| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,303 | 0 | T | G | 39.8% | 85.4 / 142.0 | 123 | intergenic (+307/‑276) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/54); new base G (19/30); total (39/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑TAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAA > NC_007790/1203‑1402 | gctcttccgatctcCTTA‑GCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAtgt < 1:4598546/90‑1 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTATAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGCgg > 1:4628032/1‑100 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg < 1:4501576/100‑1 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg > 1:2604232/1‑100 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg > 1:206121/1‑100 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg < 1:5846947/100‑1 (MQ=255) 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GATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGT‑TAAAAAATTAGTCACTGGTTTTGCTGAAATTTTTGTTTGTGAAA > NC_007790/1203‑1402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |