     >  1:2011833/2‑100 (MQ=255)

                                tAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGa                                                                    >  1:3300394/1‑100 (MQ=255)

                                ctaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGa                                                                    >  1:4595147/3‑100 (MQ=255)

                                caaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGa                                                                    >  1:5702582/2‑100 (MQ=255)

                                 aaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGAt                                                                   >  1:1582385/1‑100 (MQ=255)

                                 aaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGAt                                                                   >  1:230990/1‑100 (MQ=255)

                                 aaGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGAt                                                                   >  1:5082601/1‑100 (MQ=255)

                                   gTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATgg                                                                 >  1:4028015/1‑100 (MQ=255)

                                    tGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGt                                                                <  1:1762063/100‑1 (MQ=255)

                                        ttAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAAtt                                                            >  1:4654070/1‑100 (MQ=255)

                                         tAGAAAAAGGTTTGAATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAAttt                                                           >  1:6027383/1‑100 (MQ=255)

                                             aaaaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGAtt                                                       >  1:3627537/1‑100 (MQ=255)

                                             aaaaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGAtt                                                       >  1:543536/1‑100 (MQ=255)

                                              taaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTa                                                      >  1:3245065/2‑100 (MQ=255)

                                              aaaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTa                                                      >  1:5640179/1‑100 (MQ=255)

                                              aaaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTa                                                      >  1:5985166/1‑100 (MQ=255)

                                               taGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTaa                                                     >  1:3977873/2‑100 (MQ=255)

                                               aaGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGGTGGTAATTTGATTaa                                                     >  1:831578/1‑100 (MQ=255)

                                                aGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTatt                                                    >  1:2763918/1‑98 (MQ=255)

                                                   cttGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCa                                                 >  1:1886012/2‑100 (MQ=255)

                                                           gAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGtgatga                                         <  1:3485329/100‑1 (MQ=255)

                                                           gAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATTTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtgatga                                         <  1:3927192/100‑1 (MQ=255)

                                                            gatctgTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGtgatgag                                        <  1:1728013/95‑2 (MQ=255)

                                                            aaaaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGaa                                        >  1:1968009/1‑100 (MQ=255)

                                                             ggaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAg                                       >  1:5372638/3‑100 (MQ=255)

                                                             aaaCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAg                                       >  1:2481095/1‑100 (MQ=255)

                                                               aCGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGAt                                     >  1:5026302/1‑100 (MQ=255)

                                                               aCGTATGTTAAGTCATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGAt                                     >  1:2176343/1‑100 (MQ=255)

                                                                 gTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATaa                                   >  1:5147317/1‑100 (MQ=255)

                                                                   aTGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATaaag                                 >  1:258373/1‑99 (MQ=255)

                                                                     gTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaaca                               >  1:5608829/1‑100 (MQ=255)

                                                                       tAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAgacaac                             >  1:2661438/1‑100 (MQ=255)

                                                                       tAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaac                             >  1:3886145/1‑100 (MQ=255)

                                                                        aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                            >  1:3593321/1‑100 (MQ=255)

                                                                        aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                            >  1:700978/1‑100 (MQ=255)

                                                                        aaGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaaca                            >  1:3772207/1‑100 (MQ=255)

                                                                        aaGTTATGGCGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAaacaacg                            >  1:1440961/1‑99 (MQ=255)

                                                                           ttATGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAATGACAGat                         >  1:5209381/1‑99 (MQ=255)

                                                                            aaTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAgcaacaagat                        >  1:2366984/2‑96 (MQ=255)

                                                                             ctggtggATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTCTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATACAACGACAGACga                       >  1:788134/2‑100 (MQ=255)

                                                                             aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAGTTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAATACGACAGatcg                       >  1:670033/1‑97 (MQ=255)

                                                                             aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGACga                       >  1:2401470/1‑100 (MQ=255)

                                                                             aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAacaacaagatc                       >  1:1506549/1‑95 (MQ=255)

                                                                             aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGatcg                       >  1:126186/1‑97 (MQ=255)

                                                                             aTGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACga                       >  1:4522525/1‑100 (MQ=255)

                                                                               ggtggATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGatcgga                     >  1:4323912/1‑95 (MQ=255)

                                                                               ggtggATTGCTTAAACAAAAGCATAAAATTTTAAACTTAGACGATGCCGAAGATGGTAATTTGATTAATACAAGTGATGAAGATAAAACGACAGatcgga                     >  1:4281428/1‑95 (MQ=255)

                                                                               ggtggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACgaag                     >  1:3671367/1‑100 (MQ=255)

                                                                                  ggATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACgaagatc                  >  1:2922822/1‑98 (MQ=255)

AACTGATGATGATGAAAAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGATTGCTTAAACAAAAACATAAAATTTTAAACTTAGACGATGTCGAAGATGGTAATTTGATTAATGCAAGTGATGAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAAT  >  NC_007790/750‑947

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 20 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`