| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007790 | 1,276 | 0 | C | A | 24.8% | 176.3 / 69.2 | 109 | intergenic (+280/‑303) | SAUSA300_RS14705/SAUSA300_RS14710 | replication protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/57); new base A (7/20); total (32/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.27e-04 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTAAAAAATTAGTCAC > NC_007790/1179‑1373 | ttGCCTGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGc > 1:3377329/1‑100 (MQ=255)ttGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGc > 1:4571345/1‑100 (MQ=255)ctGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGc > 1:3893652/2‑100 (MQ=255) tGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGcc > 1:4698578/1‑100 (MQ=255) tGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGcc > 1:2413220/1‑100 (MQ=255) tGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGcc > 1:1838983/1‑100 (MQ=255) tGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGcc > 1:3789201/1‑100 (MQ=255) gCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGccc > 1:4601414/1‑100 (MQ=255) aGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGTTAAAAAACGCCCTGc < 1:4875324/100‑1 (MQ=255) aGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGc < 1:5705968/100‑1 (MQ=255) aGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGc < 1:881905/100‑1 (MQ=255) gatcTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGcc < 1:3898845/97‑2 (MQ=255) gatcTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCa < 1:4034201/97‑1 (MQ=255) gACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCa < 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tGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGaaaa > 1:5032513/1‑100 (MQ=255) acaTAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAt > 1:2972342/3‑100 (MQ=255) gctcttccgatctcCTTA‑GCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAtgt < 1:4598546/90‑1 (MQ=255) aTAGCAAATTCTCCTTATTCTCTTTCCTCTTTTTTTCATCGGAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAtgt < 1:191030/100‑1 (MQ=255) aTAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACAtgt < 1:5435128/100‑1 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg > 1:206121/1‑100 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg < 1:4501576/100‑1 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg < 1:5846947/100‑1 (MQ=255) aGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTgg > 1:2604232/1‑100 (MQ=255) gCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGa < 1:2166846/100‑1 (MQ=255) cttCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCATGCAGGAATTTAGAAAAACAtgaagatcgg > 1:3146462/2‑92 (MQ=255) atctcccTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACACGGGGAAgat > 1:454737/6‑98 (MQ=255) cccTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTaa > 1:529199/2‑100 (MQ=255) ccTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTaaa > 1:2234740/1‑100 (MQ=255) ccTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTaaa > 1:4999/1‑100 (MQ=255) tATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAgta > 1:613103/1‑98 (MQ=255) tGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTAtt < 1:443702/100‑1 (MQ=255) ctTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCGTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTAt > 1:1673216/1‑100 (MQ=255) tACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGc > 1:5181457/1‑100 (MQ=255) aCGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCt < 1:2884971/100‑1 (MQ=255) gatctattttAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTa < 1:4265745/94‑1 (MQ=255) atctgTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTa < 1:3848789/96‑1 (MQ=255) tcttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATgg > 1:2629422/6‑100 (MQ=255) tcttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATgg > 1:5006181/6‑100 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATggga < 1:2175698/97‑2 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGc < 1:3638275/97‑1 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGc < 1:374585/97‑1 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGc < 1:787727/97‑1 (MQ=255) ttgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAAGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGc < 1:4456688/97‑1 (MQ=255) tgtcttGATTTTTGAT‑AAAAACGCCCTACAGGAATTTAGAAAAACGTGGGGAGGTTTTAAAGAATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCa > 1:4580495/3‑100 (MQ=255) 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< 1:4837232/98‑2 (MQ=255) tcGATTTTTGATAAAGAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAgtg < 1:5264200/100‑1 (MQ=255) tcGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAgat < 1:490255/100‑3 (MQ=255) taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:5595074/96‑1 (MQ=255) taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:1826838/96‑1 (MQ=255) taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:3880172/96‑1 (MQ=255) taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgt < 1:4440542/96‑1 (MQ=255) taagtttttGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATAGGCAgt < 1:1726188/96‑1 (MQ=255) 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< 1:1783402/100‑1 (MQ=255) tGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAgatcggaaga > 1:3446500/1‑91 (MQ=255) aaaaCGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTAAAAAATTAGTc < 1:3322210/100‑1 (MQ=255) aaCGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTAAAAAATTAGTCAc > 1:3907766/1‑100 (MQ=255) aaCGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTAAAAAATTAGTCAc > 1:1506235/1‑100 (MQ=255) | TTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGTGGAAGTTTTAAAGGATTTTATGCTAATTTTT‑AATTTGCATGTAAATGGGCAGTGTTAAAAAATTAGTCAC > NC_007790/1179‑1373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |