| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,317 | 0 | G | T | 25.2% | 153.8 / 65.8 | 129 | intergenic (+321/‑262) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/62); new base T (8/19); total (35/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑TAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAATTACCATATATT > NC_007790/1221‑1414 | tGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTAtt < 1:443702/100‑1 (MQ=255) tACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGc > 1:5181457/1‑100 (MQ=255) gatctattttAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTa < 1:4265745/94‑1 (MQ=255) atctgTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTa < 1:3848789/96‑1 (MQ=255) tcttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATgg > 1:5006181/6‑100 (MQ=255) tcttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATgg > 1:2629422/6‑100 (MQ=255) 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1:1726188/96‑1 (MQ=255) cGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAgtgt < 1:1560871/100‑1 (MQ=255) cGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAgtgt < 1:3066617/100‑1 (MQ=255) gATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGt‑t < 1:4489106/100‑1 (MQ=255) atcttttGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGt‑t < 1:648270/97‑1 (MQ=255) aTTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑Ta < 1:1783402/100‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑TAAAAAATTAGTc < 1:3322210/100‑1 (MQ=255) aaagCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATCTAAAAAATTAGTc > 1:6085277/4‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |